Отправившись в Москву после ужина с друзьями, герой проснулся только на следующей почтовой станции — София. С трудом разбудив смотрителя, он потребовал лошадей, но получил отказ ввиду ночного времени. Пришлось дать на водку ямщикам, они запрягли, и путешествие продолжилось.

В Тосне герой знакомится со стряпчим, который занимался тем, что сочинял древние родословные молодым дворянам. На пути из Тосны в Любань путешественник видит крестьянина, который пахал «с великим тщанием», несмотря на то что было воскресенье. Пахарь рассказал, что шесть дней в неделю его семья обрабатывает барскую землю и, чтобы не умереть с голоду, он вынужден работать в праздник, хоть это и грех. Герой размышляет о жестокости помещиков и в то же время упрекает себя в том, что и у него есть слуга, над которым он имеет власть.

В Чудове героя нагоняет его приятель Ч. и рассказывает, почему он должен был спешно покинуть Петербург. Ч., развлечения ради, поплыл на двенадцативесельной лодке из Кронштадта в Систербек. По пути разыгралась буря, и бушующими волнами шлюпку зажало между двумя камнями. Она наполнялась водой, и, казалось, гибель была неизбежна. Но двое отважных гребцов сделали попытку по камням и вплавь добраться до берега, который был в полутора верстах. Одному это удалось, и, выбравшись на берег, он побежал в дом местного начальника, чтобы тот срочно отрядил лодки для спасения оставшихся. Но начальник изволил почивать, и сержант, его подчинённый, не посмел будить его. Когда же, стараниями других, несчастные были все же спасены, Ч. пытался усовестить начальника, но тот сказал: «Не моя то должность». Возмутившись, Ч. «плюнул почти что ему в рожу и вышел вон». Не найдя сочувствия своему поступку у петербургских знакомых, он решил навсегда покинуть этот город.

По дороге из Чудова в Спасскую Полесть к герою подсаживается попутчик и рассказывает ему свою печальную повесть. Доверившись компаньону в делах по откупу, он оказался обманутым, лишился всего состояния и был подведён под уголовный суд. Жена его, переживая случившееся, родила раньше срока и через три дня умерла, умер и недоношенный ребёнок. Друзья, увидев, что его пришли брать под стражу, усадили несчастного в кибитку и велели ехать «куда глаза глядят». Героя тронуло рассказанное попутчиком, и он размышляет о том, как бы довести этот случай до слуха верховной власти, «ибо она лишь может быть беспристрастна». Понимая, что ничем не в силах помочь несчастному, герой воображает себя верховным правителем, государство которого как будто бы процветает, и ему все поют хвалу. Но вот странница Прямо-взора снимает бельма с глаз правителя, и он видит, что царствование его было неправедно, что щедроты изливались на богатых, льстецов, предателей, людей недостойных. Он понимает, что власть есть обязанность блюсти закон и право. Но все это оказалось только сном.

На станции Подберезье герой знакомится с семинаристом, который жалуется на современное обучение. Герой размышляет о науке и труде писателя, задачей которого видит просвещение и восхваление добродетели.

Прибыв в Новгород, герой вспоминает, что этот город в древности имел народное правление, и подвергает сомнению право Ивана Грозного присоединить Новгород. «Но на что право, когда действует сила?» — вопрошает он. Отвлёкшись от размышлений, герой идёт обедать к приятелю Карпу Дементьевичу, прежде купцу, а ныне именитому гражданину. Заходит разговор о торговых делах, и путешественник понимает, что введённая вексельная система не гарантирует честности, а, наоборот, способствует лёгкому обогащению и воровству.

В Зайцеве на почтовом дворе герой встречает давнишнего приятеля г. Крестьянкина, служившего в уголовной палате. Он вышел в отставку, поняв, что в этой должности не может принести пользы отечеству. Он видел лишь жестокость, мздоимство, несправедливость. Крестьянкин рассказал историю о жестоком помещике, сын которого изнасиловал молодую крестьянку. Жених девушки, защищая невесту, проломил насильнику голову. Вместе с женихом были ещё несколько крестьян, и всех их по уложению уголовной палаты рассказчик должен был приговорить к смертной казни или пожизненной каторге. Он пытался оправдать крестьян, но никто из местных дворян не поддержал его, и он был вынужден подать в отставку.

В Крестцах герой становится свидетелем расставания отца с детьми, отправляющимися в службу. Отец читает им наставление о жизненных правилах, призывает быть добродетельными, выполнять предписания закона, сдерживать страсти, ни перед кем не раболепствовать. Герой разделяет мысли отца о том, что власть родителей над детьми ничтожна, что союз между родителями и детьми должен быть «на нежных чувствованиях сердца основан» и нельзя отцу видеть в сыне раба своего.

В Яжелбицах, проезжая мимо кладбища, герой видит, что там совершается погребение. У могилы рыдает отец покойника, говоря, что он — убийца своего сына, так как «излил яд в начало его». Герою кажется, что он слышит своё осуждение. Он, в молодости предаваясь любострастию, переболел «смрадной болезнью» и боится,

не перейдёт ли она на его детей. Размышляя о том, кто является причиной распространения «смрадной болезни», путешественник обвиняет в этом государство, которое открывает путь порокам, защищает публичных женщин.

В Валдае герой вспоминает легенду о монахе Иверского монастыря, влюбившемся в дочь одного валдайского жителя. Как Леандр переплывал Геллеспонт, так этот монах переплывал Валдайское озеро для встречи со своей возлюбленной. Но однажды поднялся ветер, разбушевались волны, и утром тело монаха нашли на отдалённом берегу.

В Едрове герой знакомится с молодой крестьянской девушкой Анютой, разговаривает с ней о ее семье, женихе. Он удивляется, сколько благородства в образе мыслей сельских жителей. Желая помочь Анюте выйти замуж, он предлагает ее жениху деньги на обзаведение. Но Иван отказывается их взять, говоря: «У меня, барин, есть две руки, я ими дом и заведу». Герой размышляет о браке, осуждая существующие ещё обычаи, когда восемнадцатилетнюю девушку могли повенчать с десятилетним ребёнком. Равенство — вот основа семейной жизни, считает он.

По дороге в Хотилово героя посещают мысли о несправедливости крепостного права. То, что один человек может порабощать другого, он называет «зверским обычаем»: «порабощение есть преступление», говорит он. Только тот, кто обрабатывает землю, имеет на неё права. И не может государство, где две трети граждан лишены гражданского звания, «называться блаженным». Герой Радищева понимает, что работа по принуждению даёт меньше плодов, а это препятствует «размножению народа». Перед почтовой станцией он поднимает бумагу, в которой выражены те же мысли, и узнает у почтальона, что последним из проезжавших был один из его друзей. Тот, видимо, забыл свои сочинения на почтовой станции, и герой за некоторое вознаграждение берет забытые бумаги. В них определена целая программа освобождения крестьян от крепостной зависимости, а также содержится положение об уничтожении придворных чинов.

В Торжке герою встречается человек, отправляющий в Петербург прошение о дозволении завести в городе книгопечатание, свободное от цензуры. Они рассуждают о вредности цензуры, которая «словно нянька, водит ребёнка на помочах», и этот «ребёнок», то есть читатель, никогда не научится ходить (мыслить) самостоятельно. Цензурой должно служить само общество: оно либо признает писателя, либо отвергает, так же как театральному спектаклю признание обеспечивает публика, а не директор театра. Здесь же автор, ссылаясь на тетрадку, полученную героем от встреченного им человека, рассказывает об истории возникновения цензуры.

По дороге в Медное путешественник продолжает читать бумаги своего знакомого. Там рассказывается о торгах, которые происходят, если разоряется какой-либо помещик. И среди прочего имущества с торгов идут люди. Старик семидесяти пяти лет, дядька молодого барина, старуха восьмидесяти, его жена, кормилица, вдова сорока лет, молодица восемнадцати, дочь ее и внучка стариков, ее младенец — все они не знают, какая судьба их ждёт, в чьи руки они попадут.

Беседа о российском стихосложении, которую герой ведёт с приятелем за столом трактира, возвращает их к теме вольности. Приятель читает отрывки из своей оды с таким названием.

В деревне Городня происходит рекрутский набор, ставший причиной рыданий толпящегося народа. Плачут матери, жены, невесты. Но не все рекруты недовольны своей судьбой. Один «господский человек», наоборот, рад избавиться от власти своих хозяев. Он был воспитан добрым барином вместе с его сыном, побывал с ним за границей. Но старый барин умер, а молодой женился, и новая барыня поставила холопа на место.

В Пешках герой обозревает крестьянскую избу и удивляется бедности, здесь царящей. Хозяйка просит у него кусочек сахара для ребёнка. Автор в лирическом отступлении обращается к помещику с осуждающей речью: «Жестокосердый помещик! посмотри на детей крестьян, тебе подвластных. Они почти наги». Он сулит ему Божью кару, так как видит, что на земле праведного суда нет.

Заканчивается «Путешествие из Петербурга в Москву» «Словом о Ломоносове». Герой ссылается на то, что эти записки дал ему «парнасский судья», с которым он обедал в Твери. Основное внимание автор уделяет роли Ломоносова в развитии русской литературы, называя его «первым в стезе российской словесности».