В романе три сюжетные линии: 1-я — повествование, которое ведётся от лица ангела Агасфера, чьё имя означает «Возлюбленный Богом»; 2-я — рассказ о жизненном пути Паулуса фон Эйцена, младшего современника Мартина Лютера; 3-я — переписка между профессором Зигфридом Байфусом, директором Института научного атеизма в Восточном Берлине (ГДР) и профессором Йоханааном Лёйхтентрагером из Еврейского университета в Иерусалиме.

Бессмертные духи Агасфер и Люцифер, созданные Богом в первый день, низвергнуты с небес за отказ поклониться Адаму, который был сотворён на их глазах из праха и четырёх стихий. Пути их расходятся, ибо Агасфер в отличие от Люцифера, который жаждет полного уничтожения всего сотворённого, надеется на то, что мир можно изменить. Отныне он обречён скитаться по земле до Страшного суда.

Агасфер пытается убедить ребе Йешуа, который верит, что он — Сын Божий, снискавший любовь и благоволение Отца, в том, что Бог, Творец Вселенной, не есть Бог любви. Если Йешуа — поистине Сын Божий, то он должен изменить этот мир, полный жестокости и не справедливости. Но Йешуа отказывается бороться с Богом и утвердить Царство своё на земле: он убеждён, что любовь сильнее меча, готов стать жертвой, обречённой на заклание, и взять на себя грехи мира.

Агасферу известно все, что ожидает Йешуа: предательство Иуды, суд, распятие, смерть и воскресение, после чего он вознесётся к Богу. Но это, как доподлинно известно Агасферу, ничего не изменит в мире, столь немудро устроенном. Агасфер встречает Люцифера, который, играя на жадности Иуды Искариота, внушает ему мысль предать своего учителя, если тот сам захочет, чтобы Иуда его предал. Агасфер упрекает Йешуа в пассивности и предрекает, что после его смерти учение его извратят и во имя любви будут творить жестокости и несправедливость. В последний раз Агасфер уговаривает Йешуа стать вождём и царём Израиля, когда тот несёт крест на Голгофу и хочет передохнуть у ворот дома Агасфера. Агасфер прячет под одеждой огненный меч Божий, он готов поднять его ради страдальца и рассеять его врагов, но тот желает до конца испить чашу, которую дал ему Отец. Агасфер, разгневанный его упрямством, прогоняет Йешуа, а тот проклинает его, сказав, что отныне он, Агасфер, должен будет ждать возвращения Сына Человеческого.

Люцифер убеждает Агасфера пойти к Йешуа и спросить его, чего же он добился тем, что взял на себя грехи мира, ибо мир не стал лучше после его мученической смерти. Агасфер нарушает небесный покой Сына Человеческого и призывает его к ответу, но тот по-прежнему утверждает, что истина — в Боге, хотя Агасфер видит, что его вера в мудрость и справедливость Отца поколеблена.

Агасфер и Йешуа отправляются на поиски Бога. Они странствуют в бескрайности Шеола и встречают древнего старца, который пишет на песке письмена Книги Жизни, а ветер тут же сдувает их. Этот старец и есть Бог. Он давно уже разочаровался в своём Творении: оно живёт по собственным законам и нет никакой возможности что-либо изменить в этом ужасном мире, который сделался неузнаваемым даже для него, его Творца. Сын Человеческий возмущён тем, что Отец послал его на крестную муку, заранее зная, что она будет напрасной. Сын Человеческий идёт войной на священные устои, и начинается Армагеддон, последняя битва на земле. За Сыном Человеческим скачут четыре всадника, которые зовутся Огонь, Война, Голод и Смерть, за ними следуют полчища Гога и Магога и ангелы бездны, низвергнутые с небес на шестой день Творения вместе с Люцифером и Агасфером, а впереди них вышагивает зверь о семи головах и десяти рогах, имя которому — Антихрист.

Люцифер и Агасфер наблюдают за приготовлениями к битве. Звезды падают с неба, отворяя кладези бездны, вся земля пылает, люди скрываются в пещеры и горные ущелья, но и там их настигает смерть. Сын Человеческий со своим воинством пересекает небеса, поднимаясь все выше в поисках нового Иерусалима, выстроенного из ясписа и чистого золота, но его нигде нет. Когда его воинство начинает роптать. Сын Человеческий объявляет, что Бог потерпел поражение и сбежал, и отныне Он, Сын Человеческий, стал Богом и сотворит новое небо и новую землю, царство любви и справедливости, где человек не будет врагом человеку. Но все смеются над наивными словами Сына Человеческого: четыре всадника, Гоги и Магоги и все семь голов Антихриста. Раздаётся адский хохот Люцифера, и появляется тот самый старец, который писал Книгу Жизни. Сын Человеческий пытается убить его мечом, но старец говорит ему, что Сын — подобие Отца и неотделим от Него. Старец становится таким огромным, что в его деснице может поместиться все сущее, и произносит Своё Имя, тайное имя Бога. На глазах Агасфера, который наблюдает эту сцену, все исчезает: среди окружающей пустоты — лишь фигура ребе Йешуа, тщедушного и измождённого. Агасфер слышит далёкий смех: это все, что осталось от Люцифера, Повелителя бездны и великого борца за порядок. Агасфер и Йешу" падают в бездну, которая является одновременно пространством ч временем, и нет в ней ни верха, ни низа, лишь потоки частиц — ещё не разделённых света и тьмы. Агасфер и Сын Человеческий сливаются в любви и становятся единым целым, а поскольку Бог един с Сыном своим, то и Агасфер становится единым с Ним: «одним существом, одной великой мыслью, одной мечтой».

Студиозус Паулус фон Эйцен, направляющийся в Виттенберг, чтобы учиться у Лютера и Меланхтона, знакомится на постоялом дворе с неким Хансом Лёйхтентрагером (значение немецкой фамилии Лёйхтентрагер тождественно смыслу имени Люцифер: несущий свет, светоносец), который становится его постоянным спутником и ценным советчиком на протяжении всей жизни Эйцена. Благодаря помощи Ханса, которому ведомы все секреты магии и волшебства; ленивый и недалёкий, но честолюбивый Эйцен успешно сдаёт экзамены, приобретает доверие и поддержку Лютера и становится пастором. Он делает карьеру, не задумываясь о том, почему Ханс опекает ею и какие цели преследует. На жизненном пути Эйцена не раз встаёт таинственная фигура Вечного Жида, или Агасфера, который неизменно оставляет в дураках жадного и сластолюбивого Эйцена, яростного антисемита, для которого христианская религия — лишь способ расправиться со своими противниками и добиться прочного положения в обществе.

Эйцен устраивает диспут между христианами и иудеями и приглашает Вечного Жида, Агасфера, для свидетельства о том, что Иисус был подлинным Мессией и Сыном Божьим. Так Эйцен надеется обратить иудеев в истинную веру и прославиться по всей Германии. Но Агасфер лишь насмехается над тупостью и религиозным ханжеством Эйцена, за что тот подвергает его жестокой пытке. Агасфер, избитый шпицрутенами, умирает, а Эйцен надеется, что наконец избавился от назойливого еврея. Проходит много лет, но Агасфер, такой же моложавый и насмешливый, как, и при первой встрече, вновь предстаёт перед престарелым Эйценом. Вместе с Лёйхтентрагером, который уже не скрывает, что он — Люцифер, Владыка Преисподней, Агасфер, забирает душу Эйцена, зачитав ему слова пророка Иезекииля, обличающие дурных пастырей.

Профессор Еврейского университета Йоханаан Лёйхтентрагер вступает в переписку с Зигфридом Вайфусом и сообщает ему о том, что лично знаком с Агасфером, современником ребе Йешуа, или Иисуса Христа. Воинствующий атеист Байфус, стоящий на позициях диалектического материализма, пытается доказать Лёйхтентрагеру, что этого не может быть, но в конце переписки неожиданно для себя настолько увлекается загадкой Агасфера, что «компетентные органы» ГДР, наблюдающие за перепиской двух профессоров, в конце концов рекомендуют Байфусу не отвечать на письма из Израиля: они обеспокоены тем, что Лёйхтентрагер собирается вместе со своим другом Агасфером приехать в ГДР и таким образом убедить марксиста Байфуса в реальном существовании Вечного Жида, Тем не менее никому не удаётся помешать их приезду в ГДР. 31 декабря 1981 г. они посещают Байфуса в Институте научного атеизма, после чего он приглашает их к себе домой, где его семья в кругу многочисленных друзей готовится к празднованию Нового года.

Байфус запирается с Агасфером и Лёйхтентрагером в своём кабинете и, как рассказывает впоследствии его жена, о чем-то долго и горячо спорит с ними. После полуночи в стене кабинета Байфуса обнаруживают большую дыру с обугленными краями, но ни его самого, ни его израильских коллег в комнате не оказывается. В ходе расследования выясняется, что израильские граждане А. Агасфер и И. Лёйхтентрагер не получали визы, а контрольно-пропускные пункты не зарегистрировали их въезд и выезд. Позднее становится известно, что в ночь с 31 декабря 1980 г. на 1 января 1981 г. с дозорной башни у пограничного перехода на Фридрихштрассе дежурные наблюдали троих неизвестных лиц, которые двигались по воздуху. За двоими тянулся огненный хвост, а третьего они несли под руки. Нарушители границы перелетели границу ГДР, после чего набрали высоту и исчезли из поля зрения. Но об этом «компетентные органы» узнали гораздо позднее, так как дежурных обвинили в употреблении спиртных напитков во время несения службы и они отбывали наказание.