Дон Аббондио, священник маленькой деревеньки, расположенной в той части озера Комо, где оно заворачивает к югу между двух горных кряжей и все изрезано выступами и заливами, на закате дня 7 ноября 1628 г. возвращается домой после приятной прогулки. Он уже готов повернуть на тропинку, ведущую к деревне, как его путь преграждают две зловещие фигуры. Их одеяние, наружность и ухватки — у обоих головы повязаны зелёной сеткой с большой кистью, длинные усы закручены, к кожаному ремню прикреплена пара пистолетов, огромный кинжал и палаш с ярко начищенным эфесом — не оставляют сомнений относительно рода их занятий. Это так называемые брави, лихие молодцы, которых нанимают для разнообразных, в том числе весьма сомнительных, поручений. У бедного дона Аббондио моментально душа уходит в пятки и он мучительно старается припомнить, не провинился ли он в чем-нибудь против сильных мира сего. От имени своего хозяина, молодого и разнузданного феодала дона Родриго, брави требует, чтобы дон Аббондио отменил назначенное на завтра венчание местного крестьянского парня Ренцо Трамальино и его невесты Лючии Монделлы. Несчастный священник — добрый человек и никому не желает зла, но совсем не обладает львиной отвагой и поэтому избегает любых столкновений, а раз уж они его коснулись, всегда встаёт на сторону сильнейшего, давая понять слабому, что в душе он ему не враг. Терзаемый угрызениями совести и ещё более острыми приступами страха, он проводит мучительную ночь. Наутро к нему приходит разодетый в пух и прах Ренцо Трамальино — двадцатилетний парень, с юных лет оставшись без родителей, имеет небольшой клочок земли и занимается прядением шелка, что даёт ему скромный, но устойчивый доход. Он сгорает от нетерпения соединиться с возлюбленной Лючией и хочет обсудить с доном Аббондио последние детали предстоящей свадебной церемонии. Но священник встречает сияющего жениха без обычной приветливости и смущённо и путанно объясняет ему, что венчание состояться не может — на то есть веские причины. Свадьба откладывается на неделю. Словоохотливая служанка дона Аббондио Перпетуя, которой священник накануне доверил страшную тайну, поселяет в сердце Ренцо сомнения. Он с пристрастием допрашивает дона Аббондио, говорит со своей невестой и понимает наконец, в чем загвоздка: наглый дон Родриго испытывает нежные чувства к хорошенькой Лючии. Посоветовавшись, Ренцо и мать невесты Аньезе решают, что жених должен прихватить с собой четырёх каплунов, отправиться в большое село Лекко и найти там длинного, тощего, плешивого адвоката с красным носом и малиновой родинкой на щеке, которого все зовут Крючкотвором, — он знает все законы и поможет найти выход из трудного положения.

Адвокат с готовностью соглашается, но, как только он слышит упоминание о страшном доне Родриго, спешит отделаться от незадачливого клиента и даже возвращает связанный по ногам живой «гонорар». Лючии приходит в голову мысль обратиться за помощью к монаху соседнего монастыря капуцинов отцу Христофору, перед авторитетом которого склоняются даже самые отъявленные самодуры. Этот уже немолодой монах известен не только своим благочестием, но и неукоснительным исполнением двух обязанностей, которые он сам себе добровольно предписал: усмирения раздоров и защиты обиженных. Отец Христофор отважно отправляется в логово зверя, которого надеется укротить мольбами или же описанием мук, ожидающих его в загробной жизни. Бурная беседа не имеет решительно никакого эффекта — дон Родриго, его столь же наглый миланский кузен дон Аттилио и пьяные гости поднимают монаха на смех и он покидает роскошную виллу, призвав проклятья на голову нечестивого хозяина. Остаётся последнее средство — обвенчаться без согласия дона Аббондио, но в его присутствии. Для этого нужно привести двух свидетелей. Жених говорит: «Это моя жена», а невеста — «Это мой муж». Все всё слышали, святое таинство считается свершившимся. Главное — застать священника врасплох и не дать ему спастись бегством. Богобоязненная Лючия с трудом соглашается на сомнительное предложение своей матери и Ренцо. Ее убеждают лишь угрозы Ренцо убить дона Родриго и появление около их домика мрачных фигур. В следующий вечер, когда уже стемнело, они пытаются осуществить своё намерение. Обручённые и свидетели обманом проникают в дом священника, и Ренцо произносит полагающиеся слова, Но дон Аббондио торопливо набрасывает скатерть на голову Лючии, не давая ей закончить обряд, и отчаянно зовёт на помощь. Следует всеобщее замешательство, встревоженный криком священника пономарь спросонья кидается на колокольню и ударяет в самый большой колокол. По счастливому совпадению, неистовый звон заставляет ретироваться и небольшой отряд брави под предводительством отчаянного головореза Гризо, посланный доном Родриго, чтобы похитить Лючию. Несчастные обручённые и Аньезе, которая во время «операции» отвлекала внимание верной служанки священника Перпетуи, бегут в монастырь Пескаренико к отцу Христофору. Под покровом ночи преданные ему люди переправляют беглецов на противоположный берег озера и везут в Монцу, где Лючию берет под своё покровительство высокопоставленная монахиня Гертруда. Ей, последней дочери могущественного князя, ещё до рождения была уготована монашеская жизнь, как и всем сёстрам и братьям, кроме старшего, которому отец хотел в целости оставить огромное состояние. Вопреки своему желанию и кипению молодых страстей она становится послушницей примерно за год до появления в монастыре Лючии, к которой она сразу же чувствует расположение.

Ренцо, простившись с женщинами, отправляется в Милан, куда попадает в самый разгар голодного бунта, когда отчаявшиеся горожане грабят и громят пекарни и штурмуют дом провиантмейстера. Неожиданно для себя Ренцо становится народным трибуном и высказывает по-крестьянски здравые мысли об общественном устройстве. Он останавливается на ночь в харчевне, заказывает ужин и, выпив одну-две бутылки хорошего вина, позволяет себе излишне смелые суждения о действиях властей. Хозяин харчевни считает своим долгом предупредить полицию об опасном бунтовщике. На следующее утро двое полицейских и чиновник по уголовным делам поднимают его из постели и предлагают следовать за ними. По пути его освобождает возбуждённая толпа. Опасаясь ещё раз попасть в неприятную переделку, Ренцо покидает Милан и отправляется в провинцию Бергамо (в ту пору Миланское герцогство находится под испанским владычеством, а Бергамо принадлежит Светлейшей республике Венеции — стоит перейти реку Адду, и ты уже за границей). Здесь в деревне живёт его двоюродный брат Бортоло, у которого Ренцо встречает радушный приём и который устраивает его на работу в своей прядильне. В тот же день 13 ноября, когда Ренцо приходит к Бортоло, в Лекко прибывает гонец с предписанием арестовать беглого преступника Лоренцо Трамальино и в кандалах препроводить его в Милан, где он предстанет перед правосудием. Неистовый дон Родриго, у которого из рук ускользнула вожделенная добыча, злорадствует и затевает новые козни. Он жаждет мести и реванша. С помощью влиятельного миланского родственника, члена Тайного совета, он добивается наказания строптивого отца Христофора — его перевода из Пескаренико в далёкий Римини. Головорез Гризо узнает, где скрывается Лючия, и дон Родриго замышляет её похищение из монастыря. Мелкий хищник обращается за поддержкой к ужасному могущественному покровителю, имя которого история не сохранила, поэтому впредь он будет зваться Безымянным.

Похищение проходит на редкость гладко: Гертруда подчиняется воле злодея Эджидио, который когда-то помог ей бежать из монастыря и имеет над ней непреодолимую тёмную власть. Она посылает Лючию с поручением в соседний монастырь, воспользовавшись временным отсутствием Аньезе. Брави хватают девушку на безлюдной дороге и увозят её в мрачный замок Безымянного, где вверяют присмотру старой мегеры. Казалось бы, все потеряно, но происходит непредсказуемое и необъяснимое — после встречи с Лючией в душу Безымянного, уставшего от бесконечных злодеяний, закрадывается сначала неясная тревога, а затем все растущая тоска. Бессонная ночь не приносит покоя, в ушах звучат отчаянные мольбы Лючии и особенно её слова: «Бог так много прощает за одно милосердное дело!» На следующее утро зловещий персонаж слышит ликующий звон колоколов и узнает, что в соседнюю деревню прибыл известный своим умом, благочестием и учёностью кардинал Федериго Борромео. Безымянный просит аудиенции у высокого прелата, который никогда и никому не отказывает в милости и утешении. Благотворная беседа приносит раскаявшемуся злодею желанное очищение. Чудо свершилось. Безымянный становится другим человеком и жаждет искупить вину. По поручению кардинала, обуреваемый всегдашними страхами, дон Аббондио вместе с Безымянным отправляется в замок за несчастной пленницей. Аньезе воссоединяется с дочерью, но ненадолго — им вновь предстоит расстаться. Узнав, что кардинал ищет надёжное пристанище для Лючии, одна знатная супружеская пара — дон Ферранте и донна Прасседе — приглашает девушку поселиться в её миланском доме. Дон Родриго, убитый вестью о провале столь хорошо спланированной операции, два дня исходит желчью, а на третий отбывает в Милан. Перед разлукой Лючия признается матери, что в момент отчаяния она дала Мадонне обет никогда не выходить замуж, если ей удастся избежать гнусных притязаний дона Родриго. Безымянный увольняет брави, пособников своих злодеяний, и передаёт Аньезе сто золотых скудо в приданое Лючии. Лючия просит мать разыскать Ренцо и отдать ему половину денег. Проходит много времени, прежде чем ей удаётся выполнить просьбу.

Меж тем над страной сгущаются тучи: в довершение к голоду, унёсшему тысячи жизней, осенью 1629 г. с севера в пределы Миланского герцогства вторгаются жестокие немецкие наёмники-ландскнехты, которые участвуют в переделе территорий. Поговаривают, что в их рядах замечены случаи чумы. Насмерть перепуганные мирные жители спешно собирают пожитки, закапывают то, что не могут унести, и спасаются бегством. Аньезе, Перпетуя и дон Аббондио находят гостеприимный приют в неприступном для врагов и открытом для всех беглецов замке Безымянного. Как только опасность миновала, они возвращаются в деревню и видят, что все разграблено и испоганено. Исчезло и то, что дон Аббондио закопал в саду. Чума входит в Милан в конце октября 1629 г. и свирепствует в следующем, 1630 г. Власти и Санитарная управа проявляют преступную медлительность в борьбе с эпидемией. Дон Родриго, вернувшись как-то ночью в конце августа с очередной попойки, обнаруживает у себя признаки зловещей болезни. «Верный» Гризо отправляет хозяина в лазарет и завладевает вещами, что становится причиной его гибели.

Чума не обходит стороной и Ренцо. Едва оправившись от болезни, он возвращается в родную деревню, чтобы узнать, что стало с его близкими. Дон Аббондио чуть жив от перенесённых лишений и по-прежнему дрожит от страха. Перпетую унесла чума, Аньезе живёт у родственников в Пастуро, а Лючия — в Милане у дона Ферранте. Ренцо спешит в Милан и повсюду видит запустение, отчаяние и страх. На его стук в окне дома дона Ферранте показывается встревоженная женщина и сообщает ему, что Лючия в лазарете. В этот момент его окружает возбуждённая толпа. Раздаются крики о мазуне — разносчике заразы. Ренцо в панике бежит и спасается от преследователей, вспрыгнув на повозку с трупами. Обручённые встречаются наконец в лазарете. Там же находится отец Христофор, который с великим терпением и мужеством исполняет свой пастырский долг — утешает страждущих и даёт последнее причастие умирающим. Он освобождает Лючию от обета безбрачия. Многие обязаны ему выздоровлением, но его собственную жизнь уносит страшная болезнь. Постепенно чума отступает. Она прошлась по Милану и Ломбардии как гигантская метла (по словам дона Аббондио), которая вымела из жизни бедняков и богачей, честных людей и злодеев — среди последних дона Родриго. Его владения переходят к другому хозяину. Дон Аббондио может теперь со спокойной душой обвенчать счастливых влюблённых. Молодые супруги поселяются в деревне недалеко от Бергамо, и меньше чем через год у них рождается дочь Мария. За ней последует ещё невесть сколько малышей того и другого пола — все они, по желанию Ренцо, будут учиться грамоте. Ренцо очень любит рассказывать о том, как он научился избегать неприятностей. Что-то в этих рассказах Лючию не удовлетворяет. Спорят они, спорят и наконец приходят к выводу, что осторожность и хорошее поведение не помогают предотвратить неприятности. Но, раз уж они обрушились, заслуженно или безвинно, только вера в Бога даёт силы преодолеть их, а пережитое учит, как сделать свою жизнь лучше.