«Сообразно с законом, Цинциннату Ц. объявили смертный приговор шёпотом». Непростительная вина Цинцинната — в его «непроницаемости», «непрозрачности» для остальных, до ужаса похожих (тюремщик Родион то и дело превращается в директора тюрьмы, Родрига Ивановича, и наоборот; адвокат и прокурор по закону должны быть единоутробными братьями, если же не удаётся подобрать — их гримируют, чтобы были похожи), «прозрачных друг для дружки душ». Особенность эта присуща Цинциннату с детства (унаследована от отца, как сообщает ему пришедшая с визитом в тюрьму мать, Цецилия Ц., щупленькая, любопытная, в клеёнчатом ватерпруфе и с акушерским саквояжем), но какое-то время ему удаётся скрывать своё отличие от остальных. Цинциннат начинает работать, а по вечерам упивается старинными книгами, пристрастясь к мифическому XIX в. Да ещё занимается он изготовлением мягких кукол для школьниц: «тут был и маленький волосатый Пушкин в бекеше, и похожий на крысу Гоголь в цветистом жилете, и старичок Толстой, толстоносенький, в зипуне, и множество других». Здесь же, в мастерской, Цинциннат знакомится с Марфинькой, на которой женится, когда ему исполняется двадцать два года и его переводят в детский сад учителем. В первый же год брака Марфинька начинает изменять ему. У неё родятся дети, мальчик и девочка, не от Цинцинната. Мальчик хром и зол, тучная девочка почти слепа. По иронии судьбы, оба ребёнка попадают на попечение Цинцинната (в саду ему доверены «хроменькие, горбатенькие, косенькие» дети). Цинциннат перестаёт следить за собой, и его «непрозрачность» становится заметна окружающим. Так он оказывается в заключении, в крепости.

Услышав приговор, Цинциннат пытается узнать, когда назначена казнь, но тюремщики не говорят ему. Цинцинната выводят взглянуть на город с башни крепости. Двенадцатилетняя Эммочка, дочь директора тюрьмы, вдруг кажется Цинциннату воплощённым обещанием побега... Узник коротает время за просмотром журналов. Делает записи, пытаясь осмыслить собственную жизнь, свою индивидуальность: «Я не простой... я тот, который жив среди вас... Не только мои глаза другие, и слух, и вкус, — не только обоняние, как у оленя, а осязание, как у нетопыря, — но главное: дар сочетать все это в одной точке...»

В крепости появляется ещё один заключённый, безбородый толстячок лет тридцати. Аккуратная арестантская пижамка, сафьяновые туфли, светлые, на прямой пробор волосы, между малиновых губ белеют чудные, ровные зубы.

Обещанное Цинциннату свидание с Марфинькой откладывается (по закону, свидание дозволяется лишь по истечении недели после суда). Директор тюрьмы торжественным образом (на столе скатерть и ваза со щекастыми пионами) знакомит Цинцинната с соседом — м-сье Пьером. Навестивший Цинцинната в камере м-сье Пьер пробует развлечь его любительскими фотографиями, на большинстве которых изображён он сам, карточными фокусами, анекдотами. Но Цинциннат, к обиде и недовольству Родрига Ивановича, замкнут и неприветлив.

На следующий день на свидание к нему является не только Марфинька, но и все её семейство (отец, братья-близнецы, дед с бабкой — «такие старые, что уже просвечивали», дети) и, наконец, молодой человек с безупречным профилем — теперешний кавалер Марфиньки. Прибывает также мебель, домашняя утварь, отдельные части стен. Цинциннату не удаётся сказать ни слова наедине с Марфинькой. Тесть не перестаёт упрекать его, шурин уговаривает покаяться («Подумай, как это неприятно, когда башку рубят»), молодой человек упрашивает Марфиньку накинуть шаль. Затем, собрав вещи (мебель выносят носильщики), все уходят.

В ожидании казни Цинциннат ещё острее чувствует свою непохожесть на всех остальных. В этом мире, где «вещество устало: сладко дремало время», в мнимом мире, недоумевая, блуждает лишь незначительная доля Цинцинната, а главная его часть находится совсем в другом месте. Но и так настоящая его жизнь «слишком сквозит», вызывая неприятие и протест окружающих. Цинциннат возвращается к прерванному чтению. Знаменитый роман, который он читает, носит латинское название «Quercus» («Дуб») и представляет собою биографию дерева. Автор повествует о тех исторических событиях (или тени событий), свидетелем которых мог оказаться дуб: то это диалог воинов, то привал разбойников, то бегство вельможи от царского гнева... В промежутках между этими событиями дуб рассматривается с точки зрения дендрологии, орнитологии и прочих наук, приводится подробный список всех вензелей на коре с их толкованием. Немало внимания уделяется музыке вод, палитре зорь и поведению погоды. Это, бесспорно, лучшее из того, что создано временем Цинцинната, тем не менее кажется ему далёким, ложным, мёртвым.

Измученный ожиданием приезда палача, ожиданием казни, Цинциннат засыпает. Вдруг его будит постукивание, какие-то скребущие звуки, отчётливо слышные в ночной тишине. Судя по звукам, это подкоп. До самого утра Цинциннат прислушивается к ним.

По ночам звуки возобновляются, а день за днём к Цинциннату является м-сье Пьер с пошлыми разговорами. Жёлтая стена даёт трещину, разверзается с грохотом, и из чёрной дыры, давясь смехом, вылезают м-сье Пьер и Родриг Иванович. М-сье Пьер приглашает Цинцинната посетить его, и тот, не видя иной возможности, ползёт по проходу впереди м-сье Пьера в его камеру. М-сье Пьер выражает радость по поводу своей завязавшейся дружбы с Цинциннатом — такова была его первая задача. Затем м-сье Пьер отпирает ключиком стоящий в углу большой футляр, в котором оказывается широкий топор.

Цинциннат лезет по вырытому проходу обратно, но вдруг оказывается в пещере, а затем через трещину в скале выбирается на волю. Он видит дымчатый, синий город с окнами, как раскалённые угольки, и торопится вниз. Из-за выступа стены появляется Эммочка и ведёт его за собой. Сквозь небольшую дверь в стене они попадают в темноватый коридор и оказываются в директорской квартире, где в столовой за овальным столом пьют чай семейство Родрига Ивановича и м-сье Пьер.

Как принято, накануне казни м-сье Пьер и Цинциннат являются с визитом ко всем главным чиновникам. В честь них устроен пышный обед, в саду пылает иллюминация: вензель «П» и «Ц» (не совсем, однако, вышедший). М-сье Пьер, по обыкновению, в центре внимания, Цинциннат же молчалив и рассеян.

Утром к Цинциннату приходит Марфинька, жалуясь, что трудно было добиться разрешения («Пришлось, конечно, пойти на маленькую уступку, — одним словом, обычная история»). Марфинька рассказывает о свидании с матерью Цинцинната, о том, что к ней самой сватается сосед, бесхитростно предлагает Цинциннату себя («Оставь. Что за вздор», — говорит Цинциннат). Марфиньку манит просунутый в приоткрывшуюся дверь палец, она исчезает на три четверти часа, а Цинциннат во время её отсутствия думает, что не только не приступил к неотложному, важному разговору с ней, но не может теперь даже выразить это важное. Марфинька, разочарованная свиданием, покидает Цинцинната («Я была готова все тебе дать. Стоило стараться»).

Цинциннат садится писать: «Вот тупик тутошней жизни, — и не в её тесных пределах искать спасения». Появляется м-сье Пьер и двое ею подручных, в которых почти невозможно узнать адвоката и директора тюрьмы. Гнедая кляча тащит облупившуюся коляску с ними вниз, в город. Прослышав о казни, начинает собираться публика. На площади возвышается червлёный помост эшафота. Цинциннату, чтобы до него никто не дотрагивался, приходится почти бежать к помосту. Пока идут приготовления, он глядит по сторонам: что-то случилось с освещением, — с солнцем неблагополучно, и часть неба трясётся. Один за другим падают тополя, которыми обсажена площадь.

Цинциннат сам снимает рубашку и ложится на плаху. Начинает считать: «один Цинциннат считал, а другой Цинциннат уже перестал слушать удалявшийся звон ненужного счета, привстал и осмотрелся». Палач ещё не совсем остановился, но сквозь его торс просвечивают перила. Зрители совсем прозрачны.

Цинциннат медленно спускается и идёт по зыбкому сору. За его спиной рушится помост. Во много раз уменьшившийся Родриг безуспешно пытается остановить Цинцинната. Женщина в чёрной шали несёт на руках маленького палача. Все расползается и падает, и Цинциннат идёт среди пыли и упавших вещей в ту сторону, где, судя по голосам, стоят люди, подобные ему.