В прологе Макиавелли говорит, что все считают его мёртвым, но душа его перелетела через Альпы и он прибыл в Британию к друзьям. Он считает религию игрушкой и утверждает, что нет греха, а есть только глупость, что власть утверждается только силой, а закон, как у Дракона, крепок только кровью. Макиавелли приехал, чтобы играть трагедию еврея, который разбогател, живя по его принципам, и просит зрителей оценить его по заслугам и не судить слишком строго.

Варавва, мальтийский еврей, сидит в своей конторе перед грудой золота и ждёт прибытия кораблей с товарами. Он размышляет вслух о том, что все ненавидят его за удачу, но чтут за богатство: «Так пусть уж лучше / Все ненавидят богача-еврея, / Чем жалкого еврея-бедняка!» Он видит в христианах только злобу, ложь да гордыню, которые не вяжутся с их учением, а те христиане, в ком есть совесть, живут в нищете. Он радуется, что евреи захватили больше богатств, чем христиане. Узнав, что к берегам Мальты подошёл турецкий флот, Варавва не тревожится: ни мир, ни война его не трогают, ему важны лишь собственная жизнь, жизнь дочери да нажитое добро. Мальта давно уже платит дань туркам, и Варавва предполагает, что турки так увеличили её, что мальтийцам нечем заплатить, поэтому турки собираются захватить город. Но Варавва принял меры предосторожности и спрятал свои сокровища, так что ему не страшен приход турок.

Сын турецкого султана Калимат и паши требуют уплаты дани за десять лет. Губернатор Мальты Фарнезе не знает, где взять столько денег, и совещается с приближёнными. Они просят отсрочки, чтобы собрать деньги со всех жителей Мальты. Калимат даёт им месяц отсрочки. Фарнезе решает собрать дань с евреев: каждому надлежит отдать половину своего имущества; тот, кто откажется, будет немедленно окрещён, а тот, кто откажется и отдать половину имущества и креститься, потеряет все своё добро.

Три еврея говорят, что охотно отдадут половину своего имущества, Варавва возмущён их покорностью. Он готов отдать половину своих богатств, но только если указ распространяется на всех жителей Мальты, а не на одних евреев. В наказание за строптивость Вараввы Фарнезе отдаёт распоряжение забрать все его добро. Варавва обзывает христиан грабителями и говорит, что его вынуждают красть, чтобы вернуть награбленное. Рыцари предлагают губернатору отдать дом Вараввы под женский монастырь, и Фарнезе соглашается. Варавва упрекает их в жестокости и говорит, что они хотят отнять у него жизнь. Фарнезе возражает: «О нет, Варавва, пачкать руки кровью / Мы не хотим. Нам запрещает вера». Варавва проклинает подлых христиан, поступивших с ним так бесчеловечно. Другие евреи напоминают ему об Иове, но те богатства, которые утратил Иов, не идут ни в какое сравнение с тем, чего лишился Варавва. Оставшись один, Варавва смеётся над доверчивыми глупцами: он человек предусмотрительный и надёжно спрятал свои сокровища. Варавва успокаивает свою дочь Авигею, оскорблённую несправедливостью христианских властей. Он хранит свои богатства в тайнике, а поскольку дом отобрали под монастьгрь и ни его, ни Авигею больше туда не пускают, он велит дочери попроситься в монастырь, а ночью отодвинуть половицы и достать золото и драгоценные камни. Авигея делает вид, что поссорилась с отцом и хочет постричься в монахини. Монахи Джакомо и Бернардин просят аббатису принять Авигею в монастырь, и аббатиса уводит её в дом. Варавва притворяется, что проклинает дочь, обратившуюся в христианство. Дворянин Матиас, влюблённый в Авигею, горюет, узнав, что Авигея ушла в монастырь. Сын Фарнезе Лодовико, наслышанный о красоте Авигеи, мечтает её увидеть. Наступает ночь. Варавва не спит, ожидая вестей от Авигеи, Наконец она появляется. Ей удалось найти тайник, и она сбрасывает вниз мешки с сокровищами. Варавва уносит их.

На Мальту прибывает вице-адмирал Испании Мартин дель Боско. Он привёз пленных турок, греков и мавров и собирается продать их на Мальте. Фарнезе не даёт на это согласия: мальтийцы в союзе с турками. Но Испания имеет права на Мальту и может помочь мальтийцам избавиться от турецкого владычества. Фарнезе готов восстать против турок, если испанцы его поддержат, и решает не платить туркам дань. Он разрешает Мартину дель Боско продажу рабов.

Лодовико встречает Варавву и заговаривает с ним об алмазе, имея в виду Авигею. Варавва вслух обещает отдать ему алмаз, но сам хочет отомстить губернатору и погубить Лодовико. Матиас спрашивает Варавву, о чем тот говорил с Лодовико. Варавва успокаивает Матиаса: об алмазе, не об Авигее. Варавва покупает себе раба — Итамора — и расспрашивает его о прошлой жизни. Итамор рассказывает, сколько дурных дел он совершил. Варавва радуется, найдя в нем единомышленника: «... мы оба негодяи, / Обрезаны и христиан клянём». Варавва приводит к себе Лодовико, прося Авигею быть с ним полюбезнее. Авигея любит Матиаса, но Варавва объясняет ей, что не собирается её неволить и выдавать насильно замуж за Лодовико, просто для его планов необходимо, чтобы она была с ним ласкова. Матиасу он сообщает, что Фарнезе задумал женить Лодовико на Авигее. Юноши, прежде бывшие друзьями, ссорятся. Авигея хочет помирить их, но Варавва посылает два ложных вызова на поединок: один — Лодовико от имени Матиаса, другой — Матиасу от имени Лодовико. Во время поединка юноши убивают друг друга. Мать Матиаса и отец Лодовико губернатор Фарнезе клянутся отомстить тому, кто их поссорил. Итамор рассказывает Авигее про козни её отца. Авигея, узнав, как жесток был отец к её возлюбленному, обращается в христианство — на сей раз искренне — и снова уходит в монастырь. Узнав об этом, Варавва боится, что дочь выдаст его, и решает отравить её. Он подсыпает в горшок с рисовой похлёбкой яд и посылает его монахиням в подарок. Никому нельзя верить, даже собственной дочери, только Итамор верен ему, поэтому Варавва обещает сделать его своим наследником. Итамор относит горшок в монастырь и ставит его у потайной двери.

Месяц отсрочки прошёл, и на Мальту за данью прибывает турецкий посол. Фарнезе отказывается платить, и посол грозит, что турецкие пушки превратят Мальту в пустыню. Фарнезе призывает мальтийцев зарядить пушки и готовиться к битве. Монахи Джакомо и Бернардин рассказывают о том, что монахинь постигла неведомая хворь и они при смерти. Перед смертью Авигея на исповеди рассказывает Бернардину о кознях Вараввы, но просит его сохранить тайну. Как только она испускает дух, монах спешит обвинить Варавву в злодействе. Варавва притворяется, что раскаялся, говорит, что хочет креститься, и обещает отдать все свои богатства монастырю. Бернардин и Джакомо спорят, чей монашеский орден лучше, и каждый хочет перетянуть Варавву на свою сторону. В результате монахи ссорятся, оскорбляют друг друга и дерутся, В конце концов Бернардин уходит с Итамором, а Варавва остаётся с Джакомо. Ночью Варавва с Итамором душат Бернардина, потом прислоняют его труп к стене. Когда приходит Джакомо, он, думая, что Бернардин стоит у стены, чтобы не впустить его в дом, ударяет его палкой. Труп падает, и Джакомо видит, что Бернардин мёртв. Итамор и Варавва обвиняют Джакомо в убийстве Бернардина. Они говорят, что не стоит им креститься, раз христианские монахи убивают друг друга.

Куртизанка Белламира хочет завладеть богатствами Вараввы. Для этого она решает соблазнить Итамора и пишет ему любовное письмо. Итамор влюбляется в Белламиру и готов ради неё на все. Он пишет Варавве письмо, требуя у него триста крон и угрожая, что иначе он сознаётся во всех преступлениях. Слуга Белламиры отправляется за деньгами, но приносит только десять крон. Итамор в ярости пишет Варавве новое послание, где требует уже пятьсот крон. Варавва возмущён непочтительностью Итамора и решает отомстить за предательство. Варавва даёт деньги, а сам переодевается, чтобы его не узнали, и идёт следом за слугой Белламиры. Итамор пьянствует с Белламирой и её слугой. Он рассказывает им, как они с Вараввой подстроили поединок Матиаса с Лодовико. К ним подходит переодетый французом-лютнистом Варавва в широкополой шляпе. Белламире нравится, как пахнут цветы на шляпе Вараввы, и он снимает букет со шляпы и преподносит ей. Но цветы отравлены — теперь и Белламиру, и её слугу, и Итамора ждёт смерть.

Фарнезе и рыцари готовятся оборонять город от турок. К ним приходит Белламира и рассказывает, что в смерти Матиаса и Лодовико виноват Варавва и он же отравил свою дочь и монахинь. Стража приводит Варавву и Итамора. Итамор даёт показания против Вараввы. Их уводят в тюрьму. Потом начальник стражи возвращается и объявляет о смерти куртизанки и её слуги, а также Вараввы и Итамора. Стража несёт Варавву как мёртвого и бросает за городской стеной. Когда все уходят, он просыпается: он не умер, он просто выпил волшебный напиток — настой из мака с мандрагорой — и уснул. Кадимат с войском у стен Мальты. Варавва показывает туркам вход в город и готов служить турецкому султану. Калимат обещает назначить его губернатором Мальты. Калимат берет Фарнезе и рыцарей в плен и отдаёт их в распоряжение нового губернатора — Вараввы, который отправляет их всех в тюрьму. Он вызывает к себе фарнезе и спрашивает, какая награда его ждёт, если он, захватив турок врасплох, вернёт Мальте свободу и будет милостив к христианам. Фарнезе обещает Варавве щедрое вознаграждение и пост губернатора. Варавва освобождает Фарнезе, и тот идёт собирать деньги, чтобы вечером принести их Варавве. Варавва собирается пригласить Калимата на пир и там убить его. Фарнезе договаривается с рыцарями и Мартином дель Боско, что, услышав выстрел, они бросятся к нему на помощь — только так все они смогут спастись от рабства. Когда Фарнезе приносит ему собранные сто тысяч, Варавва рассказывает, что в монастыре, куда придут турецкие войска, спрятаны пушки и бочки с порохом, которые взорвутся, обрушив на головы турок град камней. Что же касается Калимата со свитой, то, когда они взойдут на галерею, Фарнезе перерубит канат и пол галереи обрушится, а все, кто будет там в это время, провалятся в подвалы. Когда Калимат приходит на пир, Варавва приглашает его наверх, на галерею, но, прежде чем Калимат туда поднимется, раздаётся выстрел, и Фарнезе перерубает канат — Варавва падает в котёл, стоящий в подполе. Фарнезе показывает Калимату, какая ему была подстроена ловушка. Перед смертью Варавва признается, что хотел умертвить всех; и христиан, и язычников. Варавву никому не жаль, и он гибнет в кипящем котле. Фарнезе берет Калимата в плен. Из-за Вараввы монастырь взорван и все турецкие солдаты перебиты. Фарнезе собирается держать Калимата у себя до тех пор, пока его отец не возместит всех разрушений, причинённых Мальте. Отныне Мальта свободна и никому не покорится.