«Подвигнуть человека к исправлению нравов, указав ему надлежащий путь», — причина, побудившая автора создать эту горестную повесть. Богатый и знатный Франваль, развращённый полученным воспитанием и «новомодными веяниями», женится на очаровательной мадемуазели де Фарней. Жена боготворит мужа, он же «поразительно хладнокровен» к ней. Тем не менее через год у них рождается дочь, названная Франвалем Эжени — «одновременно мерзейшее и прекраснейшее творение природы».

Едва дитя появилось на свет, Франваль начинает осуществлять свой гнусный замысел. Он разлучает младенца с матерью и отдаёт на воспитание верным ему женщинам. В семь лет он нанимает дочери учителей и начинает обучать её самым разнообразным наукам и тренирует её тело. Эжени живёт, подчиняясь продуманному Франвалем распорядку, ест только выбранные им блюда, общается только с ним. Матери и бабушке крайне редко дозволяется видеть девочку. Несмотря на робкие протесты матери, Франваль запрещает давать дочери основы религиозного воспитания. Напротив, он исподволь внушает девушке свои собственные циничные взгляды на религию и мораль и в конце концов полностью подчиняет себе её мысли и волю. Четырнадцатилетняя Эжени любит только своего «друга», своего «брата», как Франваль велит ей называть себя, и ненавидит мать, видя в ней лишь препятствие, стоящее между нею и отцом.

И вот Франваль осуществляет свой гнусный замысел — при полном согласии Эжени делает её своей любовницей. Его система воспитания даёт свои плоды: Эжени с «неутомимым пылом» предаётся любви с собственным отцом. Каждую ночь любовники предаются преступной страсти, но действуют так ловко, что прекрасная госпожа де Франваль ни о чем не догадывается и по-прежнему всеми силами старается угодить мужу; Франваль же обходится с ней все хуже и хуже.

Красавица Эжени начинает привлекать поклонников, и вот уже некий достойный молодой человек просит её руки. Госпожа де Франваль передаёт его предложение дочери, но та отказывается и отсылает мать к отцу за разъяснениями. Услышав из уст жены предложение выдать дочь замуж, Франваль приходит в ярость и под угрозой полной разлуки с дочерью запрещает жене даже думать о браке Эжени. Огорчённая госпожа де Франваль рассказывает обо всем матери, и та, будучи более опытной в житейских делах, начинает подозревать недоброе и сама отправляется к зятю. Но она получает тот же ответ.

Тем временем Франваль убеждает дочь, что её мать хочет их разлучить, и вместе с Эжени они решают подыскать госпоже де Фарней любовника, чтобы отвлечь от себя её внимание. Их просьбу готов выполнить некто Вальмон, приятель Франваля, не обладающий «нравственными предрассудками». Желая склонить к любви госпожу де Франваль, Вальмон рассказывает ей, что муж изменяет ей с Эжени. Не поверив его словам, госпожа де Франваль выгоняет Вальмона, однако в душе её посеяны зерна сомнения. Подкупив служанку Эжени, госпожа де Франваль в ближайшую ночь убеждается в правдивости слов Вальмона. Она умоляет дочь и мужа одуматься, но Франваль, равнодушный к её мольбам, сбрасывает её с лестницы.

Госпожа де Франваль тяжело заболевает, и мать её посылает к Франвалю своего исповедника Клервиля, дабы тот усовестил зятя. Клервиль цели не достигает, а злопамятный Франваль приказывает своим слугам схватить священника и заточить его в одном из своих уединённых замков. Затем, решив непременно скомпрометировать жену, Франваль вновь обращается за содействием к Вальмону. Тот за свою услугу просит показать ему обнажённую Эжени. Увидев юную красавицу в соответствующем виде, Вальмон влюбляется в неё и вместо того, чтобы соблазнять госпожу де Франваль, признается ей в своей любви к Эжени. Желая разорвать преступную связь Эжени с отцом, Вальмон предлагает похитить девушку и жениться на ней.

С согласия госпожи де Франваль Вальмон увозит Эжени, но Франваль догоняет их и убивает Вальмона. Затем, дабы избежать кары правосудия, Франваль бежит в один из своих удалённых замков и берет с собой жену и дочь. Узнав, что Эжени была похищена с ведома его жены, он решает отомстить госпоже де Франваль и поручает дочери отравить мать. Сам же он вынужден бежать за границу, ибо ему вынесен смертный приговор. По дороге на Франваля нападают разбойники и отбирают у него все, что он имел. Израненный и измученный Франваль встречает Клервиля: достойному священнику удалось выбраться из застенков негодяя. Однако, исполненный христианского смирения, Клервиль готов помочь своему мучителю. По дороге Франваль и Клервиль встречают мрачную процессию — хоронят госпожу де Франваль и Эжени. Отравив мать, Эжени внезапно почувствовала столь жгучее раскаяние, что в одночасье умерла возле хладного тела матери. Бросившись на гроб жены, Франваль закалывает себя кинжалом. Таково преступление и «ужасные плоды его»...