Прага, начало века. Повествование ведётся от первого лица. Герой не то спит, не то бодрствует. Лунный луч падает в изножие его кровати. Герой ощущает, что его спящее тело лежит в кровати, а «чувства отделились от тела и больше от него не зависят»...

Вдруг он оказывается в угрюмом дворе пражского гетто, видит своих соседей — четырнадцатилетнюю рыжеволосую Розину и человека с круглыми рыбьими глазами и раздвоенной заячьей губой — старьёвщика Аарона Вассертрума, Розина старается обратить на себя внимание героя, за ней ревниво наблюдает один из братьев-близнецов, рябой подросток Лойза (впрочем, и другой брат, глухонемой Яромир, тоже одержим страстью к Розине). Герой оказывается у себя в каморке. Вассертрум смотрит на стены соседнего дома, примыкающие к окну героя. Что он может там видеть? Спустя какое-то время из-за стены, из соседней студии раздаётся радостный женский смех. Герой тут же вспоминает, что его знакомый, актёр-кукловод Цвак несколько дней назад сдал свою студию «молодому важному господину», чтобы тот мог встречаться со своей дамой сердца без соглядатаев. Женский смех за стеной пробуждает смутные воспоминания героя об одном богатом доме, где ему часто приходилось реставрировать дорогие антикварные вещи. Внезапно поблизости раздаётся пронзительный крик, затем скрип железной чердачной двери. В комнату врывается бледная как смерть молодая женщина, крича: «Мастер Пернат, ради Христа, спрячьте меня!» На секунду дверь снова распахивается, за ней — лицо Аарона Вассертрума, похожее на страшную маску.

Перед героем вновь всплывает пятно лунного света в изножии его Кровати. Атанасиус Пернат — отчего ему знакомо это имя? Когда-то давным-давно он перепутал свою шляпу с чужой (и она пришлась ему как раз впору). На её белой шёлковой подкладке золотыми буквами было написано имя владельца — «Атанасиус Пернат».

Герой снова ощущает себя Пернатом. К нему, граверу-реставратору, приходит неизвестный и приносит книгу, в которой нужно поправить инициал, сделанный из двух листиков тонкого золота. Пернат начинает листать книгу, перед ним встают поразительные видения. Одно из них — сплетённая в объятиях пара, на его глазах принявшая целокупную форму полумужчины-полуженщины, гермафродита, и сидящая на перламутровом троне в короне из красного дерева. Очнувшись от видений, Пернат хочет найти человека, принёсшего книгу, но тот исчез. Пернат пытается — и не может — вспомнить его облик. Только представив себя на его месте, Пернат чувствует, что становится похожим на него: безбородое лицо, выпуклые скулы, раскосые глаза — да это же Голем! О Големе существует легенда. Когда-то давным-давно один раввин по канонам каббалы изготовил из глины искусственного человека, Голема, чтобы тот помогал ему в качестве служки. Голем влачил жалкое полуосознанное существование и оживал, только когда раввин вкладывал ему в рот записку с магическими знаками. Однажды, когда он забыл вынуть её, Голем впал в бешенство и начал крушить все вокруг. Раввин бросился к нему и вынул бумажку со знаками. Тогда истукан замертво рухнул на землю. Говорят, что он появляется в городе каждые тридцать три года.

Пернат видит себя во дворе, рядом с ним — студент Хароузек в потёртом летнем пальто с поднятым воротником. Студент ненавидит старьёвщика и уверяет Перната, что именно он, Хароузек, виноват в смерти сына старьёвщика, доктора Вассори, глазного врача-шарлатана (Вассертрум же винит в этом доктора Савиоли). Савиоли — это имя молодого господина, снявшего комнату рядом с каморкой Перната.

Пернат получает письмо от женщины, которую недавно спас от старьёвщика. Она просит его о встрече. Ангелина — так зовут женщину — помнит Перната с детства. Сейчас она нуждается в его помощи: старьёвщик Вассертрум хочет довести заболевшего доктора Савиоли до самоубийства. Ангелина замужем, она боится, что муж узнает о её измене, и отдаёт Пернату на хранение свою переписку с Савиоли.

По соседству с Пернатом живёт Шмая Гиллель, архивариус в еврейской ратуше, с дочерью-красавицей Мириам. Мириам чиста душой и живёт в предвкушении чуда, которое преобразит жизнь. В то же время ей так дорого само ожидание, что иногда она хочет, чтобы чуда не произошло. В своих видениях Пернат ощущает себя Големом, а Шмая Гиллель кажется ему раввином-повелителем, и это своеобразно окрашивает их реальные взаимоотношения. Пернат вырезает на лунном камне камею с портретом Мириам, которая напоминает ему изображения древней книги, так взволновавшей его. Пернат любит Мириам, но ещё не осознает этого, а прежде чем он поймёт, случится ещё многое: встречи с Ангелиной, лихорадочные речи Хароузека, полные ненависти к Вассертруму (как выясняется, старьёвщик приходится ему отцом); козни Вассертрума, в результате которых Пернат попадает в тюрьму по ложному обвинению; его мистическое общение с Мириам, множество посетивших его видений...

Выйдя из тюрьмы, Пернат бросается искать Шмаю Гиллеля и его дочь и видит, что квартал уничтожен, идёт реконструкция этого района города. Пернат не может найти и своих друзей — кукловода Цвака, слепого Нефтали Шафранека. В отсутствие Перната умер старьёвщик Вассертрум, а студент Хароузек покончил с собой на его могиле, завещав треть доставшегося от Вассертрума наследства Пернату.

Пернат собирается истратить эти деньги на поиски Шмаи Гиллеля и его дочери. А пока он снимает квартиру в единственном не тронутом реконструкцией доме во всем квартале — в том самом, где, по преданию, иногда видели Голема. На Рождество, когда Пернат сидит у зажжённой ёлки, ему является его двойник — Голем. В доме начинается пожар. Пернат спускается вниз по верёвке, ему видятся в одном из окон Гиллель и Мириам, он радостно окликает их... и срывается с верёвки.

Вдруг герой приходит в себя: он лежит на кровати, в изножии которой пятно лунного света. А Пернат — вовсе не его имя, оно написано на белой шёлковой подкладке шляпы, которую он накануне перепутал со своей в соборе в Градчанах. Герой пытается пройти по следам Перната. В одном из кабачков поблизости он узнает, что тот женился на Мириам. Наконец после долгих поисков герой оказывается у дома Перната близ «Стены у последнего фонаря», «где ни одна живая душа не может жить». На двустворчатых воротах — бог-гермафродит на перламутровом троне. Старый слуга, с серебряными пряжками на башмаках, в жабо и старинного покроя сюртуке, берет шляпу, и перед героем в пролёте ворот появляется сад и похожий на храм мраморный дом, а на ступеньках Атанасиус Пернат и Мириам. Мириам так же хороша и молода, как во сне героя, а лицо Перната кажется герою собственным отражением в зеркале. Возвращается слуга и отдаёт герою его шляпу.