Действие относится к середине XVI в., к периоду Реформации. Михаэль Кольхаас, главный герой повести, зарабатывает на жизнь разведением и продажей лошадей. Это простой и справедливый человек, высоко ценящий свою честь и достоинство.

Однажды он направляется в Лейпциг и, переходя через границу, видит на саксонской стороне у рыцарского замка шлагбаум. Он удивлён. Ему уже семнадцать раз приходилось переходить через границу, но ни разу дорогу ему не преграждал шлагбаум. Выясняется, что старый барон, владелец замка, умер и на его место пришёл его наследник юнкер Венцель фон Тронка. Он-то и ввёл эти новшества. Михаэль Кольхаас оплачивает пограничный взнос и перегоняет свой табун на саксонскую землю. Однако, когда он приближается к шлагбауму, его окликает с башни замка чей-то голос и приказывает остановиться. Из замка выходит смотритель и требует у Михаэля пропуск, без которого якобы ни один барышник с лошадьми не может быть пропущен через границу. Юнкер подтверждает слова смотрителя и предлагает съездить за пропуском, а в залог оставить пару вороных у него в конюшнях. Михаэль возмущён подобным насилием, но делать ему ничего не остаётся, как оставить своего слугу Херзе с вороными, самому с остальным табуном проследовать в Лейпциг на ярмарку, а по пути, в Дрездене, раздобыть пропуск. В дрезденской ратуше от знакомых советников он узнает, что история с пропуском — чистый вымысел, и получает тому письменное подтверждение. Распродав табун, он через несколько дней возвращается в Тронкенбург за своими вороными. Там он узнает, что его слуга был избит и выгнан из замка. В конюшне же он видит вместо своих холёных коней пару тощих измождённых кляч. Кольхаас отказывается забирать лошадей в таком состоянии и требует, чтобы ему вернули его вороных в том виде, в котором он их оставил. Юнкер уходит, хлопая перед его носом дверью. Кольхаас оставляет своих коней там, где они стоят, и уезжает с угрозой, что добьётся справедливости.

Приехав домой, он узнает, что его слуга Херзе вернулся весь избитый две недели назад, но до сих пор так и не поправился. Херзе сообщает Кольхаасу, что его лошадей нещадно эксплуатировали, гоняли на непосильные для них пахотные работы, вместо конюшни перевели в свинарник, а когда Херзе повёл их купать за ворота замка, на него налетели смотритель и управляющий со слугами, скинули его с лошади в грязь, избили до полусмерти, отобрали коней и прогнали вон из замка.

Михаэль Кольхаас обещает своему слуге, что отомстит за него и добьётся справедливости. Он отправляется в Дрезден подавать жалобу в суд. При помощи знакомого законоведа составляет иск, в котором подробно описывает насилие, учинённое юнкером Венцелем фон Тронка, и требует, чтобы виновный возместил ему ущерб, а сам понёс заслуженное наказание. После бесконечных, длившихся в течение года проволочек он узнает, что его дело было проиграно, поскольку у юнкера обнаружилось два наделённых высокой властью родственника: Гинц и Кунц фон Тронка, из которых один состоит при государе кравчим, а другой — камергером.

Кольхаас не теряет надежды добиться справедливости и передаёт свою жалобу лично бранденбургскому курфюрсту. Он оказывается очень огорчён, когда узнает, что курфюрст переадресовал её своему канцлеру, графу Кальгейму, находящемуся в свойстве с домом Тронка. Кольхаас вновь получает отказ и приказ более не беспокоить высшие инстанции своими сплетнями и дрязгами. Затем от одного проезжего ему становится известно, что его вороных по-прежнему употребляют в Трокенбурге на полевых работах вместе с другими лошадьми.

Тогда Кольхаас приглашает к себе старосту, своего соседа, уже давно собиравшегося расширить свои земельные владения, и предлагает ему купить все его имущество в Бранденбурге и Саксонии, за исключением лошадей. Староста принимает его предложение. Жена Михаэля Кольхааса напугана его планами добиваться признания своих прав незаконными способами. Она предлагает ему свою помощь, хочет поехать в Берлин и сама подать прошение государю, поскольку считает, что у женщины больше шансов обратить на себя внимание. Затея эта оказывается ещё менее удачной, чем все предыдущие. Лизбета возвращается с опасной раной в груди. Очевидно, она с таким упорством пробиралась к государю, что получила от одного из стражников удар пикой в грудь. Через несколько дней она умирает на руках у убитого горем Михаэля.

Вернувшись после похорон домой, Кольхаас составляет письмо, в котором предписывает юнкеру доставить ему его откормленных вороных, затем собирает семерых своих слуг, вооружает их и отправляется на приступ замка. Замок он поджигает, а слуг, недовольных своим господином, вооружает и присоединяет к своему отряду. Самому юнкеру Венцелю удаётся бежать. Некоторое время он скрывается в монастыре, где настоятельницей является его тётка. Однако когда Кольхаас с отрядом прибывает в монастырь, то выясняется, что Венцель фон Тронка вновь от него ускользнул и направился в Виттенберг.

В Виттенберге, понимая, что со своим отрядом в десять человек он не сможет справиться с целым городом, Кольхаас составляет воззвание, в котором излагает все, что с ним произошло, и призывает каждого доброго христианина встать на его сторону. Его отряд возрастает, количество сторонников тоже увеличивается. Он избегает прямого столкновения с войсками, высланными против него правительством, и прячется в лесах. Время от времени он возвращается к городу и вновь и вновь поджигает его. На защиту Виттенберга выступает ещё более сильный, чем прежде, отряд в 500 человек под командованием принца Мейссенского. Укрывшегося в городе юнкера под охраной перевозят в Лейпциг.

Вокруг Кольхааса к тому времени насчитывается уже 300 человек. Он разбивает отряд принца. В этом сражении гибнет Херзе. Вскоре Кольхаас подходит к Лейпцигу и поджигает его с трёх сторон. Тогда Мартин Лютер берётся вернуть Кольхааса в границы «установленного людьми порядка». Он рассылает по всему курфюршеству воззвание, в котором называет его богоотступником и бунтовщиком. Кольхаас, прочитав этот листок, подписанный наиболее уважаемым им именем Мартина Лютера, велит седлать коня и под вымышленным именем отправляется к автору послания. В беседе с Лютером Кольхаас сообщает ему, что хочет лишь законного наказания Венцеля фон Тронка и чтобы ему самому возместили убытки и вернули лошадей в первоначальном виде. Мартин Лютер берётся заступиться за него перед курфюрстом саксонским. На следующее утро он отправляет курфюрсту послание, в котором указывает на недостойные поступки господ фон Тронка, требует амнистии для Михаэля Кольхааса и возможности продолжить судебный процесс. Курфюрст, узнав, что шайка барышника разрослась уже до 400 человек и народ на его стороне, принимает решение последовать совету доктора Лютера и разрешает Кольхаасу свободный проезд в Дрезден на пересмотр его дела при условии, что в течение трёх дней он распустит банду и сдаст оружие. Если суд постановит, что его иск законен, то ему и его сообщникам будет дарована амнистия.

Кольхаас приезжает в свой дом в Дрездене, и принц Мейссенский тут же приказывает поставить около него охрану якобы для защиты от собравшегося вокруг народа. Повсеместно продолжают твориться беспорядки, но уже не по вине Кольхааса, Иоганн Нагельшмит, один из членов шайки барышника, с остатками его отряда продолжает дело, начатое Михаэлем Кольхаасом, и прикрывается его именем. Враги Кольхааса устраивают барышнику ловушку, вследствие которой он пишет письмо Нагельшмиту и сообщает, что якобы хочет к нему присоединиться. Письмо перехватывают слуги принца, и на основании этой бумаги принц просит императора провести строгое следствие над Кольхаасом в Берлине. Суд постановляет вернуть Кольхаасу все, что было у него отнято. Ему возвращают его откормленных вороных, деньги, оставленные Херзе в замке, когда его выгоняли, а юнкер Венцель присуждается к двум годам тюрьмы. Михаэль Кольхаас доволен результатом, однако ему приходится ответить своей смертью за нарушенное спокойствие в стране.