Действие происходит в Москве в 1584 г. и начинается ссорой в Боярской думе: Михаиле Нагой, брат царицы Марии Федоровны, спорит за место с Салтыковым и втягивает в свару остальных бояр. Захарьин-Юрьев, брат первой царёвой жены, прерывает споры, заговорив о важности собравшего их дела: Иоанн, терзаясь раскаяньем после убийства сына, решил принять иноческий сан и указал Думе избрать себе преемника. Меж тем «враги со всех сторон воюют Русь», в ней же мор и голод. Князь Мстиславский говорит о непреклонности царя в его решении. Нагой предлагает малолетнего Димитрия-царевича с царицей и, при необходимости, «правителя», коим готов быть сам; Сицкий — Захарьина, не запятнавшего себя ничем. Захарьин же говорит за Ивана Петровича Шуйского, ныне сидящего в осаждённом Пскове.

Однако царь нужен немедля. Захарьин спрашивает совета у Годунова, не чинившегося о местах и скромно севшего всех ниже. Тот, детально обрисовав незавидное положение государства, говорит о невозможности менять царя в такую пору и зовёт бояр просить Иоанна остаться на престоле. Сицкий, поминая злодеяния царя, тщетно пытается остановить бояр. Они отправляются к царю, по пути решая, кто будет вести речь, и робея государева гнева. Годунов берет риск на себя. Иоанн, облачённый уже в чёрную рясу, сняв шапку Мономаха, в опочивальне дожидается решения бояр и сокрушается воспоминаньем последнего злодейства. Прибывает гонец из Пскова, которого царь поначалу отсылает к «новому владыке», но потом, услышав, что новость радостна, выслушивает рассказ об отражении штурмов и отступлении Батура от Пскова. Ему подают письмо от Курбского, в коем тот попрекает царя нескладным слогом, грозит скорым взятием Пскова, многие злодейства Иоанна называет причиной теперешним его поражениям и язвительно поминает его удаление от дел. Иоанн впадает в ярость, ибо, погубив всех родственников Курбского, бессилен выместить на ком-нибудь свою досаду. Приходят бояре, которых царь встречает в сильном раздражении. Выслушав краткую речь Годунова, он надевает Мономахову шапку, попрекая вынудивших его к тому бояр, и целует Годунова, ведшего смелые и дерзкие речи «для блага государства». Отсутствие Сицкого не остаётся незамеченным, и царь, не желая слушать заступников, распоряжается о казни.

В царских покоях Годунов с Захарьиным ожидают Иоанна, и Годунов говорит, что царь, желая развестись с царицей, сватает племянницу английской королевы. Возмущённый Захарьин спрашивает, как отговаривал Годунов Иоанна, и получает ответ, что воздействовать на Иоанна можно лишь окольным путём. Входит Иоанн и сообщает о бунте в польских войсках под Псковом и об ожидании посла из Варшавы, посланного, по его мнению, просить мира. Он наказывает Захарьину сообщить эту весть народу. Годунову он велит обговорить с английским послом условия предстоящей женитьбы. Тот пытается заступиться, за царицу и получает гневную отповедь, полную угроз. Оставшись один, Годунов корит себя за явленное мягкосердечие и зарекается предпочитать совесть пользе дела. В доме Василия Ивановича Шуйского бояре Мстиславский, Бельский и братья Нагие сговариваются погубить Годунова. Решают, воспользовавшись раздражением народа, свалить все беды на Годунова, и Шуйский предлагает для исполнения замысла Михаилу Битяговского. Тот берётся взбунтовать народ и подбить его на убийство. Бельский предлагает для того же послать Прокофия Кикина. Приходит Годунов. Гости спешно расходятся. Годунов жалуется Шуйскому, что его не любят в Думе, Шуйский уверяет его в своём расположении и поддержке и уходит, внезапно призванный царём. Годунов, оставшись наедине с Битяговским, обнаруживает совершенное своё знакомство с его намерениями и, пригрозив ему невиданными казнями, отправляет на те же площади подговаривать народ против Шуйского с Бельским, желающих «царя отравой извести».

Меж тем царица не велит мамке царевича подпускать к нему кого бы то ни было, и особенно Годунова Одному лишь Никите Романовичу Захарьину она доверяет. Приходит Захарьин. Царица говорит ему о слухах во дворце и спрашивает, не верно ль её подозренье, что царь хочет бросить её с Димитрием. Захарьин просит её быть готовой ко всему, царю не перечить и доверять Годунову. Приходит Иоанн с Годуновым и, в ожидании вышедшей приодеться царицы, выслушивает условия английского посла и расспрашивает о прибывшем польском после Гарабурде, гадая, какие земли обещает Польша за мир, и не желая слушать опасений относительно цели сего посольства Вошедшей царице Иоанн объявляет о предстоящем разводе и постриге, Димитрию сулит в удел УГЛИЧ и, выслушав заступничество Захарьина, грозит ему казнью. В престольной палате Иоанн принимает польского посла Гарабурду. Требования Батура столь унизительны (вывести из земли Ливонской полки и отдать Польше Смоленск, Полоцк, Новгород и Псков), что, при общем ропоте, царь впадает в бешенство и, выслушав приглашение польского короля к единоборству, собирается затравить его посла собаками и швыряет в него топором. Гарабурда замечает, что Иоанну неизвестны новости о сокрушении русских полков на границе, о взятии шведами Наровы и о совместном их с Батуром походе на Новгород, и, посулив Иоанну встречу с королём в Москве, уходит. Вбежавший Годунов подтверждает все сообщения Гарабурды, но царь велит повесить лживых гонцов и служить по всем церквам победные молебны.

На площади в Замоскворечье толпа волнуется перед лабазом, возмущаясь ценою на хлеб, приставами, берущими взятки, и тем, что царь не казнит обидчиков. Появляется Кикин, одетый странником, винит Годунова и ссылается на Божье знаменье, «кровавую, хвостатую звезду». Он говорит, что в Киеве видел чудо: Софийский крест в огне и глас, призывавший восстать на Годунова Слышны голоса в защиту Годунова, голоса, призывающие бить защитников, и, наконец, голос Битяговского, являющегося в кафтане нараспашку с удалой песней на устах. Он рассказывает, что Шуйский с Бельским собирались отравить царя, но Годунов бросил отравленный пирог собаке. Когда Битяговскому в недоумении указывают на странника, видевшего чудо, он называет его по имени и говорит, что тот подослан нарочно. Появляется Григорий Годунов, объявляющий, что Борис Годунов скупает все запасы из собственной казны и завтра раздаст их безденежно. Народ бросается на Кикина. В царских покоях царица, сестра Годунова Ирина и его жена Мария глядят на комету. Царь смотрит на неё с крыльца. Привезены волхвы и ворожеи разгадать, для чего явилась комета. Появляется Иоанн и заявляет, что понял знаменье: комета возвещает его смерть. Он просит прощения у царицы и, желая точно знать время кончины, чтоб не умереть без покаяния, призывает волхвов. Они называют Кириллин день. По требованию царя Годунов читает синодик, где перечислены его жертвы, Иоанн дополняет список. Приезжает дворецкий из Слободы с сообщением, что в зимний день от удара молнии сгорел дворец. Потрясённый Иоанн просит у всех прощения, исступлённо молится и спрашивает Федора, как тот собирается править, но Федор просит поставить кого-нибудь другого на царство. Приносят две грамоты: о приближении хана к Москве и восстании вокруг Казани. Приводят схимника, тридцать лет живущего в затворничестве. Иоанн, оставшись с ним наедине, говорит о постигших Русь бедствиях и просит совета. Схимник называет многих людей, способных противостоять врагу, — все они погублены царём. Он говорит о царевиче, но и царевич мёртв. Проводив схимника, Иоанн принуждает бояр Мстиславского, Бельского, Захарьина и Годунова целовать крест в том, что они будут служить Федору, и пятым назначает Ивана Петровича Шуйского, буде тот уцелеет под Псковом. Он отправляет послов в Литву заключить с Батуром мир на самых унизительных условиях, полагая, что после его смерти Батур потребует ещё больше, и желая своим неслыханным унижением искупить грехи.

В Кириллин день царю лучше. Годунов тайно вызывает ворожей, и они говорят, что день ещё не кончился. Годунову же предрекают царский престол, поминают три отделяющие его от величия звезды и его главного таинственного противника («слаб, но могуч — безвинен, но виновен — сам и не сам», «убит, но жив»). Приходит доктор Якоби, отвечающий Годунову, что царя необходимо уберечь от раздражений, и для того Бельский созвал скоморохов. Годунов принимает Битягов-ского и узнает, что народ озлоблен против Шуйского с Бельским. Тем временем Иоанн рассматривает сокровища, приискивая подарки английской королеве и невесте, близ царя крутится шут, в соседних покоях скоморохи ожидают знака. Царь назавтра назначает казнь волхвам и посылает Бориса объявить им об этом. Он торжествует, но подозрителен и склонен к раздражению; сев играть в шахматы с Бельским, роняет короля. Возвращается Годунов и, доведя царя до исступленья многозначительным молчаньем, объявляет ответ волхвов, что их наука достоверна и что Кириллин день ещё не миновал. В гневе Иоанн называет Годунова изменником, обвиняет его в покушении на жизнь свою, зовёт палачей и падает. Общее смятение. Царь кличет духовника, бояре — докторов, по ошибке вбегают скоморохи. Иоанн умирает. Народ на площади кричит, что царя извели отравой Шуйский с Бельским, и растерянный Федор препоручает объяснения Годунову. Годунов отправляет бояр в ссылку, Мстиславского, коего наряду с Нагими Битяговский обвиняет в смуте, в монастырь, Нагих — в УГЛИЧ вместе с царицею и Димитрием. Федор, рыдая, обнимает Годунова. Народ на площади славит обоих.