В доме Ивана Петровича Шуйского, в присутствии многих духовных лиц и некоторых бояр, решают развести Федора Иоанновича с царицею, Годуновой сестрой, благодаря коей, по общему мнению, и держится Борис. Составляют бумагу, где, поминая неплодность царицы и малолетство Димитрия, просят царя вступить в новый брак. Головин намекает Шуйскому на возможность поставить Димитрия вместо Федора, но получает суровый отпор. Княжна Мстиславская обносит гостей, пьют здоровье Федора. Шаховскому, жениху Мстиславской, сваха Волохова называет место тайной встречи. Иван Петрович отправляет челобитную митрополиту, сокрушаясь необходимостью губить царицу. Федюк Старков, его дворецкий, доносит о виденном Годунову. Тот, получив из Углича сведения о сношении Головина с Нагими и видя угрозу своей власти, объявляет сторонникам своим, Луп-Клешнину и князю Туренину, о решении примириться с Шуйским. Приходит Федор, сетуя на взбрыкнувшего коня. Появляется царица Ирина, которой Федор лукаво сообщает о красавице Мстиславской, виденной им в церкви, и тут же уверяет царицу, что она для него краше всех. Годунов говорит о желании примириться с Шуйским, и царь с радостью берётся устроить дело.

Федор объявляет о намерении примирить Годунова с Шуйским и просит помощи у митрополита Дионисия и других духовных лиц. Дионисий упрекает Годунова в притеснениях церкви, снисхождении к еретикам и возобновлении сбора податей, от коих была освобождена церковь. Годунов вручает ему защитные грамоты и сообщает о предпринятых гонениях на ересь. Царь просит поддержки у Ирины и бояр. Сопровождаемый народными восторгами, приходит Иван Петрович Шуйский. Федор корит его непосещением Думы, Шуйский отговаривается невозможностью поддакивать Годунову. Федор, поминая Писание и призывая в свидетели духовных лиц, говорит о благе примирения, и покорный ему Годунов предлагает Шуйскому согласье. Шуйский упрекает его в нежелании делиться управлением государства, что Иоанн завещал пятерым боярам: Захарьину (умершему), Мстиславскому (насильно постриженному), Бельскому (сосланному), Годунову и Шуйскому. Годунов, оправдываясь, говорит о спеси Шуйского, о том, что воспользовался единоличной властью на пользу Руси, чему приводит и доказательства; он добавляет, что трудное дело введения в порядок расстроенного государства немило только Шуйским. И когда Иван Петрович называет сторонником своим митрополита, тот сообщает о действиях Годунова в пользу церкви и склоняет Шуйского к миру. Ирина, показывая вышиваемый ею покров для псковской святыни, признается, что это её молитвенный обет за спасение Шуйского, осаждённого некогда литовцами в Пскове. Взволнованный Шуйский готов забыть былую вражду, но требует от Годунова гарантий безопасности своим соратникам. Годунов клянётся и целует крест. Приглашают выборных от приведённой Шуйским толпы. Федор заговаривает со стариком и не умеет его остановить, в его племяннике узнает купца Красильникова, тешившего его недавно медвежьим боем, вспоминает его брата Голубя, одолевшего в кулачном бою Шаховского, — не сразу Годунову и Шуйскому удаётся вернуть царя к тому, чего ради позваны выборные. Шуйский объявляет о примирении с Годуновым, купцы волнуются («Вы нашими миритесь головами»), Шуйского раздражает недоверие к человеку, только что клявшемуся на кресте. Купцы просят о защите от Годунова царя, но тот отсылает их к Борису. Борис тишком велит записать имена купцов.

Ночью в саду Шуйского княжна Мстиславская с Василисой Волоховой дожидаются Шаховского. Он приходит, говорит о любви, о нетерпении, с каким дожидается свадьбы, смешит её и шутит с нею. Прибегает Красильников, впустив коего, Шаховской скрывается, зовёт Ивана Петровича и сообщает, что все, бывшие у царя, схвачены по приказанью Годунова. Потрясённый Шуйский велит поднять Москву на Годунова. Заикнувшегося было о Димитрии Головина он резко обрывает и, заявив, что Борис обманом погубил себя, идёт к царю. Оставшиеся бояре меж тем обсуждают челобитную, приискивая новую царицу. Василий Шуйский называет княжну Мстиславскую. Брат её решается не сразу, желая найти хоть повод для ссоры с Шаховским. Пока он колеблется, Головин вписывает имя княжны в челобитную. Появляется Шаховской, заявляющий, что невесты не отдаст. Обнаруживается и княжна с Волоховой. При общем крике, взаимных угрозах и упрёках Шаховской выхватывает грамоту и убегает. Годунов представляет царю государственные бумаги, в содержание коих тот не вдаётся, а соглашается с решеньями Бориса. Царица Ирина говорит о письме из Углича от вдовствующей царицы с просьбою вернуться с Димитрием в Москву. Федор было препоручает дело Борису, но Ирина требует решения «семейного дела» от него; Федор спорит с Борисом и раздражается его упорством. Приходит Шуйский, жалуется на Годунова. Тот не отпирается, объясняя, что купцы взяты не за прошлое, а за попытку расстроить мир меж ним и Шуйским. Царь готов простить Годунова, полагая, что они просто не поняли друг друга, но непреклонное требование того оставить царевича в Угличе наконец сердит царя. Годунов говорит, что уступает место Шуйскому, Федор умоляет его остаться, Шуйский, уязвлённый поведением царя, уходит. Клешнин приносит пересланное из Углича письмо Головина Нагим, Годунов показывает его царю, требуя взятия Шуйского под стражу и, может быть, казни его. В случае отказа он грозит удалиться. Потрясённый Федор после долгих колебаний отказывается от услуг Годунова.

Иван Петрович Шуйский утешает княжну Мстиславскую: он не допустит её брака с царём и надеется, что Шаховской не донесёт на них. Отослав княжну, он принимает бояр и бежавших Красильникова и Голубя и, предполагая смещение скудоумного Федора и возведение на престол Димитрия, определяет каждому задачи. Отрешённый Годунов, сидя дома, расспрашивает Клешнина о Волоховой и многажды повторяет, «чтобы она царевича блюла». Клешнин отправляет Волохову в УГЛИЧ новой мамкою, велит его беречь и намекает, что, если страдающий падучею царевич погубит себя сам, с неё не спросят. Меж тем Федор не может разобраться в представленных ему бумагах. Приходит Клешнин и сообщает, что Борис захворал от расстройства, а Шуйского немедленно надо заключить в тюрьму за намерение возвести на престол Димитрия. Федор не верит. Входит Шуйский, которому Федор говорит о доносе и просит его оправдаться. Князь отказывается, царь настаивает, Клешнин подначивает. Шуйский признается в мятеже. Федор, испугавшись, что Годунов накажет Шуйского за измену, заявляет, что сам велел поставить царевича на престол, и вытесняет потрясённого Шуйского из комнаты. В царские покои врывается Шаховской и просит вернуть ему невесту. Федор, углядев подпись Ивана Петровича Шуйского, плачет и не слушает доводов Ирины о нелепости бумаги. Ограждая Ирину от обид, он подписывает Борисов приказ, повергая в ужас и её, и Шаховского. На мосту через реку старик бунтует народ за Шуйского, гусляр поёт о доблестях его. Проезжает гонец с вестью о наступлении татар. Князь Туренин со стрельцами ведёт Шуйского в тюрьму. Подбиваемый стариком народ хочет освободить Шуйского, но тот говорит о своей вине перед «святым» царём и о том, что наказание им заслужено.

Клешнин докладывает Годунову, что Шуйские и их сторонники посажены в тюрьму, и вводит Василия Ивановича Шуйского. Тот поворачивает дело так, будто затеял челобитную для блага Годунова. Понимая, что Шуйский в его руках, Годунов его отпускает. Царица Ирина приходит заступиться за Ивана Петровича. Годунов, сознавая, что Шуйский не прекратит ему перечить, непреклонен. На площади перед собором нищие говорят о смене митрополита, неугодного Годунову, о казни купцов, стоявших за Шуйского. Царица Ирина приводит Мстиславскую просить за Шуйского. Из собора выходит Федор, отслужив панихиду по царю Ивану. Княжна бросается ему в ноги. Федор шлёт князя Туренина за Шуйским. Но Туренин сообщает, что Шуйский ночью удавился, винится, что недосмотрел (потому что отбивал толпу, приведённую к тюрьме Шаховским, и отбил, лишь застрелив Шаховского). Федор бросается на Туренина, обвиняя его в убийстве Шуйского, и грозит ему казнью. Гонец приносит грамоту из Углича о гибели царевича. Потрясённый царь хочет сам дознаться правды. Приходит сообщение о приближении хана и скорой осаде Москвы. Годунов предлагает послать Клешнина и Василия Шуйского, и Федор уверяется в невиновности Годунова. Княжна Мстиславская говорит о намерении постричься. Федор, по совету жены, собирается всю тяжесть правления передать Борису и, поминая своё намерение «всех согласить, все сгладить», оплакивает свою участь и свой царский долг.