Как муравей — песчинка к песчинке — строил отец Василий свою жизнь: женился, стал священником, произвёл на свет сына и дочь. Через семь лет жизнь рассыпалась в прах. Утонул в реке его сын, жена с горя стала пить. Покоя не находит отец Василий и в храме — люди его сторонятся, староста открыто презирает. Даже на именины к нему приходит только причт, почтенные односельчане не удостаивают батюшку внимания. По ночам пьяная жена требует от него ласк, хрипло моля: «Отдай сына, поп! Отдай, проклятый!» И страсть её побеждает целомудренного мужа.

Рождается мальчик, в память покойного брата нарекают его Василием. Вскоре становится ясно, что ребёнок — идиот; ещё нестерпимее делается жизнь. Прежде отцу Василию казалось: земля крохотная, а на ней он один, огромный. Теперь эта земля вдруг населяется людьми, все они идут к нему на исповедь, а он, безжалостно и бесстыдно требуя от каждого правды, со сдержанным гневом повторяет: «Что я могу сделать? Что я — Бог? Его проси!» Он позвал к себе горе — и горе идёт и идёт со всей земли, и он бессилен уменьшить земное горе, а только повторяет: «Его проси!» — уже сомневаясь в желании Бога облегчить людское страдание.

Как-то Великим постом исповедуется ему нищий калека. Страшное признание делает он: десять лет назад изнасиловал в лесу девочку, задушил её и закопал. Многим священникам сообщал злодей свою тайну — и никто ему не верил; он и сам стал думать, что это — злая сказка, и, рассказывая её в следующий раз, придумывал новые подробности, менял облик бедной жертвы. Отец Василий — первый, кто верит услышанному, словно сам совершил злодеяние. Упав на колени перед убийцей, священник кричит: «На земле ад, на небе ад! Где же рай? Ты человек или червь? Где твой Бог, зачем оставил тебя? Не верь в ад, не бойся! Ада не будет! Ты окажешься в раю, с праведными, со святыми, выше всех — это я тебе говорю!...»

В ту ночь, накануне Страстной пятницы, отец Василий признаётся жене, что не может идти в церковь. Он решает пережить как-то лето, а осенью снять с себя сан и уехать с семьёй куда глаза глядят, далеко-далеко...

Это решение вносит в дом покой. Три месяца отдыхает душа. А в конце июля, когда отец Василий был на сенокосе, в доме его вспыхивает пожар и заживо сгорает жена.

Он долго бродил по саду старого дьякона, служащего с ним и приютившего с дочерью и сыном после пожара. И чудны мысли отца Василия: пожар — не был ли таким же огненным столпом, как тот, что евреям указывал путь в пустыне? Всю его жизнь Бог решил обратить в пустыню — не для того ли, чтобы он, Василий Фивейский, не блуждал более по старым, изъезженным путям?..

И впервые за долгие годы, склонив смиренно голову, он произносит в то утро: «Да будет святая воля Твоя!» — и люди, увидевшие его в то утро в саду, встречают незнакомого, совсем нового, как из другого мира, человека, спрашивающего их с улыбкою: «Что вы так на меня смотрите? Разве я — чудо?»

Отец Василий отправляет дочь в город к сестре, строит новый дом, где живёт вдвоём с сыном, читая ему вслух Евангелие и сам будто впервые слушая об исцелении слепого, о воскрешении Лазаря. В церкви он теперь служит ежедневно (а прежде — лишь по праздникам); наложил на себя монашеские обеты, строгий пост. И это новое его житие ещё больше настораживает односельчан. Когда погибает мужик Семен Мосягин, определённый отцом Василием в работники к церковному старосте, все сходятся на том, что виноват — поп.

Староста входит к отцу Василию в алтарь и впрямую заявляет: «уходи отсюда. От тебя здесь одни несчастья. Курица и та без причин околеть не смеет, а от тебя гибнут люди». И тогда отец Василий, всю жизнь боявшийся старосту, первый снимавший шляпу при встрече с ним, изгоняет его из храма, как библейский пророк, с гневом и пламенем во взоре...

Отпевание Семёна совершается в Духов день. По храму — запах тления, за окнами темно, как ночью. Тревога пробегает по толпе молящихся. И разражается гроза: прервав чтение поминальных молитв, отец Василий хохочет беззвучно и торжествующе, как Моисей, узревший Бога, и, подойдя ко гробу, где лежит безобразное, распухшее тело, зычно возглашает: «Тебе говорю — встань!»

Не слушается его мертвец, не открывает глаз, не восстаёт из гроба. «Не хочешь?» — отец Василий трясёт гроб, выталкивает из него мертвеца. Народ в страхе выбегает из храма, полагая, что в тихого и нелепого их пастыря вселились бесы. А он продолжает взывать к покойнику; но скорее стены рухнут, чем послушается его мертвец... Да он и не с мертвецом ведёт поединок — сражается с Богом, в которого уверовал беспредельно и потому вправе требовать чуда!

Охваченный яростью, отец Василий выбегает из церкви и мчит через село, в чисто поле, где оплакивал не раз свою горькую судьбу, свою испепелённую жизнь. Там, по середине широкой и торной дороги, и найдут его назавтра мужики — распластанного в такой позе, будто и мёртвый он продолжал бег...