Один японский промышленник под влиянием американской моды решил заняться строительством индивидуальных атомных убежищ, однако массовое их производство наладить не удалось, и единственное построенное убежище оказалось заброшенным. Через пять лет строительная компания, использовав бункер в качестве фундамента, возвела трёхэтажное здание, задняя часть которого вплотную примыкала к косогору. В этом доме поселился человек, добровольно покинувший общество. В недавнем прошлом он был личным секретарём одного известного политика, женился на его дочери и занимался рекламой атомных убежищ в строительной компании, которую контролировал его тесть.

Но в один прекрасный день он забрал у жены пятилетнего сына, которого врачи считали умственно отсталым, и вместе с ребёнком стал жить затворником в убежище. Он сам назначил себя поверенным тех, кого любил в этом мире больше всего, — деревьев и китов. Он изменил своё имя, чтобы подчеркнуть свою новую сущность, и стал именовать себя Ооки («могучее дерево») Исана («отважная рыба»). Он занимается тем, что разглядывает фотографии китов, наблюдает в бинокль за растущими снаружи деревьями. Чтобы быть ближе к природе, он проделал в полу бункера отверстие 30×30 сантиметров и погружается в размышления, поставив босые ноги на настоящую землю. Исана записал на плёнку голоса различных птиц, и его сын Дзин научился безошибочно распознавать их: оказалось, что мальчик обладает необычайно острым слухом.

Однажды в заболоченной низине, которая видна из окон убежища, происходит инцидент. Молодая девчонка соблазняет полицейского агента, а ее дружки нападают на него и отбирают пистолет. Чтобы спастись, агент выбирает самого щуплого из нападающих и, изловчившись, надевает ему на руку наручник, при этом второй наручник он защёлкивает на своей руке. Подростки избивают агента, а мальчишка пытается отрезать себе руку, чтобы убежать. Полицейский агент отстёгивает наручник и убегает, а подростки ещё долго с воплями несутся за ним вслед.

Видя, что деревья покрылись молодой листвой и обрели ощущение полной своей безопасности, Исана, духовно связанный с ними, тоже чувствует себя защищённым и покидает убежище. Он, как и растения, пробуждается от зимней спячки и ищет выхода для скопившейся в нем энергии. Вместе с Дзином он садится в автобус и едет в парк, но они приезжают слишком поздно: парк уже закрыт и аттракционы не работают. Сторож все же пропускает их, и в безлюдном парке они встречают группу агрессивных подростков, у одного из которых забинтована рука. Исана испытывает безотчётный страх и торопится вернуться в убежище. Идя в магазин и оставляя Дзина дома одного, Исана тоже испытывает страх. Ночью ему снятся кошмары. У него появляется чувство, что за их убежищем все время следят. Однажды он обнаруживает на стене дома рисунок — круг и крест. Исана рисует рядом с этим рисунком глаз. Он встречает возле своего дома девчонку, которая предлагает ему переспать в гримёрной известной актрисы на заброшенной киностудии, стоящей поодаль от заболоченной низины. Исана ничего не отвечает и уходит, а ночью слышит топот подростков по крыше и волнуется за Дзина, чьё хрупкое душевное равновесие так легко нарушить.

Назавтра Исана смотрит в бинокль на развалины киностудии и видит в окне павильона обнажённую девчонку. Неожиданно он замечает группу подростков, которые обвиняют его в том, что он шпионит за ними. Они спрашивают, почему Исана с Дзином живут здесь, ни с кем не общаясь. Исана объясняет им, что он поверенный деревьев и китов. Пригрозив расправой, подростки заставляют Исана пустить к себе в дом Боя — подростка, чья рана начала гноиться, и Инаго — ту самую девчонку, которая предлагала Исана переспать с ней. Исана едет в аптеку за лекарствами для больного, а Инаго присматривает за Дзином. К удивлению Исана, девушка относится к малышу заботливо и внимательно.

Один из подростков — Такаки — рассказывает Исана о Китовом дереве. В детстве Такаки слышал о нем, мечтал о нем, но так никогда и не видел. Название «Китовое дерево» вызывает у Исана тёплое чувство, ему тоже начинает казаться, что такое дерево существует. Вернувшись из аптеки, Исана падает с велосипеда. Подростки смеются, совсем не думая о том, что ему может быть больно. Исана поражается их жестокости. Такаки приезжает за Исана на краденой машине и продолжает рассказ о Китовом дереве. Через несколько дней Такаки показывает Исана тайник подростков: они обосновались на заброшенной киностудии. Они разобрали шхуну, которую один из них должен был стеречь, по частям перетащили ее в один из павильонов, а там собрали и стали изучать морское дело, чтобы впоследствии от правиться в плавание. Подростки объединились в Союз свободных мореплавателей и живут прямо здесь, оборудовав в подвале кубрик.

Увидев, что Такаки привёл Исана, Бой, который почти выздоровел и вернулся на шхуну, хочет застрелить «этого сумасшедшего»: никто чужой не должен знать об их тайнике. Исана не боится смерти: Инаго так хорошо заботится о мальчике, что тот может обойтись без отца. Но Исана должен выполнить свою миссию — поведать пришельцам из других миров, что на земле царствовал не человек, а киты и деревья. Бой боится, что Исана донесёт на них полиции, но все остальные подростки проникаются доверием к Исана и предлагают ему присоединиться к ним.

Человек по прозвищу Короткий, которому уже сорок лет, так что он даже старше Исана, рассказывает, что в тридцать пять лет вдруг начал сжиматься и сжимается до сих пор. Действительно, его конечности кажутся слишком длинными по сравнению с чересчур коротким туловищем. Его отправили в психиатрическую лечебницу, но он сбежал оттуда. Ему нет места в мире обычных людей, и он чувствует себя нормально в обществе подростков. Слушая рассуждения Исана о деревьях и китах, подростки приходят к мысли, что у него есть то, чего им не хватает: умение облечь свои мысли в слова. Они считают, что его прекрасное владение словом может им пригодиться.

Исана исповедуется подросткам в своих грехах: в бытность свою секретарём тестя он приводил к нему мальчиков, потакая его извращениям. Однажды они случайно убили мальчика, и с тех пор Исана не знает покоя. В качестве «специалиста по словам» Исана начинает заниматься с подростками английским языком, выбрав для этого «Моби Дика» и Достоевского в английском переводе. Поначалу он опасается, что беседы старца Зосимы покажутся подросткам слишком нравоучительными, но они слушают с огромным интересом, а слово «prayer» (молитва) буквально захватывает их. К удивлению Исана, подростки очень полюбили Дзина и с удовольствием слушают серьёзную музыку. Исана живёт в предчувствии конца света, а подростки ждут Великого землетрясения — между ними много общего.

Подростки привлекают в Союз свободных мореплавателей солдата сил самообороны — возлюбленного Инаго. Они хотят, чтобы он научил их обращаться с оружием. Исана просит свою жену Наоби найти место на побережье, где он и его друзья могли бы пожить две-три недели. Наоби находит им такое место в Идзу, но там Короткий совершает предательство — фотографирует военные учения Союза свободных мореплавателей и продаёт фотоснимки еженедельнику. Он хочет вынудить подростков убить его, считая, что преступление сплотит их и превратит Союз свободных мореплавателей в боевую организацию. Подростки устраивают суд над Коротким, во время которого один из них — Тамакити — случайно ранит Короткого. Понимая, что рана Короткого смертельная, подростки решают казнить его. Каждый из них бросает в него камень. Исана и солдат стоят в стороне. Солдат, прихватив заряженный автомат и бросив Инаго, садится на мотоцикл и сбегает, подростки пускаются в погоню. Один из них — Тамакити — бросает гранату в рыбачью шхуну. Шхуна загорается, и подозрение падает на солдата. Солдат кончает с собой. Инаго становится любовницей Исана, Исана, Дзини, Инаго возвращаются в Токио, в убежище. Там их встречают подростки: киностудию разрушают, им было некуда деться, и они, разбив окно, влезли в убежище Исана.

В павильоне на киностудии остался один Бой: он ни за что не соглашается оставить шхуну. Чтобы она не попала в чужие руки, он взрывает ее. Рабочие, разрушающие киностудию, избивают Боя. Тамакити отвозит умирающего товарища в клинику Токийского университета и оставляет в аркаде. Подростки размышляют, как быть дальше. Исана просит Наоби помочь достать деньги на корабль, чтобы отправиться вместе с подростками в плавание. Наоби выдвинула свою кандидатуру на выборах, и Исана надеется, что ей выгоднее, чтобы ее муж и сын плавали по морю, защищая китов, а не сидели в атомном убежище. Наоби обещает предложить строительной компании выкупить у Исана убежище и землю — вырученных денег хватит на задуманное предприятие. На всякий случай подростки делают запасы продуктов — если им предстоит осада, они им понадобятся в убежище, если же их ждёт плавание, они возьмут их с собой. Чтобы не подвергать опасности ребёнка, подростки предлагают Исана с Дзином покинуть убежище, но Исана хочет сообщить жене, что они с Дзином взяты в заложники — тогда она наверняка предоставит в их распоряжение корабль. Из окна убежища видны полицейские автомобили. Моторизованный отряд окружил здание. Подростки стреляют, полицейские пускают слезоточивый газ. Они призывают осаждённых сдаться.

Подростки ждут приезда жены Исана. Наоби приезжает, но заявляет, что даже во имя жизни своего ребёнка не вступит в сделку с преступниками. Подростки мужественно сражаются, но сила не на их стороне, и они гибнут один за другим. Становится ясно, что корабль им уже не нужен: они все равно не смогли бы отправиться в плавание, ведь и штурман, и радист погибли. Тамакити намерен сражаться до конца, но он не хочет, чтобы Союз свободных мореплавателей исчез бесследно. Он предлагает Такаки уйти и возродить его. Исана слагает с себя обязанности специалиста по словам Союза свободных мореплавателей, теперь он полностью посвящает себя обязанностям поверенного китов и деревьев. Такаки признается, что его рассказ о Китовом дереве — выдумка, но Исана возражает, что, коль скоро он не сможет поехать на родину Такаки и убедиться в этом, ничто не мешает ему считать, что Китовое дерево существует. Такаки с белым флагом выходит из убежища, за ним идут Инаго с Дзином на руках и доктор (бывший студент медицинского института). Пока они идут к автомобилю, полицейские бьют их.

Когда автомобиль увозит тех, кто сдался, к убежищу подъезжает пожарная машина с подъёмным краном и начинает рушить здание. В убежище остались только Исана и Тамакити. Исана спускается в бункер. Поставив ноги на землю, он слушает плёнку с криками китов. Из земли фонтаном бьёт вода: выбрасываемая пожарной машиной, она просочилась под фундамент и забила в том месте, где в полу была дыра. Крышка люка поднимается, раздаются выстрелы. Исана отстреливается. Вода поднимается все выше и выше. Обращаясь к душам деревьев и китов, Исана посылает им последнее прости и гибнет.