Предмет рассказа составляет «житье-бытье» представителей старгородской «соборной поповки»: протоиерея Савелия Туберозова, священника Захария Бенефактова и дьякона Ахиллы Десницына.

Бездетный Туберозов сохраняет весь пыл сердца и всю энергию молодости. Личность Бенефактова — воплощённая кротость и смирение. Дьякон Ахилла богатырь и прекрасно поёт, но из-за своей увлечённости получает прозвище «уязвлённого». Предводитель дворянства привозит из Петербурга три трости: две с одинаковыми золотыми набалдашниками и одну с серебряным для Ахиллы, чем наводит на поповку «сомнение». Туберозов увозит обе трости в город и на своей гравирует «Жезл Ааронов расцвёл», а на трости Захарии — «Даде в руку его посох». Ахиллову трость он прячет под замок, потому как она не полагается ему по сану. «Легкомысленная» реакция Ахиллы приводит к тому, что отец Савелий с ним не разговаривает. Со времени своего рукоположения Туберозов ведёт «демикотоновую» книгу, куда записывает, как «прекраснодушна» его супруга Наталья Николаевна, как он знакомится с барыней Плодомасовой и её слугой-карликом Николаем Афанасьевичем, как бедняк Пизонский пригревает мальчика-сироту. Последняя история служит основой для проповеди, за которую, а также за неподобающее отношение к раскольникам, на протопопа пишут доносы. Ахилла «уязвлён» учителем Варнавой Препотенским, который ставит опыты над утопленником. В день Мефодия Песношского, когда «пейзаж представляет собой простоту жизни, как увертюра представляет музыку оперы», жители Старгорода идут купаться. Выезжающий на красном коне из реки Ахилла рассказывает, что отобрал у учителя Варнавки кости покойника, но их снова украли. Лекарь стращает дьякона незнакомыми словами, тот обещает «выдушить вольнодумную кость» из города и просит называть себя «Ахиллой-воином». Валериан Николаевич Дарьянов приходит к просвирне Препотенской, где застаёт её сына Варнаву. Тот сообщает, что математически доказал Туберозову «неверность исчисления праздничных дней» и считает, что такие, как протопоп, замедляют «революцию» и вообще служат в тайной полиции. Когда мать отдаёт Ахилле кости, Препотенский отправляется к акцизнице Дарье Николаевне Бизюкиной, и та даёт ему платок на шею, чтобы, когда Ахилла его бил, было «мягко и небольно». Варнава возвращает кости, мать их хоронит, но свинья выкапывает, Препотенский дерётся с Ахиллой. Разговор Варнавы слышит ученица Туберозова Серболова, которая призывает Препотенского не огорчать мать. Просвирня признает, что сын её добрый, но испорченный и, в то время как он кормит её лошадиной ветчиной, поит его наговорной водой.

Когда к просвирне приходит Туберозов, Препотенский достаёт кости, укладывает их на голову и показывает протопопу язык. Но перед Варнавой предстаёт грозный дьякон, и учитель отдаёт кости акцизничихе Бизюкиной, говоря, что за ним гонятся шпионы и духовенство. Муж Бизюкиной щёлкает на дьякона челюстями скелета, и от камня Ахиллы его спасает защита Туберозова. Протопоп боится, что этой историей смогут воспользоваться «дурные люди». Ахилла приводит к протопопу Данилку, который утверждает, что долгожданный дождь прошёл лишь благодаря природе. Протопоп выгоняет еретичествующего Данилку и призывает Ахиллу не свирепствовать. Но дьякону «утерпеть невозможно», и он в своём «радении» полагается лишь на силу, объясняя Данилке, что наказал его по «христианской обязанности». Мещане считают, что Данилка только повторяет слова действительно заслужившего наказание Варнавы.

На именины исправницы приезжает плодомасовский карлик с сестрой. Николай Афанасьевич рассказывает, как покойная хозяйка-«утешительница» Марфа Андреевна отпускает на волю всю его родню и тем самого «ожесточает», как хочет женить Николая Афанасьевича на карлице-чухонке и торгуется с её хозяйкой, как «карла Николавра» встречается и разговаривает с самим государем. Отец протопоп признается предводителю Туганову, что жизнь без идеалов, веры и почтения к предкам погубит Россию, и пришло время «долг исполнять». Тот называет его «маньяком». В город приезжают «неприятные лица» — ревизор князь Борноволоков, университетский товарищ Бизюкина, и Измаил Термосесов, шантажирующий князя его «революционным» прошлым. Готовясь к встрече гостей, жена Бизюкина, наслышанная о вкусах «новых» людей, выбрасывает из дома все «излишнее» убранство, снимает со стены образ, разыгрывает занятие с дворовыми детьми и даже специально пачкает руки. Но Термосесов удивляет хозяйку словами о необходимости службы и вреде созидающей грамоты во времена разрушения. Он заставляет её переодеться и вымыть руки, в ответ Бизюкина влюбляется в гостя. Термосесов клянётся отомстить её злейшим врагам дьякону и протопопу. Он предлагает Борноволокову тактику, которая докажет допустимость религии лишь как одной из форм администрации и вредность независимых людей в духовенстве. Ревизор уполномочивает его действовать.

Термосесов знакомится с Варнавкой и заставляет «гражданина» Данилку подписать жалобу ревизору на Ахиллу. Воспользовавшись услугами почтмейстерши, Термосесов приказывает Борноволокову упомянуть о нем в письме как об «опасном человеке», так как мечтает получить «хорошее место», заставляет подписать донос на Туганова и Савелия и требует отступных денег. Препотенский вспоминает «Дым» Тургенева и ратует за естественные права. Отец Савелий решается на «задуманное», бросает курить, отказывается давать показания относительно «соблазнительных» поступков Ахиллы и уезжает к благочинию. На обратном пути он чуть не погибает в грозе и, чувствуя, что отныне живёт не свою, а вторую жизнь, требует, чтобы все чиновники города пришли на литургию. Поучение в городе воспринимают как революцию. Термосесов и Борноволоков разъезжаются. Протопопа забирают в губернский город, и для него начинается не жизнь, а «житие». За него пытаются заступаться Ахилла и Николай Афанасьевич, но Савелий не хочет виниться, и его назначают причетником. На именинах почтмейстерши, в пылу спора о храбрости Препотенский пытается потянуть за ус майора, но устраивает скандал, пугается и убегает из города. Приехавшая к мужу Наталья Николаевна работает не щадя себя, заболевает, просит прощения у Савелия и перед смертью видит во сне Ахиллу, который призывает её молиться о муже: «Господи, ими же веси путями спаси». После похорон карлик даёт протопопу мирскую просьбу о его помиловании, но протопоп отказывается повиниться, так как «закон не позволяет». Но соглашается повиниться, если ему прикажут. Рачительный Николай Афанасьевич добывает приказ, но Савелий и тут действует по-своему, и его хотя и освобождают, но накладывают «запрещение». По дороге домой карлик смешит Савелия рассказами о новой собачке Ахиллы Какваске. Ахилла остаётся жить с Савелием, который практически не выходит на улицу, но архиерей забирает дьякона в синод. В письмах протопопу Ахилла упоминает о Варнаве, который женился и нередко бывает бит, и Термосесове, служившем на «негласной» службе, но попавшемся на фальшивых деньгах. Вернувшись, Ахилла употребляет «пустые» словечки «ву пердю», «хвакт» и «ерунда», и утверждает, что бога нет, а человек трудится для еды. После слов Савелия дьякон раскаивается: «душе его надо было болеть и умереть, чтобы воскреснуть».

В ночь смерти Туберозова карлик привозит разрешение от «запрещения» и протопоп предстаёт в гробу в полном облачении. Ахилла погружается в себя, называет усопшего «мучеником», потому как понимает, о чем заботился покойный, и произносит всего лишь одну фразу на многолюдных похоронах: «Но возрят нань его же прободоша». Ахилла чрезвычайно уязвлён кончиной Савелия, не выходит из дома и даже обвиняет нового протопопа Иордиона Крацианского в «поважности». Дьякон продаёт все имущество и, решив построить Савелию собственный монумент, уезжает к Туганову за советом. Но там обнаруживает, что съел деньги вместе с лепёшками. Туганов даёт ему денег, и Ахилла устанавливает на кладбище пирамиду с херувимами, всем своим видом подтверждающую «возвышенную чувствительность» дьякона. Умирает Николай Афанасьевич, и Ахилла справедливо уверен, что «она» вскоре придёт за ним и Захарием. Весной в городе появляется ужасный «черт», который, в числе прочих злодеяний, ворует кресты с кладбища и портит памятник протопопу. Ахилла клянётся отомстить, подкарауливает «черта» на кладбище, ловит и всю ночь не выпускает из канавы, сильно замёрзнув. «Черт» оказывается переодетым Данилкой, и, чтобы успокоить толпу, Ахилла демонстрирует его горожанам. Пытается защитить его от наказания, но «падает больным» и вскоре, покаявшись протопопу, умирает. Тихий Захария ненадолго переживает Савелия и Ахиллу, и во время Светлого Воскресения «старгородская поповка» нуждается в полном обновлении.