В руки будущему переводчику и издателю «Записки отца Адсона из Мелька» попадают в Праге в 1968 г. На титульном листе французской книги середины прошлого века значится, что она представляет собой переложение с латинского текста XVII в., якобы воспроизводящего, в свою очередь, рукопись, созданную немецким монахом в конце XIV в. Разыскания, предпринятые в отношении автора французского перевода, латинского оригинала, а также личности самого Адсона не приносят результатов. Впоследствии и странная книга (возможно — фальшивка, существующая в единственном экземпляре) исчезает из поля зрения издателя, добавившего к недостоверной цепочке пересказов этой средневековой повести ещё одно звено.

На склоне лет монах-бенедиктинец Адсон вспоминает события, очевидцем и участником которых ему довелось быть в 1327 г. Европу сотрясают политические и церковные раздоры. Император Людовик противостоит папе римскому Иоанну XXII. В то же время папа ведёт борьбу с монашеским орденом францисканцев, в котором возобладало реформаторское движение нестяжателей-спиритуалов, до того подвергавшихся со стороны папской курии жестоким гонениям. Францисканцы объединяются с императором и становятся значительной силой в политической игре.

В эту смуту Адсон, тогда ещё юноша-послушник, сопровождает в путешествии по городам и крупнейшим монастырям Италии английского францисканца Вильгельма Баскервильского. Вильгельм — мыслитель и богослов, испытатель естества, знаменитый своим мощным аналитическим умом, друг Уильяма Оккама и ученик Роджера Бэкона — выполняет задание императора подготовить и провести предварительную встречу между имперской делегацией францисканцев и представителями курии. В аббатство, где она должна состояться, Вильгельм и Адсон приходят за несколько дней до прибытия посольств. Встреча должна иметь форму диспута о бедности Христа и церкви; её цель — выяснить позиции сторон и возможность будущего визита генерала францисканцев к папскому престолу в Авиньон.

Ещё не вступив в монастырские пределы, Вильгельм удивляет монахов, вышедших на поиски убежавшей лошади, точными дедуктивными умозаключениями. А настоятель аббатства сразу же обращается к нему с просьбой провести расследование о случившейся в обители странной смерти. Тело молодого монаха Адельма было найдено на дне обрыва, возможно, он был выброшен из башни нависающей над пропастью высокой постройки, называемой здесь Храмина. Аббат намекает, что ему известны подлинные обстоятельства гибели Адельма, однако он связан тайной исповеди, и поэтому истина должна прозвучать из других, незапечатанных уст.

Вильгельм получает разрешение опрашивать всех без исключения монахов и обследовать любые помещения обители — кроме знаменитой монастырской библиотеки. Крупнейшая в христианском мире, способная сравниться с полулегендарными библиотеками неверных, она расположена в верхнем этаже Храмины; доступ в неё имеют только библиотекарь и его помощник, только им известен план хранилища, выстроенного как лабиринт, и система расположения книг на полках. Прочие монахи: копиисты, рубрикаторы, переводчики, стекающиеся сюда со всей Европы, — работают с книгами в помещении для переписывания — скриптории. Библиотекарь единолично решает, когда и как предоставить книгу тому, кто её востребовал, и предоставлять ли вообще, ибо здесь немало языческих и еретических сочинений. В скриптории Вильгельм и Адсон знакомятся с библиотекарем Малахией, его помощником Беренгаром, переводчиком с греческого, приверженцем Аристотеля Венанцием и юным ритором Бенцием. Покойный Адельм, искусный рисовальщик, украшал поля рукописей фантастическими миниатюрами. Стоит монахам засмеяться, разглядывая их, — в скриптории появляется слепой брат Хорхе с упрёком, что смехотворство и пустословие неприличны в обители. Сей муж, славный годами, праведностью и учёностью, живёт с ощущением наступления последних времён и в ожидании скорого явления Антихриста. Осматривая аббатство, Вильгельм приходит к выводу, что Адельм, вероятнее всего, не был убит, но покончил с собой, бросившись вниз с монастырской стены, а под Храмину тело было перенесено впоследствии оползнем.

Но в ту же ночь в бочке со свежей кровью заколотых свиней обнаружен труп Венанция. Вильгельм, изучая следы, определяет, что убили монаха где-то в другом месте, скорее всего в Храмине, и бросили в бочку уже мёртвым. Но на теле между тем нет ни ран, ни каких-либо повреждений или следов борьбы.

Заметив, что Бенций взволнован более других, а Беренгар откровенно испуган, Вильгельм немедленно допрашивает обоих. Беренгар признается, что видел Адельма в ночь его гибели: лицо рисовальщика было как лицо мертвеца, и Адельм говорил, что проклят и обречён на вечные муки, которые описал потрясённому собеседнику весьма убедительно. Бенций же сообщает, что за два дня до смерти Адельма в скриптории произошёл диспут о допустимости смешного в изображении божественного и о том, что святые истины лучше представлять в грубых телах, чем в благородных. В пылу спора Беренгар ненароком проговорился, хотя и весьма туманно, о чем-то тщательно скрываемом в библиотеке. Упоминание об этом было связано со словом «Африка», а в каталоге среди обозначений, понятных только библиотекарю, Бенций видел визу «предел Африки», но когда, заинтересовавшись, спросил книгу с этой визой, Малахия заявил, что все эти книги утеряны. Рассказывает Бенций и о том, чему стал свидетелем, проследив за Беренгаром после диспута. Вильгельм получает подтверждение версии самоубийства Адельма: видимо, в обмен на некую услугу, которая могла быть связана с возможностями Беренгара как помощника библиотекаря, последний склонил рисовальщика к содомскому греху, тяжести которого Адельм, однако, не мог вынести и поспешил исповедаться слепому Хорхе, но вместо отпущения получил грозное обещание неминуемого и страшного наказания. Сознание здешних монахов слишком возбуждено, с одной стороны, болезненным стремлением к книжному знанию, с другой — ужасающей постоянно памятью о дьяволе и аде, и это зачастую заставляет их видеть буквально воочию что-то, о чем они читают или слышат. Адельм считает себя уже попавшим в ад и в отчаянии решается свести счёты с жизнью.

Вильгельм пытается осмотреть рукописи и книги на столе Венанция в скриптории. Но сначала Хорхе, потом Бенций под разными предлогами отвлекают его. Вильгельм просит Малахию поставить кого-нибудь у стола на страже, а ночью вместе с Адсоном возвращается сюда через обнаруженный подземный ход, которым пользуется библиотекарь после того, как запирает вечером изнутри двери Храмины. Среди бумаг Венанция они находят пергамент с непонятными выписками и знаками тайнописи, но на столе отсутствует книга, которую Вильгельм видел здесь днём. Кто-то неосторожным звуком выдаёт своё присутствие в скриптории. Вильгельм бросается в погоню и внезапно в свет фонаря попадает выпавшая у беглеца книга, но неизвестный успевает схватить её раньше Вильгельма и скрыться.

По ночам библиотеку крепче замков и запретов охраняет страх. Многие монахи верят, что в темноте среди книг бродят ужасные существа и души умерших библиотекарей. Вильгельм скептически относится к подобным суевериям и не упускает возможности изучить хранилище, где Адсон испытывает на себе действие порождающих иллюзии кривых зеркал и светильника, пропитанного вызывающим видения составом. Лабиринт оказывается сложнее, чем предполагал Вильгельм, и только благодаря случаю им удаётся обнаружить выход. От встревоженного аббата они узнают об исчезновении Беренгара.

Мёртвого помощника библиотекаря находят только через сутки в купальне, расположенной рядом с монастырской лечебницей. Травщик и лекарь Северин обращает внимание Вильгельма, что на пальцах у Беренгара остались следы какого-то вещества. Травщик говорит, что видел такие же и у Венанция, когда труп отмыли от крови. К тому же язык у Беренгара почернел — очевидно, монах был отравлен, прежде чем захлебнулся в воде. Северин рассказывает, что когда-то давно держал у себя чрезвычайно ядовитое зелье, свойств которого не знал и сам, и оно пропало потом при странных обстоятельствах. О яде было известно Малахии, аббату и Беренгару. Тем временем в монастырь съезжаются посольства. С папской делегацией прибывает инквизитор Бернард Ги. Вильгельм не скрывает своей неприязни к нему лично и его методам. Бернард объявляет, что отныне сам будет заниматься расследованием происшествий в обители, от которых, по его мнению, сильно попахивает дьявольщиной.

Вильгельм и Адсон снова проникают в библиотеку, чтобы составить план лабиринта. Выясняется, что комнаты хранилища обозначены буквами, из которых, если проходить в определённом порядке, составляются условные слова и названия стран. Обнаружен и «предел Африки» — замаскированная и наглухо закрытая комната, однако они не находят способа войти в неё. Бернардом Ги задержаны и обвинены в колдовстве помощник лекаря и деревенская девушка, которую тот приводит по ночам ублажать похоть своего патрона за остатки монастырских трапез; накануне повстречался с ней и Адсон и не мог устоять перед искушением. Теперь участь девушки решена — как ведьма она пойдёт на костёр.

Братская дискуссия между францисканцами и представителями папы переходит в вульгарную драку, во время которой Северин сообщает оставшемуся в стороне от побоища Вильгельму, что нашёл у себя в лаборатории странную книгу. Их разговор слышит слепой Хорхе, но и Бенций догадывается, что Северин обнаружил нечто, оставшееся от Беренгара. Возобновившийся было после общего замирения диспут прерывается известием, что травщик найден в лечебнице мёртвым и убийца уже схвачен.

Череп травщика проломлен стоявшим на лабораторном столе металлическим небесным глобусом. Вильгельм ищет на пальцах Северина следы того же вещества, что у Беренгара и Венанция, но руки травщика обтянуты кожаными перчатками, используемыми при работах с опасными препаратами. На месте преступления застигнут келарь Ремигий, который тщетно пытается оправдаться и заявляет, что пришёл в лечебницу, когда Северин был уже мёртв. Бенций говорит Вильгельму, что вбежал сюда одним из первых, потом следил за входящими и уверен: Малахия уже был здесь, выжидал в нише за пологом, а после незаметно смешался с другими монахами. Вильгельм убеждён, что большую книгу никто не мог вынести отсюда тайно и, если убийца — Малахия, она должна все ещё находиться в лаборатории. Вильгельм и Адсон принимаются за поиски, но упускают из виду, что иногда древние рукописи переплетались по нескольку в один том. В результате книга остаётся незамеченной ими среди других, принадлежавших Северину, и попадает к более догадливому Бенцию.

Бернард Ги проводит судилище над келарем и, уличив его в принадлежности некогда к одному из еретических течений, вынуждает принять на себя и вину за убийства в аббатстве. Инквизитора не интересует, кто на самом деле убил монахов, но он стремится доказать, что бывший еретик, ныне объявленный убийцей, разделял воззрения францисканцев-спиритуалов. Это позволяет сорвать встречу, в чем, по-видимому, и состояла цель, с которой он был направлен сюда папой.

На требование Вильгельма отдать книгу Бенций отвечает, что, даже не начиная читать, вернул её Малахии, от которого получил предложение занять освободившееся место помощника библиотекаря. Через несколько часов, во время церковной службы, Малахия в судорогах умирает, язык у него чёрен и на пальцах уже знакомые Вильгельму следы.

Аббат объявляет Вильгельму, что францисканец не оправдал его ожиданий и на следующее утро должен вместе с Адсоном покинуть обитель. Вильгельм возражает, что о монахах-мужеложцах, сведение счетов между которыми настоятель и считал причиной преступлений, он знает уже давно. Однако истинная причина не в этом: умирают те, кому известно о существовании в библиотеке «предела Африки». Аббат не может утаить, что слова Вильгельма навели его на какую-то догадку, но тем твёрже настаивает на отъезде англичанина; теперь он намерен взять дело в свои руки и под свою ответственность.

Но и Вильгельм не собирается отступать, ибо подошёл к решению вплотную. По случайной подсказке Адсона удаётся прочитать в тайнописи Венанция ключ, открывающий «предел Африки». На шестую ночь своего пребывания в аббатстве они вступают в тайную комнату библиотеки. Слепой Хорхе дожидается их внутри.

Вильгельм предполагал встретить его здесь. Сами недомолвки монахов, записи в библиотечном каталоге и некоторые факты позволили ему выяснить, что Хорхе когда-то был библиотекарем, а почувствовав, что слепнет, обучил сначала первого своего преемника, потом — Малахию. Ни тот ни другой не могли работать без его помощи и не ступали ни шагу, не спросясь у него. Аббат также был от него в зависимости, поскольку получил своё место с его помощью. Сорок лет слепец является полновластным хозяином обители. И он считал, что некоторые из рукописей библиотеки должны навсегда остаться скрытыми от чьих-либо глаз. Когда же по вине Беренгара одна из них — может быть, самая важная — покинула эти стены, Хорхе приложил все усилия, чтобы вернуть её обратно. Эта книга — вторая часть «Поэтики» Аристотеля, считающаяся утраченной и посвящённая смеху и смешному в искусстве, риторике, в мастерстве убеждения. Ради того, чтобы её существование осталось в тайне, Хорхе не задумываясь идёт на преступление, ибо убеждён: если смех будет освящён авторитетом Аристотеля, рухнет вся устоявшаяся средневековая иерархия ценностей, и культура, пестуемая в удалённых от мира монастырях, культура избранных и посвящённых, будет сметена городской, низовой, площадной.

Хорхе признается, что понимал с самого начала: рано или поздно Вильгельм откроет истину, и следил, как шаг за шагом англичанин приближается к ней. Он протягивает Вильгельму книгу, за стремление видеть которую поплатились жизнью уже пять человек, и предлагает читать. Но францисканец говорит, что разгадал и эту его дьявольскую уловку, и восстанавливает ход событий. Много лет назад, услышав, как кто-то в скриптории проявляет интерес к «пределу Африки», ещё зрячий Хорхе похищает у Северина яд, однако в дело его пускает не сразу. Но когда Беренгар, из похвальбы перед Адельмом, однажды повёл себя несдержанно, уже ослепший старик поднимается наверх и пропитывает ядом страницы книги. Адельм, согласившийся на постыдный грех, чтобы прикоснуться к тайне, не воспользовался сведениями, добытыми такой ценой, но, объятый после исповеди у Хорхе смертным ужасом, обо всем рассказывает Венанцию. Венанций добирается до книги, но, чтобы разделять мягкие пергаментные листы, ему приходится смачивать пальцы о язык. Он умирает, не успев выйти из Храмины. Беренгар находит тело и, испугавшись, что при расследовании неминуемо откроется бывшее между ним и Адельмом, переносит труп в бочку с кровью. Однако он тоже заинтересовался книгой, которую вырвал в скриптории почти из рук у Вильгельма. Он приносит её в лечебницу, где ночью может читать, не опасаясь, что будет кем-нибудь замечен. А когда яд начинает действовать, бросается в купальню в тщетной надежде, что вода уймёт пламя, пожирающее его изнутри. Так книга попадает к Северину. Посланный Хорхе Малахия убивает травщика, но умирает и сам, пожелав узнать, что такого запрещённого содержится в предмете, из-за которого его сделали убийцей. Последний в этом ряду — аббат. После разговора с Вильгельмом он потребовал у Хорхе объяснений, более того: требовал открыть «предел Африки» и положить конец секретности, установленной в библиотеке слепцом и его предшественниками. Сейчас он задыхается в каменном мешке ещё одного подземного хода в библиотеку, где Хорхе запер его, а потом сломал управляющие дверями механизмы.

«Значит, мёртвые умерли напрасно», — говорит Вильгельм: теперь книга найдена, а от яда Хорхе он сумел уберечься. Но во исполнение своего замысла старец готов и сам принять смерть. Хорхе рвёт книгу и поедает отравленные страницы, а когда Вильгельм пытается остановить его, бежит, безошибочно ориентируясь в библиотеке по памяти. Лампа в руках у преследователей все же даёт им некоторое преимущество. Однако настигнутому слепцу удаётся отнять светильник и отбросить в сторону. От разлившегося масла начинается пожар; Вильгельм и Адсон спешат за водой, но возвращаются слишком поздно. Ни к чему не приводят и усилия всей братии, поднятой по тревоге; огонь вырывается наружу и перекидывается от Храмины сперва на церковь, потом на остальные постройки.

На глазах у Адсона богатейшая обитель превращается в пепелище. Аббатство горит трое суток. К исходу третьего дня монахи, собрав немногое, что удалось спасти, оставляют дымящиеся руины как место, проклятое Богом.