В холодный ноябрьский вечер 1851 г. Хаджи-Мурат, знаменитый наиб имама Шамиля, въезжает в немирный чеченский аул Махкет. Чеченец Садо принимает гостя в своей сакле, несмотря на недавний приказ Шамиля задержать или убить мятежного наиба,

В эту же ночь из русской крепости Воздвиженской, в пятнадцати верстах от аула Махкет, выходят в передовой караул три солдата с унтер-офицером Пановым. Один из них, весельчак Авдеев, вспоминает, как от тоски по дому пропил однажды ротные деньги, и в который раз рассказывает, что пошёл в солдаты по просьбе матери, вместо семейного брата.

На этот караул выходят посланники Хаджи-Мурата. Провожая чеченцев в крепость, к князю Воронцову, весёлый Авдеев расспрашивает об их жёнах, о детях и заключает: «А какие эти, братец ты мой, гололобые ребята хорошие».

Полковой командир Куринского полка, сын главнокомандующего, флигель-адъютант князь Воронцов живёт в одном из лучших домов крепости с женой Марьей Васильевной, знаменитой петербургской красавицей, и её маленьким сыном от первого брака. Несмотря на то что жизнь князя поражает обитателей маленькой кавказской крепости своей роскошью, супругам Воронцовым кажется, что они терпят здесь большие лишения. Известие о выходе Хаджи-Мурата застаёт их за игрой в карты с полковыми офицерами.

Этой же ночью жители аула Махкет, для очистки себя перед Шамилем, пытаются задержать Хаджи-Мурата. Отстреливаясь, тот прорывается со своим мюридом Элдаром в лес, где ждут его остальные мюриды — аварец Ханефи и чеченец Гамзало. Здесь Хаджи-Мурат ожидает, что ответит князь Воронцов на его предложение выйти к русским и начать на их стороне борьбу против Шамиля. Он, как всегда, верит в своё счастье и в то, что на этот раз все удаётся ему, как это всегда бывало прежде. Вернувшийся посланник Хан-Магома сообщает, что князь обещал принять Хаджи-Мурата как дорогого гостя.

Рано утром две роты Куринского полка выходят на рубку леса. Ротные офицеры за выпивкой обсуждают недавнюю смерть в бою генерала Слепцова. При этом разговоре никто из них не видит важнейшего — окончания человеческой жизни и возвращения её к тому источнику, из которого она вышла, — а видят только воинскую лихость молодого генерала. Во время выхода Хаджи-Мурата преследующие его чеченцы мимоходом смертельно ранят весёлого солдата Авдеева; тот умирает в госпитале, не успев получить письмо матери о том, что жена его ушла из дому.

Всех русских, впервые видящих «страшного горца», поражает его добрая, почти детская улыбка, чувство собственного достоинства и то внимание, проницательность и спокойствие, с которыми он смотрит на окружающих. Приём князя Воронцова в крепости Воздвиженской оказывается лучше, чем ожидал Хаджи-Мурат; но тем меньше он доверяет князю. Он требует, чтобы его отправили к самому главнокомандующему, старому князю Воронцову, в Тифлис.

Во время встречи в Тифлисе Воронцов-отец прекрасно понимает, что не должен верить ни одному слову Хаджи-Мурата, потому что тот всегда останется врагом всему русскому, а теперь всего лишь покоряется обстоятельствам. Хаджи-Мурат в свою очередь понимает, что хитрый князь видит его насквозь. При этом оба говорят друг другу совсем противоположное своему пониманию — то, что необходимо для успеха переговоров. Хаджи-Мурат уверяет, что будет верно служить русскому царю, чтобы отомстить Шамилю, и ручается, что сможет поднять против имама весь Дагестан. Но для этого надо, чтобы русские выкупили из плена семью Хаджи-Мурата. Главнокомандующий обещает подумать об этом.

Хаджи-Мурат живёт в Тифлисе, посещает театр и бал, все более отвергая в душе образ жизни русских. Он рассказывает приставленному к нему адъютанту Воронцова Лорис-Меликову историю своей жизни и вражды с Шамилем. Перед слушателем проходит череда жестоких убийств, совершаемых по закону кровной мести и по праву сильного. Лорис-Меликов наблюдает и за мюридами Хаджи-Мурата. Один из них, Гамзало, продолжает считать Шамиля святым и ненавидит всех русских. Другой, Хан-Магома, вышел к русским только из-за того, что легко играет своею и чужими жизнями; так же легко он может в любой момент вернуться к Шамилю. Элдар и Ханефи без рассуждения повинуются Хаджи-Мурату.

Пока Хаджи-Мурат находится в Тифлисе, по распоряжению императора Николая I в январе 1852 г. предпринимается набег в Чечню. В нем принимает участие и недавно перешедший из гвардии молодой офицер Бутлер. Он ушёл из гвардии из-за карточного проигрыша и радуется теперь хорошей, молодецкой жизни на Кавказе, стараясь сохранить своё поэтическое представление о войне. Во время набега разорён аул Махкет, штыком в спину убит подросток, бессмысленно загажены мечеть и фонтан. Видя все это, чеченцы испытывают к русским даже не ненависть, а только гадливость, недоумение и желание истребить их, как крыс или ядовитых пауков. Жители аула просят Шамиля о помощи,

Хаджи-Мурат переезжает в крепость Грозную. Здесь ему позволяют иметь сношения с горцами через лазутчиков, но он не может выезжать из крепости иначе как с конвоем казаков. Его семья содержится в это время под стражей в ауле Ведено, ожидая решения Шамиля о своей участи. Шамиль требует, чтобы Хаджи-Мурат вышел к нему назад до праздника байрама, в противном случае угрожает отдать мать его, старуху Патимат, по аулам и ослепить любимого сына Юсуфа.

Неделю Хаджи-Мурат живёт в крепости, в доме майора Петрова. Сожительница майора, Марья Дмитриевна, проникается уважением к Хаджи-Мурату, чьё обхождение заметно отличается от грубости и пьянства, принятых среди полковых офицеров. Между офицером Бутлером и Хаджи-Муратом завязывается дружба. Бутлера охватывает «поэзия особенной, энергической горской жизни», ощутимая в горских песнях, которые поёт Ханефи. Особенно поражает русского офицера любимая песня Хаджи-Мурата — о неотвратимости кровной мести. Вскоре Бутлер становится свидетелем того, как спокойно Хаджи-Мурат воспринимает попытку кровной мести ему самому со стороны кумыцкого князя Арслан-Хана,

Переговоры о выкупе семьи, которые Хаджи-Мурат ведёт в Чечне, не имеют успеха. Он возвращается в Тифлис, затем переезжает в небольшой городок Нуху, надеясь хитростью или силой все же вырвать семью у Шамиля. Он числится на службе у русского царя и получает пять золотых в день. Но теперь, когда он видит, что русские не торопятся освобождать его семью, Хаджи-Мурат воспринимает свой выход как страшный поворот в жизни. Он все чаще вспоминает детство, мать, деда и своего сына. Наконец он решает бежать в горы, ворваться с верными людьми в Ведено, чтобы умереть или освободить семью.

Во время верховой прогулки Хаджи-Мурат вместе со своими мюридами безжалостно убивает конвойных казаков. Он рассчитывает перейти реку Алазань и таким образом уйти от погони, но ему не удаётся верхом пересечь залитое весенней водой рисовое поле. Погоня настигает его, в неравном бою Хаджи-Мурат смертельно ранен.

Последние воспоминания о семье пробегают в его воображении, не вызывая более никакого чувства; но сражается он до последнего дыхания.

Отсечённую от изуродованного тела голову Хаджи-Мурата возят по крепостям. В Грозной её показывают Бутлеру и Марье Дмитриевне, и они видят, что посиневшие губы мёртвой головы сохраняют детское доброе выражение. Марья Дмитриевна особенно потрясена жестокостью «живорезов», убивших её недавнего постояльца и не предавших его тело земле.

История Хаджи-Мурата, присущие ему сила жизни и несгибаемость вспоминаются при взгляде на цветок репейника, в полном цвету раздавленный людьми посреди вспаханного поля.