Действие происходит во время Великой Отечественной войны, в 1942 г., на территории оккупированной Белоруссии.

«Каратели» — кровавая хроника уничтожения батальоном гитлеровского карателя Дирлевангера семи мирных деревень. Главы носят соответствующие названия: «Посёлок первый», «Посёлок второй», «Между третьим и четвёртым посёлком» и т. д. В каждой главе помещены выдержки из документов о деятельности карательных отрядов и их участников.

Каратели-полицаи готовятся к уничтожению первого посёлка на пути к основной цели — большой и многолюдной деревне Борки. Точно указаны дата, время, место события, фамилии. В составе «особой команды» — «штурмбригады» — немец Оскар Дирлевангер объединил уголовников, предателей, дезертиров разных национальностей и вероисповедания.

Полицай Тупига поджидает своего напарника Доброскока, чтобы закончить расправу над жителями первого посёлка до приезда начальства. Все население сгоняют за сарай к большой яме, у края которой производится расстрел. Полицай Доброскок в одном из домов, подлежащих уничтожению, узнает среди хозяев свою городскую родственницу, перебравшуюся в деревню накануне родов. В душе женщины загорается надежда на спасение. Доброскок, подавив возникшее было чувство сострадания, стреляет в женщину, которая опрокидывается навзничь в яму — и... засыпает (По свидетельству чудом уцелевших после казни, люди в момент выстрела не слышат, как стреляют. Они как бы засыпают.)

В главе «Посёлок второй» описывается уничтожение деревни Козуличи. Каратель-француз просит полицая Тупигу за шмат сала проделать за него «неприятную работёнку» — расстрелять семью, обосновавшуюся в хорошей добротной избе. Ведь Тупига — «мастер, специалист, ну что ему стоит?» У Тупиги — своя манера: сперва он говорит с женщинами, просит хлеба перекусить — те и расслабятся, а как хозяйка к печи нагнётся, так и... «Тело пулемёта рванулось — как бы и он испугался...»

Действие возвращается к посёлку первому, к той яме, где осталась в состоянии странного смертного сна беременная женщина. Сейчас, в 11 часов 51 минуту по берлинскому времени, она открывает глаза. Перед ней — довоенная детская комната на бобруйской окраине; мать с отцом собираются в гости, а она прячет от них стыдно накрашенные маминой помадой губы; следующее видение — почему-то чердак, и они с Гришей лежат, как муж и жена, а внизу мычит корова... «Кислый запах любви, стыдный. Или это из-за ширмы? Нет, снизу, где корова. Из ямы... Из какой ямы? О чем я? Где я?»

Посёлок третий мало чем отличается от предыдущих. Полицаи Тупига, Доброскок и Сиротка идут через редкий соснячок, вдыхая жирный сладковатый трупный дым. Тупига старается подавить мысли о возможном отмщении. Внезапно в гуще малинника полицаи натыкаются на женщину с детьми. Сиротка выказывает немедленную готовность покончить с ними, но Тупига, вдруг повинуясь какому-то неосознанному порыву, отправляет напарников вперёд, а сам даёт очередь из пулемёта мимо цели. Внезапное возвращение Сиротки повергает его в ужас. Тупига представляет себе, как бы отреагировали на его поступок немцы или бандиты из роты Мельниченко — «галицийцы», бандеровцы. Вот и сейчас «самостийники» зашевелились, — оказывается, какая-то баба, увидев дым-пожар, бежит с поля, домой. Из-за куста ударяет пулемёт — баба с мешком падает. Дойдя до деревни, Тупига встречает Сиротку и Доброскока с набитыми карманами. Он входит в ещё не разграбленный дом. Среди прочего добра — один крошечный ботиночек. Держа его на пальце, Тупига находит в тёмной боковушке спящего в люльке младенца. Один глаз его приоткрыт и, кажется Тупиге, смотрит на него... Тупига слышит во дворе голоса мародёрствующих бандеровцев. Ему не хочется, чтобы его заметили в доме. Ребёнок кричит — и Тупига выхватывает наган... Далеко и незнакомо звучит его голос: «Жалко было, пацана пожалел! Живым сгорит».

Командир новой «русской» роты Белый замышляет способ избавления от ближайшего соратника Сурова, с которым его связывают курсы красных командиров, плен, бобруйский лагерь и добровольное согласие служить в карательном батальоне. Белый сначала тешил себя несбыточной затеей — уйти когда-нибудь к партизанам, а в качестве свидетеля своих «честных» намерений предъявить Сурова, а потому специально оберегал его от явно кровавых заданий. Однако чем дальше, тем отчётливее понимает Белый, что никогда не сможет порвать с карателями, особенно после случая с партизанским разведчиком, в доверие к которому он вошёл, но тут же и выдал его. А чтоб развеять суровский ореол непорочности, приказывает тому самолично облить бензином и подпалить сарай, куда согнали все население посёлка.

В центре следующей главы — фигура лютого карателя из так называемой «украинской роты» Ивана Мельниченко, которому всецело доверяет командир роты немец Поль, вечно пьяный уголовник-извращенец. Мельниченко вспоминает о своём пребывании в фатерлянде, куда его пригласили родители Поля, — Мельниченко спас тому жизнь. Он ненавидит и презирает всех: и тупых, ограниченных немцев, и партизан, и даже своих родителей, которые ошеломлены появлением сына-карателя в бедной киевской хате и молят Бога о его смерти. В разгар очередной «операции» к мельниченковцам прибывает подмога — «москали». Мельниченко в ярости бьёт по щеке плетью их командира — своего недавнего подчинённого Белого — и получает в ответ полную обойму свинца. Сам Белый тут же погибает от руки одного из бандеровцев (из документов известно, что Мельниченко долго лечился в госпиталях, после войны был судим, бежал, скрывался и погиб в Белоруссии). Борковская операция продолжается. Осуществляет её по «методе» Дирлевангера штурмфюрер Слава Муравьёв. Карателей-новичков строят попарно с уже бывшими в деле фашистами — остаться в стороне, не замазаться в крови невозможно. Сам Муравьёв тоже прошёл этот путь: бывший лейтенант Красной Армии, он в первом же бою был раздавлен фашистскими танками, затем с остатками своего полка пытался противостоять неумолимой военной машине немцев, но в конце концов попал в плен. Полностью подавленный, он пытается оправдаться перед матерью, отцом, женой, самим собой тем, что будет «своим» среди чужих. Военную выправку, интеллигентность бывшего учителя заметили немцы, сразу дали взвод. Муравьёв тешит себя мыслями, что заставил уважать себя; его подчинённые — это не мельниченковские «самостийники», у него дисциплина. Муравьёв вхож в дом самого Дирлевангера, знакомится с наложницей шефа — Стасей, четырнадцатилетней польской еврейкой, которая мучительно напоминает ему давнюю любовь — учительницу Берту. Муравьёв не чужд книг, немец Циммерман обсуждает с ним теорию Ницше и библейские притчи.

Дирлевангер ценит неразговорчивого азиата, однако сейчас собирается сделать его пешкой в своей игре: он замышляет свадьбу Муравьева со Стасей, чтобы заткнуть рот злопыхателям, доносящим на него в Берлин о якобы имевшей место пропаже золотых вещиц, прикарманенных им после расстрела специально отобранных пятидесяти евреев в Майданеке. Дирлевангеру нужно реабилитировать себя перед Гиммлером и фюрером за прошлую связь с заговорщиком Ремом и небезобидные пристрастия к девочкам младше четырнадцати лет. По дороге в Борки Дирлевангер сочиняет мысленно письмо в Берлин, из которого руководство узнает и по достоинству оценит его «новаторский», «революционный» способ тотального уничтожения непокорных белорусских деревень и заодно успешно применяемую практику «перевоспитания» отбросов человечества вроде ублюдка Поля, которого он вытащил из концлагеря и взял в карательный взвод: лучшая стерилизация — это «омоложение детской кровью». Борки, по Дирлевангеру, — это демонстративный акт тотального устрашения. Женщины и дети загнаны в амбар, местные полицаи, наивно рассчитывавшие на милость немцев, — в школу, их семьи — в дом напротив. Дирлевангер со свитой входит в ворота амбара «полюбоваться» на добросовестно подготовленный «материал». Когда затихает пулемётная пальба, сами собой распахиваются не выдержавшие огня ворота. У стоящих в оцеплении карателей не выдерживают нервы: Тупига даёт очередь из автомата в клубы дыма, у многих выворачивает желудки. Затем начинается расправа с полицаями, которых на виду у семей выводят по одному из школы и швыряют в огонь. И каждый из карателей думает, что такое может произойти с другими, но не с ним.

В 11 часов 56 минут немец Лянге водит стволом автомата по трупам страшной ямы первого посёлка. В последний раз видит своих убийц женщина, и в жуткой тишине беззвучно кричит от ужаса и одиночества неродившаяся шестимесячная жизнь.

В конце повести — документальные свидетельства о сожжении трупов Гитлера и Евы Браун, перечисление преступлений против человечества в современную эпоху.