Восемнадцатилетний Калеб Уильямc, не по годам смышлёный и начитанный, после смерти родителей, бедных крестьян, живших во владениях богатого сквайра Фердинанда Фокленда, становится его секретарём.

Странное поведение Фокленда, который ведёт замкнутый образ жизни и часто впадает в мрачную задумчивость, сменяющуюся вспышками гнева, наводит юношу на мысль о том, что его хозяина мучает какая-то тайна. По признанию самого Калеба, главной движущей силой, направлявшей всю его жизнь, всегда было любопытство. Пытливый ум юноши побуждает его во всем докапываться до движущих причин и скрытых мотивов, и он ищет объяснений тому, что так мучает Фокленда.

Коллинз, управляющий поместьем, по просьбе Калеба рассказывает ему трагическую историю своего хозяина.

В юности Фокленда вдохновляли честолюбивые романтические мечты о рыцарских подвигах. Путешествуя по Италии, он неоднократно доказывал свою храбрость и благородство. Вернувшись через несколько лет в Англию, он поселился в своём родовом поместье. В лице помещика Барнабы Тиррела, своего ближайшего соседа. Фокленд обрёл смертельного врага.

Тиррел, человек недюжинной физической силы, грубый, деспотичный и неуравновешенный, привык безраздельно царить в местном обществе: никто не смел ни в чем ему перечить. С приездом Фокленда, который не только выгодно отличался от Тирреда умом и обходительностью, но, несмотря на отсутствие физической силы, не уступал ему в мужестве, положение резко изменилось: душой общества стал Фокленд. Желая положить конец бессмысленной вражде со стороны Тиррела и опасаясь трагической развязки, Фокленд делал попытки сближения с ним, но тот ещё сильнее возненавидел своего соперника. Чтобы отомстить Фокленду, Тиррел решил выдать замуж свою бедную родственницу, мисс Эмили Мельвиль, которая жила в его доме, за Граймза, одного из своих прихлебателей. Но Эмили отказалась. Сердце девушки уже принадлежало Aокленду, который спас её от неминуемой смерти во время пожара в деревне, где она гостила. Когда же Граймз, по наущению Тиррела, попытался её обесчестить. Фокленд снова спас девушку, усугубив ярость своего врата. Тогда Тиррел упрятал Эмили в тюрьму по абсурдному обвинению в том, что она задолжала ему крупную сумму денег. В тюрьме несчастная девушка, Здоровье которой было подорвано нервным срывом из-за постоянных преследований своего двоюродного брата, скончалась, несмотря на все старания Фокленда вернуть её к жизни.

После смерти Эмили все отвернулись от Тирреда, и тот, оскорблённый и униженный, но отнюдь не раскаявшийся в своих злодеяниях, явился незваным на общественное собрание и при всех жестоко избил Фокленда. Тиррела выставили за дверь, Фокленд вскоре тоже покинул собрание, а через некоторое время неподалёку нашли окровавленный труп Тиррела. Суд, перед которым Фокленд выступил с блестящей речью, безоговорочно признал его невиновным в убийстве. Ответственным за эту смерть сочли Хоукинса, бывшего арендатора Тиррела. У Хоукинса были причины ненавидеть своего бывшего хозяина, который из чистого самодурства довёл его до нищеты, а сына упрятал в тюрьму. Были найдены улики, которые свидетельствовали против Хоукинса, и его повесили вместе с сыном, сбежавшим из тюрьмы перед самым убийством Тиррела.

На этом Коллинз заканчивает свой рассказ. Эти события, говорит он юному Калебу, так повлияли на Фокленда, что он резко изменился: перестал бывать в обществе, сделался суровым отшельником. Несмотря на доброту к окружающим, он всегда холоден и сдержан, а обычное для него мрачное расположение духа временами сменяется припадками ярости, и тогда он похож на безумца.

Рассказ управляющего производит столь сильное впечатление на одарённого пылким воображением юношу, что он постоянно размышляет над историей своего хозяина. Тщательно анализируя все её детали, он приходит к выводу, что Хоукинс не мог быть убийцей Тиррела. Случайно обнаруженное Калебом письмо Хоукинса к Фокленду, который симпатизировал бедному арендатору и пытался спасти его от преследований Тиррела, превращает догадки в твёрдую уверенность. Неужели убийца — Фокленд?

Калеб начинает наблюдать за ним, подмечая его малейшие душевные движения. Разговаривая с Фоклендом на отвлечённые темы, юноша старается направить беседу в нужное ему русло в надежде на то, что фокленд выдаст себя неосторожным словом или жестом. Желание во что бы то ни стало узнать тайну своего хозяина превращается у Калеба в настоящую манию, он теряет всякую осторожность и почти в открытую ведёт со своим хозяином опасную игру: тонко продуманными вопросами и якобы случайными намёками он доводит Фокленда чуть ли не до безумия.

Наконец Фокленд признается Калебу, что он, Фокленд, подлинный убийца Тиррела, стал причиной гибели невинно осуждённых Хоукинсов. Но Фокленд не сломлен поражением. Он предупреждает юношу, что его ждёт расплата за его ненасытное любопытство: он не прогонит его со службы, но всегда будет ненавидеть его, а если Калеб поделится с кем-нибудь раскрытой тайной, то пусть пеняет на себя.

Юноша понимает, что фактически стал пленником Фокленда. За время своей службы у него Калеб духовно вырос и сформировался как личность, хотя и дорогой ценой. Занятый постоянной слежкой и анализом поведения Фокленда, юноша научился владеть своими чувствами и волей, ум его стал острым и проницательным, но он полностью утратил непринуждённость и жизнерадостность юности. Преклоняясь перед высокими достоинствами Фокленда, характер и образ мыслей которого он досконально изучил, Калеб сознаёт, насколько опасен может быть человек, которого вынудили признаться в совершенном преступлении.

Калеб и Фокленд словно поменялись местами. Теперь Фокленд ревниво следит за каждым шагом Калеба, и того начинает тяготить отсутствие свободы. В поместье приезжает с визитом Валентин Форстер, старший брат Фокденда по матери. Форстер симпатизирует юноше, и Калеб намекает ему на то, что тяготится службой у своего хозяина.

Юноша просит у Форстера заступничества на случай преследований со стороны Фокленда. Но тот догадывается о том, что юноша хочет ускользнуть из-под его власти, и требует, чтобы Калеб прекратил всякое общение с Форстером. Он подкрепляет своё требование угрозами, и Калеб решается бежать. Форстер посылает ему вслед слугу с письмом, в котором убеждает его вернуться в поместье брата. Калеб возвращается, но коварный Фокленд обвиняет его в том, что он обокрал его на крупную сумму денег. В присутствии Форстера и слуг Фокленд приводит подложные доказательства виновности Калеба, и юношу отвозят в тюрьму. Он пытается бежать, но только вторая попытка возвращает ему свободу.

Калеб едва не гибнет от рук разбойников, но их предводитель, Раймонд, которому не чуждо благородство, спасает его и берет под свою защиту. Злобного и алчного Джайнса, который ограбил и ранил беззащитного Калеба, Раймонд изгоняет из шайки. Юноша живёт среди разбойников в густой чаще леса, в старых развалинах, где хозяйство ведёт ужасная старуха, которую местные жители боятся и считают ведьмой. Она ненавидит Калеба, так как из-за него прогнали Джайнса, который пользовался её расположением. Юноша не участвует в набегах шайки, напротив, он увещевает разбойников и их главаря бросить воровство и ступить на честный путь.

Тем временем в округе распространяют листки с описанием внешности опасного преступника Калеба Уильямса: за его поимку назначена награда в сто гиней. Юноша догадывается, что старуха, которая уже покушалась на его жизнь, хочет выдать его властям, и покидает шайку. Он переодевается нищим и пытается отплыть в Ирландию, но его хватают двое сыщиков, по ошибке приняв за одного из мошенников, ограбивших почту, и Калеб чуть было снова не попадает в тюрьму.

Юноша отправляется в Лондон. Сначала он постоянно переодевается и тщательно изменяет свою внешность. Потом он выдаёт себя за бедного и увечного еврейского юношу (для этого Калеб носит под камзолом искусственный горб) и начинает зарабатывать на жизнь литературным трудом. Однако его выслеживает Джайнс, который до вступления в разбойничью шайку был сыщиком, а после изгнания из неё вернулся к своему прежнему ремеслу. Юноша попадает в ту же тюрьму, из которой бежал. В отчаянии он заявляет судьям, что он ни в чем не виновен, а его бывший хозяин, Фокленд, умышленно обвинил его в воровстве. Впервые за все время своих мытарств Калеб объявляет о том, что Фокленд — преступник и убийца. Но судьи испуганы тем, что бедняк решается обвинить богатого джентльмена, и отказываются выслушать показания юноши. Однако, когда на слушание дела Калеба Уильямса не являются ни Фокленд, ни Форстер, юношу отпускают на свободу.

Фокленд, который с помощью нанятого им Джайнса уже давно следил за каждым шагом Калеба, предлагает ему сделку: юноша должен подписать бумагу с заверением в том, что Фокленд неповинен в убийстве Тиррела, и тогда Фокленд оставит юношу в покое. Но Калеб, доведённый до отчаяния преследованиями своего бывшего хозяина, все же с возмущением отказывается, не желая становиться орудием несправедливости. К изумлению юноши, Фокленд не пытается снова упрятать его за решётку и даже передаёт ему через слугу деньги.

Калеб уезжает в уэлльс и живёт в небольшом городке, где занимается починкой часов и преподаванием математики. Однако и здесь его настигает месть Фокленда: внезапно и безо всяких объяснений все друзья Калеба отворачиваются от него, и он остаётся без работы.

Калеб покидает уэлльс, с тем чтобы уехать в Голландию, но Джайнс выслеживает его и сообщает, что Фокленд прибегнет к крайним мерам, если юноша попытается покинуть пределы Англии. Калеб скитается по стране, нигде не находя себе пристанища. Наконец он принимает решение: мир должен узнать о его мытарствах и страшную правду об их главном виновнике. Юноша подробно описывает историю своих злоключений и приезжает в город, где живёт Фокленд. Он является к судье, называет себя и требует возбудить дело против своего бывшего хозяина, совершившего убийство. Судья нехотя соглашается провести частное следствие в присутствии Фокленда и нескольких джентльменов.

Калеб произносит страстную речь, в которой превозносит благородство и ум Фокленда, и корит себя за то, что вовремя не раскрыл перед ним своё сердце, фокленд — убийца, но он совершил преступление, слепо мстя за перенесённое унижение. Продолжая жить ради призрака утраченной чести, Фокленд продолжал творить добро и доказал, что заслуживает всеобщей любви и уважения, а он, Калеб, достоин лишь презрения за то, что невольно стал обвинителем такого прекрасного человека, который был вынужден преследовать своего бывшего слугу.

Фокленд потрясён. Он признает, что Калеб победил в этой неравной борьбе, проявив благородство, которое он, Фокленд, к несчастью, не распознал в нем прежде. Фокленд сокрушается, что из-за своей чрезмерной подозрительности не оценил юношу по достоинству. Фокленд признается перед присутствующими в своей виновности и через три дня умирает. Калеб в отчаянии: разоблачение Фокленда не принесло ему желанного избавления от страданий. Юноша считает себя убийцей Фокленда и отныне будет мучиться угрызениями совести. С горечью проклиная человеческое общество, Калеб в своих записках говорит, что оно — «заболоченная и прогнившая почва, из которой всякий благородный побег, взрастая, впитывает отраву». Калеб заканчивает свои записки апологией Фокленда, выражая надежду на то, что благодаря им история этой благородной души будет понята до конца.