В центре неоконченной пьесы — образ древнегреческого мыслителя, государственного деятеля, поэта, врачевателя Эмпедокла, жившего в 483-423 гг. до н. э. Действие происходит на родине философа — в городке Агригенте на Сицилии.

Весталка Пантея тайком приводит к дому Эмпедокла свою гостью Рею, чтобы та смогла хоть издали взглянуть на замечательного человека, ощущающего себя богом среди стихий и слагающего божественные песнопения. Именно ему обязана Пантея исцелением от тяжёлой болезни. Она с восторгом рассказывает о мудреце, которому ведомы все тайны природы и человеческой жизни, с какой отзывчивостью приходит он на помощь страждущим, сколь много сделал он для блага своих сограждан. Рея догадывается, что подруга влюблена в Эмпедокла, да та и не скрывает своих чувств. Пантею тревожит, что в последнее время Эмпедокл мрачен и подавлен, она предчувствует, что дни его сочтены.

Заметив приближение отца Пантеи — архонта Крития и главного жреца Гермократа, девушки исчезают.

Мужчины со злорадством рассуждают: сдал Эмпедокл, и поделом ему. Слишком много возомнил о себе, открыл черни божественные тайны, которым надлежало оставаться достоянием одних жрецов. Вредным было его влияние на народ — все эти дерзкие речи о новой жизни, которая должна заменить старый, привычный быт, призывы не покоряться исконным обычаям и традиционным верованиям. Человек не должен нарушать положенные ему пределы, бунтарство обернулось для Эмпедокла поражением. Поскольку он удалился от всех, прошла молва, что боги взяли его живым на небо. Народ привык считать Эмпедокла пророком, чародеем, полубогом, необходимо низвергнуть его с пьедестала, изгнать из города. Пусть сограждане увидят его сломленным духом, утратившим былое красноречие и необыкновенные способности, тогда ничего не будет стоить восстановить их против Эмпедокла.

Эмпедокл терзается — похоже, гордыня сгубила его, бессмертные не простили ему попытки стать с ними наравне, отвернулись от него. Он чувствует себя бессильным и опустошённым — он подчинил себе природу, овладев ее тайнами, но после этого видимый мир лишился в его глазах красоты и обаяния, все в нем кажется теперь мелочным и недостойным внимания. К тому же он так и остаётся непонятым соотечественниками, хоть те ему и поклоняются. Ему так и не удалось поднять их на высоту своей мысли.

Ученик Павсаний пытается ободрить Эмпедокла — тот просто устал, о каком жизненном поражении может идти речь, ведь именно он вдохнул в государство смысл и разум. Но Эмпедокл безутешен.

Гермократ и Критий приводят жителей Агригента взглянуть на поверженного кумира и его страдания. Философ вступает в спор с Гермократом, обвиняя его и всю жреческую братию в лицемерии и фальши. Народу непонятны многоумные речи, агригентяне все более склоняются к тому, что у Эмпедокла помутился разум. А тут ещё Гермократ твердит о ниспосланном на дерзкого мятежника проклятии богов и опасности дальнейшего общения с тем, кого отвергли бессмертные. Эмпедокла обрекают на изгнание из родного города. На прощание философ беседует с Критием, он советует архонту переехать жить в другое место, если ему дорога дочь, — она божественно прекрасна, само совершенство и зачахнет в Агригенте.

Покидая отчий кров, Эмпедокл отпускает на волю рабов, наказывая им прихватить то, что им приглянется в доме, и постараться больше не попадать в неволю. Возмущённая чудовищной несправедливостью сограждан по отношению к Эмпедоклу, Пантея приходит проститься с философом, но уже не застаёт его.

Эмпедокл и Павсаний, преодолев горные тропы, просятся на ночлег в крестьянскую хижину, но хозяин настороженно встречает путников, а узнав, кто они, с проклятиями прогоняет прочь. Павсаний удручён, а Эмпедокл утешает юношу. Он уже решил для себя: выход из завладевшего им духовного кризиса заключается в том, чтобы возвратиться к «отцу-эфиру» и раствориться в природе.

Раскаявшиеся агригентяне, догнав изгнанника, тщетно предлагают Эмпедоклу почёт и царский престол. Философ непреклонен: после выпавших на его долю насмешек и гонений он отринул общество людей и не намерен приносить им в жертву свою душу и убеждения. Гнев народа обращается на главного жреца, лишившего их покровительства посланника богов, а все оттого, что он не желал сносить чужого превосходства. Эмпедокл умоляет прекратить споры и брань. Он призывает сограждан к светлому содружеству на поприще труда и познания мира, к созиданию новых форм общественного устройства. Ему же суждено вернуться в лоно природы и смертью своей утвердить начало нового рождения.

Эмпедокл прощается с Павсанием, он гордится тем, что воспитал достойного ученика, в котором видит своего преемника. Оставшись один, он бросается в огнедышащий кратер Этны, чтобы сгореть в его пламени.

Узнав от Павсания о случившемся, Пантея потрясена: бесстрашен и поистине величествен человек, собственной волей избравший для себя подобный конец.