Герой «подполья», автор записок, — коллежский асессор, недавно вышедший в отставку по получении небольшого наследства. Сейчас ему сорок. Он живёт «в углу» — «дрянной, скверной» комнате на краю Петербурга. В «подполье» он и психологически: почти всегда один, предаётся безудержному «мечтательству», мотивы и образы которого взяты из «книжек». Кроме того, безымянный герой, проявляя незаурядный ум и мужество, исследует собственное сознание, собственную душу. Цель его исповеди — «испытать: можно ли хоть с самим собой совершенно быть откровенным и не побояться всей правды?».

Он считает, что умный человек 60-х гг. XIX в. обречён быть «бесхарактерным». Деятельность — удел глупых, ограниченных людей. Но последнее и есть «норма», а усиленное сознание — «настоящая, полная болезнь». Ум заставляет бунтовать против открытых современной наукой законов природы, «каменная стена» которых — «несомненность» только для «тупого» непосредственного человека. Герой же «подполья» не согласен примириться с очевидностью и испытывает «чувство вины» за несовершенный миропорядок, причиняющий ему страдание. «Врёт» наука, что личность может быть сведена к рассудку, ничтожной доле «способности жить», и «расчислена» по «табличке». «Хотенье» — вот «проявление всей жизни». Вопреки «научным» выводам социализма о человеческой природе и человеческом благе он отстаивает своё право к «положительному благоразумию примешать  пошлейшую глупость  единственно для того, чтоб самому себе подтвердить , что люди все ещё люди, а не фортепьянные клавиши, на которых  играют сами законы природы собственноручно...».

«В наш отрицательный век» «герой» тоскует по идеалу, способному удовлетворить его внутреннюю «широкость». Это не наслаждение, не карьера и даже не «хрустальный дворец» социалистов, отнимающий у человека самую главную из «выгод» — собственное «хотенье». Герой протестует против отождествления добра и знания, против безоговорочной веры в прогресс науки и цивилизации. Последняя «ничего не смягчает в нас», а только вырабатывает «многосторонность ощущений», так что наслаждение отыскивается и в унижении, и в «яде неудовлетворённого желания», и в чужой крови... Ведь в человеческой природе не только потребность порядка, благоденствия, счастья, но и — хаоса, разрушения, страдания. «Хрустальный дворец», в котором нет места последним, несостоятелен как идеал, ибо лишает человека свободы выбора. И потому уж лучше — современный «курятник», «сознательная инерция», «подполье».

Но тоска по «действительности», бывало, гнала из «угла». Одна из таких попыток подробно описана автором записок.

В двадцать четыре года он еше служил в канцелярии и, будучи «ужасно самолюбив, мнителен и обидчив», ненавидел и презирал, «а вместе с тем  и боялся» «нормальных» сослуживцев. Себя считал «трусом и рабом», как всякого «развитого и порядочного человека». Общение с людьми заменял усиленным чтением, по ночам же «развратничал» в «тёмных местах».

Как-то раз в трактире, наблюдая за игрой на биллиарде, случайно преградил дорогу одному офицеру. Высокий и сильный, тот молча передвинул «низенького и истощённого» героя на другое место. «Подпольный» хотел было затеять «правильную», «литературную» ссору, но «предпочёл  озлобленно стушеваться» из боязни, что его не примут всерьёз. Несколько лет он мечтал о мщении, много раз пытался не свернуть первым при встрече на Невском. Когда же, наконец, они «плотно стукнулись плечо о плечо», то офицер не обратил на это внимания, а герой «был в восторге»: он «поддержал достоинство, не уступил ни на шаг и публично поставил себя с ним на равной социальной ноге».

Потребность человека «подполья» изредка «ринуться в общество» удовлетворяли единичные знакомые: столоначальник Сеточкин и бывший школьный товарищ Симонов. Во время визита к последнему герой узнает о готовящемся обеде в честь одного из соучеников и «входит в долю» с другими. Страх перед возможными обидами и унижениями преследует «подпольного» уже задолго до обеда: ведь «действительность» не подчиняется законам литературы, а реальные люди едва ли будут исполнять предписанные им в воображении мечтателя роли, например «полюбить» его за умственное превосходство. На обеде он пытается задеть и оскорбить товарищей. Те в ответ перестают его замечать. «Подпольный» впадает в другую крайность — публичное самоуничижение. Сотрапезники уезжают в бордель, не пригласив его с собой. Теперь, для «литературности», он обязан отомстить за перенесённый позор. С этой целью едет за всеми, но они уже разошлись по комнатам проституток. Ему предлагают Лизу.

После «грубого и бесстыжего» «разврата» герой заводит с девушкой разговор. Ей 20 лет, она мещанка из Риги и в Петербурге недавно. Угадав в ней чувствительность, он решает отыграться за перенесённое от товарищей: рисует перед Лизой живописные картины то ужасного будущего проститутки, то недоступного ей семейного счастья, войдя «в пафос до того, что у  самого горловая спазма приготовлялась». И достигает «эффекта»: отвращение к своей низменной жизни доводит девушку до рыданий и судорог. Уходя, «спаситель» оставляет «заблудшей» свой адрес. Однако сквозь «литературность» в нем пробиваются подлинная жалость к Лизе и стыд за своё «плутовство».

Через три дня она приходит. «Омерзительно сконфуженный» герой цинично открывает девушке мотивы своего поведения, однако неожиданно встречает с её стороны любовь и сочувствие. Он тоже растроган: «Мне не дают... Я не могу быть... добрым!» Но вскоре устыдившись «слабости», мстительно овладевает Лизой, а для полного «торжества» — всовывает ей в руку пять рублей, как проститутке. Уходя, она незаметно оставляет деньги.

«Подпольный» признается, что писал свои воспоминания со стыдом, И все же он «только доводил в  жизни до крайности то», что другие «не осмеливались доводить и до половины». Он смог отказаться от пошлых целей окружающего общества, но и «подполье» — «нравственное растление». Глубокие же отношения с людьми, «живая жизнь», внушают ему страх.