Роман представляет собой чередование двух сюжетных линий по главам: нечётные — история Кафки Тамуры, рассказанная от первого лица, чётные — история Сатору Накаты. По ходу повествования становится ясно, что обе линии взаимосвязаны. Первой и сорок седьмой главам предшествуют части «Парень по прозвищу Ворона».

Парень по прозвищу Ворона

Кафка Тамура говорит с воображаемым другом, Вороной, своим аlter ego. Когда Тамуре исполнится 15 лет, он собирается уйти из дома. Он станет самым крутым парнем среди пятнадцатилетних.

Главы 1-20

Из дома отца Кафка (имя мальчик выбрал себе сам) забрал деньги, кое-какие вещи, фото с сестрой. Мальчику было 4 года, когда мать, забрав приёмную дочь, ушла от них с отцом. В свой дня рождения он едет на остров Сикоку в город Такамацу. По дороге на Сикоку Тамура знакомится с девушкой Сакурой.

Первую неделю в Такамацу мальчик посещает тренажёрный зал и частную «Мемориальную библиотеку Комура», где собраны редкие издания. Здесь Кафка знакомится с сотрудником учреждения, красивым длинноволосым юношей Осимой. На Тамуру производит сильное впечатление директор библиотеки Саэки-сан — худенькая женщина 45-ти лет, стройная. «Тонкое, интеллигентное лицо. Красивые глаза». «Женщина меня просто поразила — от неё веяло каким-то теплом. Вот бы мне такую мать!»

На восьмой день Тамура очнулся в темноте в каких-то зарослях. На майке липкая кровь. Мальчик ничего не помнит. Опасаясь, что совершил преступление, Кафка решает не возвращаться в отель. Он звонит Сакуре, рассказывает о ситуации и остаётся ночевать у неё. Тамура думает, что девушка может оказаться его сестрой.

В беседе с Кафкой Осима узнаёт, что мальчику негде ночевать. Он предлагает стать Кафке помощником в библиотеке.

Вечером юноша отвозит Тамуру в Коти (префектура на о. Сикоку), в домик, похожий на хижину. Они слушают ре-мажорную сонату Шуберта, Осима восхищается её несовершенством. Юноша рассказывает, что он болен гемофилией.

В домике в чаще Кафка отдыхает, читает книги, ходит в лес.

Через три дня Осима забрал Тамуру обратно. По дороге он рассказал историю Саэки-сан. В юности она была хорошей пианисткой, написала песню «Кафка на пляже», которая в те времена стала хитом. У неё был возлюбленный, старший сын Комуры (семья, содержащая библиотеку), но в 20 лет он трагически погиб. После этого Саэки-сан бросила музыку, изолировалась от мира, а потом исчезла. Через 25 лет она вернулась и стала заведовать библиотекой.

Тамура поселился в комнате в библиотеке. Там висела необычная картина — мальчик на фоне моря.

Кафка случайно узнаёт, что Осима биологически женщина. Но чувствует он себя стопроцентным мужчиной, тем более что некоторые особенности женского организма у него отсутствуют.

В нескольких первых главах представлен доклад службы военной разведки Сухопутных Сил США о происшествии у горы Рисовая Чашка 1944 года в префектуре Яманаси: записи разговоров военных с очевидцами. Классная руководительница рассказала, как во время похода за грибами все дети её класса одновременно упали в обморок на два часа. Перед этим над ними пролетел самолёт «Б-29». Испуганная учительница убежала за помощью в школу.

Врач рассказывает о результатах осмотра: все дети пришли в себя, кроме одного мальчика — Сатору Накаты. У других детей все функции были в норме, об обмороке они не помнили.

Вызванный в Яманаси профессор психиатрии выдвинул версию — гипноз: именно поэтому дети потеряли сознание. Наката через две недели после происшествия пришёл в себя. Он был как чистый лист бумаги: ничего не помнил из того, что знал до этого момента.

В 1973 г. в письме профессору классная руководительница Накаты пишет, что в день происшествия мальчик нашёл её окровавленное полотенце (у неё внезапно началась менструация) и принёс учительнице, за что та дико разозлилась, ей было стыдно. Она накричала на Сатору, отхлестав мальчика по щекам. Потом обнимала и извинялась.

Наката был эвакуирован из Токио. Он был симпатичным, самым умным ребёнком в классе. Женщина раскаивалась.

История Сатору продолжается уже в настоящем времени. Старичок Наката разыскивает кошку Кунжутку и расспрашивает о ней разных котов (он понимает кошачий язык). В этих беседах выясняется, что Наката — слабоумный, читать и писать не умеет, получает пособие, живёт один. Говорит чудно́, от третьего лица. Один из котов, Оцука-сан, замечает, что тень старичка бледновата. Оцука-сан когда-то видел человека с такой же тенью.

В поисках помогает сиамка Мими: Кунжутка была на пустыре пару дней назад. Но там часто появляется страшный тип в чудно́й шляпе, ловит кошек и прячет в мешок. Он очень опасен.

На пустыре к Накате подходит пёс и отводит старика в незнакомый дом. Там Наката знакомится с человеком в чёрном цилиндре — Джонни Уокером (так мужчина представился).

Джонни Уокер похищает кошек и отрезает им головы. Из душ кошек он делает необычные флейты. Уокер поставил Накате условие: либо старик его убивает, либо Джонни на его глазах расчленяет его знакомых кошек. Не выдержав кровавого зрелища, Наката убивает кошкодава. Мими и Кунжутку ему удаётся спасти. После этого старичок потерял сознание.

Наката очнулся в траве. К его удивлению, на одежде не осталось ни одного пятнышка крови. Он вернул Кунжутку хозяевам, получил вознаграждение. Наката пошёл на полицейский пост и признался в убийстве Джонни Уокера. Полицейский решил, что старик сумасшедший, и не задержал его. Перед уходом Наката предсказал, что завтра будет дождь из рыбы. Так и случилось. К тому же был обнаружен труп мужчины. Но Накаты уже не было в городе.

Автостопом Наката добирается до Фудзикавы (посёлок в префектуре Яманаси). Там старик увидел, как одного парня избивает компания молодчиков. Наката раскрыл зонтик, и с неба начали падать пиявки. Хулиганы оставили жертву в покое.

Старичок нашёл молодого шофёра Хосино, согласившегося подвести его до Кобэ.

Главы 21-46

Кафка из газеты узнаёт об убийстве своего отца, Коити Тамуры, знаменитом скульпторе. Именно в тот день Кафка очнулся в зарослях, запачканный кровью. Мальчик думает о пророчестве отца: «Когда-нибудь этой самой рукой ты убьёшь своего отца и будешь жить со своей матерью». Осима проводит параллель с «Эдипом» Софокла, говорит, что весь мир — метафора, однако Кафка же не мог убить отца, находясь в другом месте. Но Тамура не уверен в этом.

По ночам в комнате Кафки появляется призрак пятнадцатилетней девочки Саэки-сан. Парень влюбляется в неё. Он рассказывает Осиме о ночном видении. Тот советует почитать «Повести о Гэндзи»: там описан случай, когда живой человек становится призраком, сам того не подозревая (история о Даме с Шестой линии, ревновавшей Гэндзи к его жене Аои).

Тамура получает от Осимы пластинку «Кафки на пляже» 1969 года. Песня брала за душу. Кафка находит символический смысл в стихах, где упоминается камень от входа.

Тамуру ищет полиция, ведь мальчик единственный сын убитого скульптора.

Как-то ночью в его комнате появилась реальная Саэки-сан. Она спала с открытыми глазами и в бессознательном состоянии соблазнила Тамуру.

После несчастного случая с Накатой все как будто перестали замечать некогда способного мальчика. Родители полностью переключились на младших, Накату отправили в Нагано к бабушке с дедушкой. Там он научился разговаривать с кошками. С 15 лет работал на мебельной фабрике — у него были золотые руки. После смерти хозяина мастерская закрылась. Заработанные средства за всю жизнь пустил по ветру двоюродный брат Накаты. Тогда родной брат устроил его в Токио на пособие.

Хосино, который привёз Накату в Кобэ, взял отгул на работе и решил поехать на о. Сикоку со стариком. Вместе они продолжают путешествие и ищут, по словам старика, камень от входа. В перерывах между поисками Наката надолго засыпает — больше, чем на сутки.

Как-то, пока старик спал, Хосино на улице остановил человек, внешне похожий на полковника Сандерса с рекламы кур, предложил ему снять девочку и обещал рассказать о камне.

Проституткой, обслуживающей Хосино, оказалась девушка с красивой фигурой, подрабатывающая студентка философского факультета. После их «свидания» Сандерс отвёл парня в храм и отдал ему камень. Полковник заявил, что он не человек, а абстракция, принимающая любую форму.

Тамура рассказывает Саэки-сан о своей теории: мальчик думает, что она — его мать, а проклятие отца действует: он любит и хочет Саэки-сан. Вечером женщина приходит к Тамуре, и они идут к месту на берегу моря, где художник рисовал мальчика с картины — «Кафку на пляже». С этой ночи женщина уже сознательно вступает в интимную связь с Тамурой.

Парня подозревают в сговоре с убийцей отца и активно разыскивают. К тому же, Осима решил, что Кафке лучше сейчас не видеться с Саэки-сан: с нею рядом ходит смерть. Он снова отвозит его в Коти и предупреждает, чтобы Кафка не заходил глубоко в лес. Перед войной вовремя учений там пропало двое солдат, их так и не нашли.

Наката считает себя пустышкой из-за того, что случилось в войну. Тогда он уходил и вернулся, поэтому теперь должен своё дело

Во время грозы они открывают вход: Хосино с огромным трудом переворачивает отяжелевший камень.

Как-то, пока Наката спал, Хосино зашёл в хорошую кофейню, где услышал трио «Эрцгерцог» Бетховена. Музыка произвела на него сильное впечатление, хотя раньше парень не интересовался классикой.

На отключённый мобильник Хосино звонит полковник Сандерс и сообщает, что их с Накатой ищет полиция. Пока они могут спрятаться в снятой Сандерсом квартире.

На машине, взятой в аренду, Хосино и Наката объехали весь Такамацу. Нужным местом оказалась библиотека Комура.

На следующий день они пришли в библиотеку. Наката был тем самым человеком, которого ждала Саэки-сан. В их беседе открывается, что женщина когда-то тоже имела дело с камнем от входа. Задача Накаты — вернуть теперь всё на свои места. Он замечает, что у Саэки-сан так же половинка от тени, как и у него.

После ухода Накаты Осима обнаружил в кабинете мёртвую Саэки-сан.

По её просьбе Наката сжигает все её записи о своей жизни, не читая. После этого Наката вновь впал «в спячку». Однако больше не проснулся: во сне он умер. Хосино остался с ним: надо довести дело до конца.

Тамуре снится, что он изнасиловал Сакуру, осознавая при этом во сне, что Сакура — его сестра.

Мальчик вновь идёт лес, теперь с баллончиком жёлтой краски, ножом, топориком и другими вещами. Теперь он не заблудится. Парень чувствовал, что за ним наблюдают. Он сожалел о своём поступке с Сакурой, пусть это и было только во сне. Вдруг Кафка почувствовал себя «полым человеком», бросил рюкзак, взял только нож и вступил в чащу.

Пробираясь в чаще, Тамура думает о Саэки-сан как о матери. Почему она его бросила? Почему она его не любила? Но Ворона убеждает, что всё наоборот: мать любила его.

Кафка встречает в лесу пропавших когда-то молодых солдат. Они сознательно остались в лесу, так как не хотели никого убивать на войне: это жестоко и бессмысленно. Теперь они охраняют вход. Тамура решается войти.

Часовые отвели Тамуру в хижину, похожую на дом Осимы. К нему является призрак 15-летней Саэки-сан. Она готовит для Кафки.

Парень по прозвищу Ворона

Ворона кружил над лесом и увидел человека в цилиндре. Тот хвалился смертью по собственному желанию, называя себя изменчивым духом. Сейчас он находится в пограничной зоне между жизнью и смертью — limbo. Мужчина заявил, что Ворона не в силах остановить его. Ворона рвёт в клочья плоть мужчины, но тот только смеётся. Хохот походил на звук флейты, доносящийся из другого мира.

Главы 47-49

От говорящего кота Хосино узнаёт, что делать: ночью появится он, гад, которому нельзя дать пройти вход, его надо убить. Тогда дело Накаты будет закончено.

Ночью изо рта старика вылезает белое длинное существо. Хосино догадался, что сначала надо закрыть вход — перевернуть камень. После этого парень разрубил слизняка на куски. Хосино сжёг останки и уехал, решив позвонить с вокзала в полицию и рассказать о местонахождении трупа Накаты.

К Тамуре приходит взрослая Саэки-сан и берёт с мальчика обещание вернуться, пока вход открыт. Она просит его простить ту, что его бросила. «Мама, — говоришь ты, — я прощаю тебя».

Брат Осимы Сада привозит Тамуру в Такамацу. Мальчик решает вернуться в школу и прощается с Осимой. Кафка думает над словами Саэки-сан: «Хочу, чтобы ты помнил обо мне...» Ворона говорит, что Кафка — самый крутой парень в настоящем мире. «Я уснул. И проснулся частицей нового мира».