Вито Андолини было двенадцать лет, когда убили его отца, не поладившего с сицилийской мафией. Поскольку мафия охотится и за сыном, Вито отсылают в Америку. Там он меняет фамилию на Корлеоне — по названию деревни, откуда он родом. Юный Вито поступает работать в бакалейную лавку Аббандандо. В восемнадцать лет он женится, и на третий год брака у него появляется сын Сантино, которого все ласково называют Сонни, а затем и другой — Фредерико, Фредди.

Фануччи — гангстер, вымогающий деньги у лавочников, — пристраивает на место Вито своего племянника, оставив Вито без работы, и Вито вынужден присоединиться к своему приятелю Клеменце и его сообщнику Тессио, которые устраивают налёты на грузовики с шёлковыми платьями, — иначе его семья умрёт от голода. Когда же Фануччи требует свою часть от вырученных на этом денег, Вито, тщательно все рассчитав, хладнокровно убивает его. Это делает Вито уважаемым человеком в квартале. Клиентура Фануччи переходит к нему. В конце концов он основывает на пару со своим другом Дженко Аббандандо торговый дом по ввозу оливкового масла. Лавочниками, которые не желают запасаться их маслом, занимаются Клеменца и Тессио — пылают склады, умирают люди... Во времена сухого закона под прикрытием торгового дома Вито занимается контрабандой спиртного, после отмены сухого закона переходит на игорный бизнес. Все больше и больше людей работает на него, и каждому Вито Корлеоне обеспечивает безбедную жизнь и защиту от полиции. К его имени начинают прибавлять слово «дон», его уважительно именуют Крестным отцом.

Идёт время, у Корлеоне уже четверо детей, к тому же в их семье воспитывается сирота-беспризорник Том Хейген. Сонни с шестнадцати лет начинает работать у отца — сначала как телохранитель, потом как командир одного из вооружённых отрядов мафиози наравне с Клеменцей и Тессио. Позже в семейный бизнес входят Фредди и Том.

Дон Корлеоне первым понимает, что надо брать не стрельбой, а политикой и что для того, чтобы оградить свой мир от вмешательства властей, преступным группировкам в Нью-Йорке и во всей стране следует держаться вместе. Его стараниями в то время, когда внешний мир сотрясает вторая мировая война, внутри преступного мира Америки — спокойствие и полная готовность пожинать плоды подъёма американской экономики. Лишь одно печалит дона — его младший сын Майкл отвергает отцовское попечение и уходит добровольцем на войну, где дослуживается до капитанского чина, а по окончании войны, опять-таки никого не спросив, уходит из дома и поступает в университет.

Собственно действие романа начинается в августе 1945 г. Единственная дочь дона Констанция — Конни — выходит замуж. Дону Корлеоне не очень нравится будущий зять, Карло Рицци, но он назначает его на должность букмекера в Манхэттене и заботится о том, чтобы были изъяты полицейские протоколы, составленные на Карло в Неваде, где он жил раньше. Верные люди заодно доставляют дону информацию о легальных игорных домах Невады, и дон выслушивает эти сведения с большим интересом.

Среди других гостей на свадьбу приезжает знаменитый певец Джонни Фонтейн, он тоже крестник дона. У Джонни не сложилась жизнь со второй женой, пропадает голос, неприятности с кинобизнесом... Его приводит сюда не только любовь и уважение к семейству Корлеоне, но и уверенность, что Крестный отец поможет разрешить его проблемы. И действительно, дон устраивает так, что Джонни дают роль, за которую он впоследствии получает «Оскара», помогает с семейными делами и ссужает деньги, достаточные для того, чтобы Джонни стал кинопродюсером. Картины Фонтейна пользуются бешеным успехом, и дон получает большую прибыль — этот человек из всего умеет извлечь выгоду.

Когда дону Корлеоне предлагают участие в наркобизнесе совместно с семьёй Татталья, он отказывается, поскольку это противоречит его принципам. Но Сонни весьма заинтересовался, что не скрылось от Солоццо, передавшего Корлеоне это предложение.

Через три месяца на Вито Корлеоне совершается покушение. Убийцам удаётся скрыться — слабохарактерный Фредди, заменяющий телохранителя дона, оцепенев, не может даже вытащить автомат.

Тем временем Хейгена хватают люди Солоццо. Сказав Тому, что дон Корлеоне убит, Солоццо просит его стать посредником на переговорах с Сонни, который теперь станет главой семьи и сможет торговать наркотиками. Но тут приходит известие, что, несмотря на пять пуль, Крестный отец остался в живых. Солоццо хочет убить Хейгена, но тому удаётся его обмануть.

Сонни и Солоццо начинают бесконечные переговоры. Одновременно Сонни «сравнивает счёт» — умирает осведомитель Солоццо, убивают сына Таттальи... В эти дни и Майкл считает своим долгом находиться вместе с семьёй.

Однажды вечером, зайдя в больницу, Майкл обнаруживает, что кто-то отозвал людей Тессио, охраняющих палату дона. Значит, Солоццо сейчас придёт убивать отца! Майкл быстро звонит Сонни и занимает позицию у входа в больницу — продержаться до приезда своих. Тут приезжает капитан полиции Макклоски, подкупленный Солоццо. В ярости от того, что операция провалилась, он разбивает Майклу челюсть. Майкл снёс это, не делая попыток отомстить.

На следующий день Солоццо передаёт, что желает вступить в переговоры через Майкла, ибо его считают безобидным слабаком. Но Майкла переполняет холодная ненависть к врагам отца. Согласившись на переговоры, он убивает и Солоццо, и сопровождающего его капитана Макклоски. После этого он вынужден бежать из страны и скрываться на Сицилии.

Полиция, мстя за убийство капитана, приостанавливает доходную деятельность, которая совершается в нарушение закона. Это приносит убыток всем пяти семействам Нью-Йорка, и поскольку семья Корлеоне отказывается выдать убийцу, в преступном мире начинается междоусобная война 1946 г. Впрочем, когда стараниями Хейгена обнаруживается, что Макклоски был взяточником, жажда мести в полицейских сердцах утихает и нажим со стороны полиции прекращается. Но пять семейств продолжают бороться с семейством Корлеоне: терроризируют букмекеров, стреляют в рядовых служак, переманивают людей. Семья Корлеоне переходит на военное положение. Дона, несмотря на его состояние, перевозят из больницы домой, под надёжную защиту. Фредди отправляют в Лас-Вегас — прийти в себя и ознакомиться с постановкой дела в тамошних казино. Сонни управляет делами семьи — и не лучшим образом. В бессмысленной и кровавой войне с пятью семействами ему удаётся одержать ряд отдельных побед, но семья теряет людей и доходы, и конца этому не видно. Пришлось прикрыть несколько выгодных букмекерских точек, и оставшийся таким образом не у дел Карло Рицци вымещает злость на жене: однажды он избил её так, что Конни, позвонив Сонни, просит забрать её домой. Потеряв голову от ярости, Сонни мчится заступаться за сестру, попадает в засаду, и его убивают.

Дон Корлеоне вынужден покинуть больничную койку и встать во главе семейства. Ко всеобщему удивлению, он созывает все семейства Нью-Йорка и семейные синдикаты со всей страны на совещание, где и выступает с предложением мира. Он даже согласен заняться наркотиками, но с одним условием — его сыну Майклу не будет причинено никакого вреда. Мир заключён. И только Хейген догадывается, что Крестный отец вынашивает далеко идущие планы и сегодняшнее отступление — лишь тактический маневр.

Майкл на Сицилии встречает прекрасную девушку и женится. Но его счастье было недолгим — семейство Барзини, с самого начала стоявшее за спинами Солоццо и Татталья, руками предателя Фабрицио устраивает взрыв в машине Майкла. Майкл случайно остался жив, но его жена гибнет... Вернувшись в Америку, Майкл выражает желание стать настоящим сыном своего отца и работать вместе с ним.

Проходит три года. Майкл женится на американке Кей Адамс, которая ждала его во время изгнания. Под руководством Хейгена и дона он усердно изучает семейный бизнес. Как и отец, Майкл предпочитает действовать не с позиции силы, а с позиции ума и изворотливости. Они планируют перенести деловые операции в Неваду, полностью перейдя там на легальное положение (человека, не пожелавшего уступить им свою территорию в Лас-Вегасе, убивают). Но одновременно они разрабатывают планы мести союзу Барзини — Татталья. Отчасти отойдя от дел, дон назначает своим преемником Майкла, чтобы через год тот стал полноправным Крестным отцом...

Но внезапно дон Корлеоне умирает, после его смерти Барзини и Татталья нарушают мирный договор и пытаются убить Майкла, воспользовавшись предательством Тессио. Но Майкл доказывает, что выбор отца был верным. Убивают Фабрицио. Убивают глав семейств Барзини и Татталья. Убивают Тессио. Убивают Карло Рицци, который, как выяснилось, в день убийства Сонни специально избил жену по указке Барзини.

Узнав о смерти Карло, Конни кидается к Майклу с упрёками. И хотя Майкл все отрицает, Кей внезапно понимает, что её муж — убийца. В ужасе она забирает детей и уезжает к родителям.

Через неделю к ней приезжает Хейген. У них происходит страшный разговор: Том описывает Кей мир, который Майкл все это время прятал от неё, — мир, где нельзя прощать, мир, где надо забыть о своих привязанностях. «Если Майкл узнает, о чем я тебе тут рассказывал, мне конец, — заканчивает он. — Есть только три человека в мире, которым он не сделает вреда, — это ты и дети».

Кей возвращается к мужу. Вскоре они перебираются в Неваду. Хейген и Фредди работают на Майкла, Конни вторично выходит замуж. Клеменце разрешают покинуть Корлеоне и основать собственный семейный синдикат. Дела идут хорошо, главенство семьи Корлеоне незыблемо.

Каждое утро Кей вместе со свекровью отправляется в церковь. Обе женщины истово молятся о спасении душ своих мужей — двух донов, двух Крестных отцов...