Действие развёртывается в конце XVI или начале XVII в. на четырёх континентах, везде, где у Испании есть какие-либо владения или где она пытается ещё что-то завоевать, а также на морских просторах, то есть гигантской сценой этой объёмной, на пятьсот страниц, пьесы является весь мир, вся вселенная. Состоит она из четырёх «дней», то есть из четырёх действий. Драма «Атласный башмачок» создавалась явно с оглядкой на традицию христианских мистерий, где на сцену переносились сказания о святых, мучениках, ангелах. Здесь тоже есть среди персонажей святые и ангелы, и пьеса такая же монументальная, какими нередко бывали мистерии.

Все действие пьесы предваряется сценой, выполняющей функцию пролога. Посреди пустынного океана, на равном расстоянии от Европы и от Америки плавает обломок кораблекрушения с распятым на обрубке от мачты испанским монахом-миссионером, членом иезуитского ордена. Иезуит произносит предсмертный монолог, где сначала. благодарит Бога за все свои страдания, а затем просит его, чтобы он предоставил возможность его брату Родриго де Манакору испытать великую страсть, дабы тот, пройдя через все испытания, пришёл в конце концов к Богу.

Судя по всему, Всевышний снизошёл к просьбе иезуита, так как к моменту начала основного действия пьесы Родриго и донья Пруэса, второе главное действующее лицо, уже давно любят друг друга. Из них двоих первой на сцене появляется она. Появляется вместе со своим суровым мужем, королевским судьёй доном Пелаго. Дон Пелаго был другом её отца, а когда тот умер, женился на оставшейся в Мадриде без какой-либо поддержки девушке. Между ними нет любви, и поэтому донья Пруэса легко влюбляется в Родриго, которого она в прошлом спасла от смерти, выходив его после кораблекрушения. Однако, будучи женщиной высоконравственной, воспитанной в строгих правилах католической религии, она всячески сопротивляется своему желанию изменить мужу. Дабы в какой-то момент не поддаться искушению, она оставляет в руках скульптурного изображения Девы Марии свой атласный башмачок, чтобы, случись ей направить свои стопы в сторону порока, у неё тут же захромала бы нога. Однако, несмотря на этот своеобразный обет, она все же пытается воссоединиться с Родриго и едет в родовой замок последнего, где тот залечивает полученные в бою раны. Но предварительно она извещает о своём намерении дона Пелаго и поэтому, оказавшись в замке, встречает там не Родриго, а своего мужа. Тот приезжает в замок не для того, чтобы наказать её, а для того, чтобы, зная её гордую натуру, предложить ей добровольно подвергнуться испытанию: отправиться в Африку и взять там на себя командование Могадором, крепостью, играющей роль испанского форпоста на границе с мавританскими владениями. Это назначение уже согласовано с королём. Дон Пелаго прощается с Пруэсой, как впоследствии обнаруживается, навсегда.

Между тем в Могадоре уже есть один комендант, дон Эскамильо, давно влюблённый в Пруэсу человек, уже не раз предлагавший ей бросить мужа и отправиться туда же, в Африку, в царство огненной стихии, которая очень любезна его бунтарской натуре. Смысл назначения Пруэсы ему в помощь состоит в том, чтобы она контролировала его, поскольку дона Эскамильо уже давно и не без основания подозревают в том, что он вынашивает изменнические планы и собирается даже принять ислам. Стало быть, миссия Пруэсы заключается в том, чтобы защищать испанские владения от нападений мавров и чтобы удерживать этого потенциального ренегата от измены, а саму себя — от греховных желаний. Таким образом, страсть Пруэсы направляется в благое русло. То же самое происходит и с Родриго де Манакором. Появляясь впервые на сцене, он в диалоге с китайцем, выполняющим при нем функции слуги, рассказывает, что ради удовлетворения своей страсти к донье Пруэсе он готов сокрушить все препятствия. Но поскольку из-за противоречивого поведения Пруэсы обстоятельства складываются так, что страсть его все-таки остаётся неудовлетворённой, он направляет всю свою энергию на завоевание для Испании новых земель. А Пруэса отныне превращается для него в «путеводную звезду». Испания в те времена была склонна считать себя центром христианского мира и чрезвычайно успешно осуществляла свою завоевательную политику. Стремясь завладеть всей планетой, и подобные сверхчеловеческие задачи не могли не искушать одержимых идеей абсолюта конкистадоров вроде Родриго. Материальные интересы Испании, выражавшиеся в её колонизаторской практике, совпадали с её духовными и идеологическими интересами. Отсюда попытка распространения на весь мир также и христианской религии. Родриго персонифицирует в глазах Клоделя идею обращения в католицизм всей Планеты. Но для того чтобы овладеть душами людей, недостаточно покорить их силой оружия. Чтобы идея христианства восторжествовала, чтобы дух стал сильнее военной силы, надо, пройдя через испытания, опроститься. Именно это и происходит с Родриго. А инструментом его опрощения и одновременно его совершенствования становится Пруэса. Король, узнав, что в недавно покорённой Америке зреет смута, назначает Родриго вице-королём испанских заморских территорий. Родриго проявляет свой строптивый нрав: требует, чтобы Пруэсу вернули из Африки. Потом он смиряется, но, прежде чем отправиться в Америку, предпринимает попытку увидеться с Пруэсой, плывёт в Могадор. Однако Пруэса приказывает ему отправиться в путь одному. И Родриго повинуется, несмотря на муки ревности, понимая, что ему, чтобы заслужить любовь Пруэсы, необходимо преобразовать свою страсть в нечто духовное. Их мистическое бракосочетание должно состояться на небесах. Неудовлетворённая человеческая любовь становится средством познания божественной любви. Родриго начинает понимать, что истинная любовь должна не изолировать человека от мира, а, напротив, должна широко распахивать перед ним врата Вселенной. Благодаря Пруэсе он постепенно осознает свою ответственность и смысл своей миссии. Отказавшись от надежды когда либо обладать любимой женщиной физически, он все больше сближается с нею в духовном плане.

Действие переносится в Неаполь, потом в Прагу, появляются все новые и новые персонажи, драматические сцены чередуются с буффонадой. А тем временем дон Пелаго умирает, и Пруэсе приходится выйти замуж за Эскамильо, причём именно в момент, когда отступничество последнего становится уже совершившимся фактом, когда он тайно принимает мусульманство, беря себе имя Ошали. Пруэса пытается было сопротивляться его домогательствам, но тому удаётся убедить и умолить её, поскольку, как истинная христианка, она должна думать не только о спасении своей собственной души, но и о спасении души своего ближнего, в данном случае души Эскамильо. Мало того, ренегат требует от неё, чтобы она окончательно забыла Родриго, отказалась бы даже от духовной связи с ним. После долгих колебаний Пруэса соглашается принести и эту жертву.

А как раз в этот момент Родриго получает письмо Пруэсы, которое молодая женщина десять лет назад, в момент отчаяния, доверила морю и в котором она просила его о помощи. Родриго снаряжает корабль и плывёт из Америки в Африку, бросает якорь перед Могадором. Эскамильо, перепугавшись, думает, что испанцы пошли на него войной, и посылает на корабль Родриго свою жену. Он готов был бы теперь отказаться от Пруэсы, лишь бы нападающие пощадили город. Однако, пройдя сама путь отказа от всего ради духовных ценностей, Пруэса хочет добиться от Родриго подобного абсолютного отказа. Таким образом, Родриго снова, уже в который раз, подвергается испытанию. Пруэса призывает его отказаться от всего мимолётного, чтобы получить все вечное. И Родриго опять смиряется с судьбой — соглашается с доводами Пруэсы. Он отпускает Пруэсу, прощается с ней теперь уже навсегда, а она вверяет его заботам свою дочь Марию, которая у неё родилась от Эскамильо, но которая, однако, похожа на Родриго.

Таким образом, опрощение Родриго состоялось. Теперь он отказывается от своей роли завоевателя. И попадает в немилость к королю. Ведь он покинул без разрешения Америку и не собирается туда возвращаться. Проходит ещё десять лет. Донья Пруэса умерла. Родриго потерял в Японии одну ногу. Теперь он плавает на старом плохоньком корабле, изготовляя и продавая изображения святых. Дочь Пруэсы вынашивает планы освобождения испанцев, захваченных арабскими пиратами и удерживаемых в Африке, а её жениха Иоанна Австрийского король отправляет воевать против турок. Король пользуется слухами о том, что Непобедимая Армада якобы вовсе не погибла, а, напротив, одержала победу над английским флотом, чтобы разыграть Родриго, который ненавистен ему из-за своего независимого поведения. Он даже назначает его вице-королём Англии, словно эта страна стала вдруг колонией Испании. И Родриго попадает на удочку, начинает мечтать, как будет «расширять мир» и устанавливать в нем космическую гармонию. Однако король в конце концов отбрасывает шутки в сторону и отдаёт Родриго в рабство первому попавшемуся солдату, а тот в свою очередь даром уступает его монахине-старьёвщице. В конце пьесы поведение Родриго, равно как и его речи, становятся с точки зрения обыденного здравого смысла просто нелепыми. Бывший конкистадор делается похожим на шута. Через все эти странности обнаруживается, что он утрачивает контакт с миром людей. Но это одновременно означает, что, освобождаясь от стереотипов людской логики, превращаясь по существу в юродивого, Родриго становится божьим человеком. Он смешон, но он умиротворён. Таким образом, в борьбе за его душу земных сил и сил небесных побеждает небо. По замыслу Клоделя, судьба Родриго представляет собой аллегорию человеческой судьбы, складывающейся в соответствии с недоступной разуму логикой божественного провидения.