В дом состоятельного сквайра Олверти, где он живёт со своей сестрой Бриджет, подкидывают младенца. Сквайр, несколько лет назад потерявший жену и детей, решает воспитать ребёнка как родного сына. Вскоре ему удаётся найти мать подкидыша, небогатую деревенскую женщину Дженни Джонс. Олверти не удаётся узнать от неё имя отца мальчика, но поскольку Дженни раскаивается в своём поступке, сквайр не передаёт дело в суд, а лишь высылает Дженни из родных мест, предварительно ссудив ей крупную сумму. Олверти продолжает поиски отца ребёнка. Подозрение его падает на деревенского учителя Партриджа, у которого Дженни долгое время брала уроки латыни. По настоянию Олверти дело передают в суд. Жена учителя, которая давно ревновала его к Дженни, обвиняет мужа во всех смертных грехах, и ни у кого не остаётся сомнений в том, что учитель — отец мальчика. Хотя сам Партридж отрицает свою связь с Дженни, его признают виновным, и Олверти высылает его из деревни.

Сестра сквайра, Бриджет, выходит замуж за капитана Блайфила, и у них рождается сын. Том Джонс, найдёныш, снискавший любовь Олверти, воспитывается вместе с юным Блайфилом, но жадный и завистливый капитан, боясь, что состояние Олверти перейдёт к найдёнышу, ненавидит его, пытаясь любыми способами опорочить мальчика в глазах его названого отца. Через некоторое время капитан неожиданно умирает, и Бриджет становится вдовой. С раннего возраста Том не отличается примерным поведением. Не в пример Блайфилу — не по летам сдержанному, набожному и прилежному — Том не проявляет рвения в учёбе и своими проказами постоянно доставляет беспокойство Олверти и Бриджет. Несмотря на это, все в доме любят найдёныша за его доброту и отзывчивость. Блайфил никогда не принимает участия в играх Тома, но осуждает его проделки и не упускает случая отчитать за неподобающее времяпрепровождение. Но Том никогда не сердится на него и искренне любит Блайфила как родного брата.

С самого детства Том дружит с Софьей, дочерью соседа Олверти — богатого сквайра Вестерна. Они много времени проводят вместе и становятся неразлучными друзьями.

Для воспитания юношей Олверти приглашает в дом богослова Твакома и философа Сквейра, которые предъявляют к своим ученикам одно требование: они должны бездумно зубрить их уроки и не иметь собственного мнения. Блайфил с первых же дней завоёвывает их симпатию, поскольку старательно заучивает наизусть все их наставления. Но Тому неинтересно повторять за спесивыми и заносчивыми наставниками прописные истины, и он находит себе другие занятия.

Том проводит все своё свободное время в доме нищего сторожа, семья которого погибает от голода. Юноша по мере возможности старается помочь несчастным, отдавая им все свои карманные деньги. Узнав о том, что Том продал свою Библию и лошадь, подаренную ему Олверти, и вырученные деньги отдал семье сторожа, Блайфил и оба учителя в гневе обрушиваются на юношу, считая его поступок достойным порицания, тогда как Олверти тронут добротой своего любимца. Есть и ещё одна причина, которая заставляет Тома проводить столько времени в семье сторожа: он влюблён в Молли, одну из его дочерей. Беззаботная и легкомысленная девушка сразу же принимает его ухаживания, и вскоре её семейство узнает о том, что Молли беременна. Эта весть мгновенно разносится по всей округе. Софья Вестерн, которая давно уже любит Тома, приходит в отчаяние. Он же, привыкший видеть в ней только подругу своих детских игр, лишь теперь замечает, как она расцвела. Незаметно для себя самого Том все больше привязывается к девушке, и со временем эта привязанность перерастает в любовь. Том глубоко несчастен, поскольку понимает, что теперь обязан жениться на Молли. Однако дело принимает неожиданный оборот: Том застаёт Молли в объятиях своего учителя, философа Сквейра. Через некоторое время Том узнает, что Молли беременна вовсе не от него, в силу чего считает себя свободным от каких бы то ни было обязательств перед ней.

Тем временем сквайр Олверти тяжело заболевает. Чувствуя приближение конца, он отдаёт последние распоряжения по поводу наследства. Один лишь Том, горячо любящий своего названого отца, безутешен, тогда как все остальные, в том числе и Блайфил, обеспокоены лишь своей долей в наследстве. В дом прибывает посыльный и приносит сообщение о том, что Бриджет Олверти, которая на несколько дней отлучилась из имения, скоропостижно скончалась. К вечеру того же дня сквайру становится легче и он явно идёт на поправку. Том так счастлив, что даже смерть Бриджет не может омрачить его радость. Желая отпраздновать выздоровление названого отца, он напивается допьяна, что вызывает осуждение окружающих.

Сквайр Вестерн мечтает выдать свою дочь замуж за Блайфила. Это представляется ему крайне выгодным делом, так как Блайфил — наследник большей части состояния Олверти. Даже не интересуясь мнением дочери. Вестерн спешит получить согласие на брак у Олверти. Уже назначен день свадьбы, но Софья неожиданно для отца объявляет ему, что никогда не станет женой Блайфила. Разгневанный отец запирает её в комнате, надеясь на то, что она одумается.

В это время у Блайфила, который с самого детства втайне ненавидел Тома, так как опасался, что большая часть наследства перейдёт к найдёнышу, созревает коварный план. Сгущая краски, он рассказывает сквайру о недостойном поведении Тома в тот самый день, когда Олверти был на волосок от смерти. Поскольку все слуги были свидетелями буйного веселья подвыпившего Тома, Блайфилу удаётся убедить сквайра в том, что Том радовался его близкой кончине и тому, что скоро станет обладателем немалого состояния. Поверив Блайфилу, разгневанный сквайр выгоняет Тома из дома.

Том пишет Софье прощальное письмо, понимая, что, несмотря на его пылкую любовь к ней, теперь, когда он обречён на скитания и нищенскую жизнь, он не имеет права рассчитывать на её расположение и просить её руки. Том покидает поместье, намереваясь податься в матросы. Софья, отчаявшись умолить отца не выдавать её замуж за ненавистного ей Блайфила, убегает из дому.

В провинциальной гостинице Том случайно встречает Партриджа, того самого учителя, которого Олверти когда-то выслал из его деревни, считая его отцом найдёныша. Партридж убеждает молодого человека в том, что пострадал безвинно, и просит разрешения сопровождать Тома в его странствиях.

По пути к городу Эптону Том спасает от рук насильника женщину, некую миссис Вотерс. В городской гостинице миссис Вотерс, которой сразу приглянулся красавец Том, с лёгкостью соблазняет его.

В это время Софья, которая направляется в Лондон, в надежде найти приют у старой приятельницы их семьи, также останавливается в эптонской гостинице и с радостью узнает, что Том находится в числе постояльцев. Однако, услышав о том, что он изменил ей, разгневанная девушка в знак того, что ей все известно о поведении возлюбленного, оставляет в его комнате свою муфту и в слезах покидает Эптон. По счастливой случайности в той же гостинице останавливается и кузина Софьи, миссис Фитцпатрик, убежавшая от своего мужа, негодяя и развратника. Она предлагает Софье вместе скрываться от преследователей. В самом деле, сразу после отъезда беглянок в гостиницу прибывают разъярённый отец Софьи и мистер Фитцпатрик.

Утром Том догадывается, почему Софья не захотела его видеть, и в отчаянии покидает гостиницу, надеясь догнать свою возлюбленную и получить её прощение.

В Лондоне Софья находит леди Белластон. Та радушно принимает девушку и, услышав её печальную историю, обещает ей свою помощь.

Том с Партриджем вскоре также прибывают в Лондон. После долгих поисков Тому удаётся напасть на след возлюбленной, но её кузина и леди Белластон препятствуют тому, чтобы он встретился с Софьей. У леди Белластон есть на то и свои причины: несмотря на то что она годится в матери Тому, она страстно влюбляется в него и пытается соблазнить молодого человека. Том догадывается, чего от него добивается леди, но тем не менее он не отказывается от встреч с ней и даже принимает от неё деньги и подарки, ибо у него нет выбора: во-первых, он надеется узнать, где Софья, а во-вторых, у него нет никаких средств к существованию. Однако в отношениях с леди Белластон Тому удаётся сохранить дистанцию. Наконец Том случайно встречает возлюбленную, но та, выслушав уверения в вечной любви и верности, отвергает Тома, ибо не может простить ему измену. Том в отчаянии.

В доме, где Том с Партриджем снимают комнату, проживает мистер Найтингейл, с которым Том сразу же подружился. Найтингейл и Нанси — дочь их хозяйки, миссис Миллер, любят друг друга. Том узнает от приятеля, что Нанси беременна от него. Но Найтингейл не может жениться на ней, ибо боится отца, который нашёл для него богатую невесту и, желая прибрать к рукам приданое, настаивает на немедленной свадьбе. Найтингейл покоряется судьбе и тайком съезжает от миссис Миллер, оставив Нанси письмо, в котором объясняет ей причины своего исчезновения. Том узнает от миссис Миллер, что её Нанси, которая горячо любит Найтингейла, получив его прощальное письмо, уже пыталась наложить на себя руки. Том отправляется к отцу своего легкомысленного приятеля и объявляет ему, что тот уже обвенчан с Нанси. Найтингейл-старший смиряется перед неизбежностью, а миссис Миллер и её дочь спешно готовятся к свадьбе. Отныне Нанси и её мать считают Тома своим спасителем.

Леди Белластон, без ума влюблённая в Тома, постоянно требует от него свиданий. Понимая, насколько он ей обязан. Том не в силах отказать ей. Но её домогательства вскоре становятся ему невыносимы. Найдёныш предлагает приятелю хитроумный план: он должен написать ей письмо с предложением руки и сердца. Поскольку леди Белластон считается с мнением света и не решится выйти замуж за человека, который вдвое младше её, она будет вынуждена отказать Тому, а он, воспользовавшись этим, будет вправе прекратить с ней всякие отношения. План удаётся, но разгневанная леди решает отомстить Тому.

За Софьей, которая по-прежнему живёт в её доме, ухаживает богатый лорд Фелламар. Он делает ей предложение, но получает отказ. Коварная леди Белластон объясняет лорду, что девушка влюблена в нищего проходимца; если лорду удастся избавиться от соперника, сердце Софьи будет свободно.

Том навещает миссис Фитцпатрик, чтобы поговорить с ней о Софье. Выходя из её дома, он сталкивается с её мужем. Взбешённый ревнивец, который наконец напал на след беглянки и узнал, где она живёт, принимает молодого человека за её любовника и оскорбляет его. Том вынужден обнажить шпагу и принять вызов. Когда Фитцпатрик падает, пронзённый шпагой Тома, их внезапно окружает группа дюжих молодцов. Они хватают Тома, сдают констеблю, и он попадает в тюрьму. Оказывается, что Фелламар подослал нескольких матросов и приказал им завербовать Тома на корабль, дав им понять, что хочет избавиться от него, а они, застигнув Тома во время поединка, когда он ранил своего соперника, решили просто сдать Тома полиции.

В Лондон приезжает отец Софьи, мистер Вестерн. Он находит дочь и объявляет ей, что, до тех пор пока не приедут Олверти и Блайфил, девушка будет сидеть под домашним арестом и ждать свадьбы. Леди Белластон, решив отомстить Тому, показывает Софье его письмо с предложением руки и сердца. Вскоре девушка узнает о том, что Том обвиняется в убийстве и находится в тюрьме. Приезжает Олверти с племянником и останавливается у миссис Миллер. Олверти — её давний благодетель, он неизменно помогал бедной женщине, когда у неё умер муж и она осталась без средств с двумя малолетними детьми на руках. Узнав о том, что Том — приёмный сын сквайра, миссис Миллер рассказывает ему о благородстве молодого человека. Но Олверти по-прежнему верит клевете, и похвалы, расточаемые Тому, не трогают его.

Найтингейл, миссис Миллер и Партридж часто навещают Тома в тюрьме. Вскоре к нему приходит та самая миссис Вотерс, случайная связь с которой привела к размолвке с Софьей. После того как Том покинул Элтон, миссис Вотерс познакомилась там с Фитцпатриком, стала его любовницей и уехала вместе с ним. Узнав от Фитцпатрика о его недавнем столкновении с Томом, она поспешила навестить несчастного узника. Том с облегчением узнает, что Фитцпатрик цел и невредим. Партридж, который также пришёл навестить Тома, сообщает ему, что женщина, которая называет себя миссис Вотерс, на самом деле — Дженни Джонс, родная мать Тома. Том в ужасе: он согрешил с собственной матерью. Партридж, который никогда не умел держать язык за зубами, рассказывает об этом Олверти, и тот немедля вызывает миссис Вотерс к себе. Представ перед своим бывшим хозяином и узнав от него, что Том — тот самый младенец, которого она подкинула в дом сквайра, Дженни наконец решается рассказать Олверти обо всем, что ей известно. Оказывается, что ни она, ни Партридж непричастны к рождению ребёнка. Отец Тома — сын друга Олверти, который когда-то прожил в доме сквайра год и умер от оспы, а мать — не кто иная, как родная сестра сквайра, Бриджет. Боясь осуждения брата, Бриджет скрыла от него, что родила ребёнка, и за крупное вознаграждение уговорила Дженни подкинуть мальчика в их дом. Старый слуга Олверти, услышав, что сквайр узнал всю правду, признается хозяину, что Бриджет на смертном одре открыла ему свою тайну и написала брату письмо, которое он вручил мистеру Блайфилу, ибо Олверти в тот момент был без сознания. Только теперь Олверти догадывается о коварстве Блайфила, который, желая прибрать к рукам состояние сквайра, скрыл от него, что они с Томом — родные братья. Вскоре Олверти получает письмо от бывшего учителя мальчика, философа Сквейра. В нем он сообщает сквайру о том, что лежит при смерти и считает своим долгом сказать ему всю правду. Сквейр, который никогда не любил Тома, искренне раскаивается: он знал, что Блайфил оклеветал Тома, но, вместо того чтобы разоблачить Блайфила, предпочёл промолчать. Олверти узнает, что один Том был безутешен, когда сквайр был между жизнью и смертью, а причиной столь неумеренной радости юноши было как раз выздоровление его названого отца.

Олверти, узнав всю правду о своём племяннике, искренне раскаивается во всем, что произошло, и проклинает неблагодарного Блайфила. Поскольку Фитцпатрик не предъявил Тому никаких обвинений, его освобождают из тюрьмы. Олверти просит прощения у Тома, но благородный Том ни в чем не винит сквайра.

Найтингейл рассказывает Софье о том, что Том и не собирался жениться на леди Белластон, поскольку это он, Найтингейл, подговорил Тома написать ей то письмо, которое она видела. Том является к Софье и вновь просит её руки. Сквайр Вестерн, узнав о намерении Олверти сделать Тома своим наследником, с радостью даёт своё согласие на их брак. Влюблённые после свадьбы уезжают в деревню и счастливо живут вдали от городской суеты.