В старинном замке на берегу озера живут барон и баронесса. Счастью их, кажется, нет предела, тем более что обрели они его уже в зрелом возрасте. Эдуард любил Шарлотту с юности, однако ему пришлось по принуждению родителей жениться на богатой женщине, которая была значительно старше его. Шарлотта также вышла замуж, повинуясь обстоятельствам. Когда их супруги умерли, Эдуард и Шарлотта смогли наконец соединиться. Тогда они решили удалиться от двора, где оба прежде блистали, в сельскую местность, поселиться на природе и жить друг для друга. (С этой целью Шарлотта даже отослала дочь от первого брака Люциану, а вместе с ней и сироту-племянницу Оттилию в пансион.)

Дни свои они наполнили множеством занятий — переустройством запущенного парка, усовершенствованиями хозяйства. Они вели бесконечные беседы, Эдуард осваивал игру на флейте, а Шарлотта, прекрасно игравшая на рояле, ему аккомпанировала. Предстояло ещё разбирать путевые записи Эдуарда, которые он вёл в странствиях прошлых лет. Словом, жизнь счастливой четы протекала в согласии и гармонии.

Лёгкая тень ложилась на эту идиллию лишь при мысли героев о своих близких. Эдуарда беспокоила судьба старого друга, капитана, который остался не у дел, Он не без робости предложил жене пригласить капитана в замок, чтобы тот мог проявить здесь свои строительные таланты. Шарлотта после некоторых колебаний дала на это согласие, сознавая, что их жизнь неизбежно усложнится. Однако она сама так же тревожилась за Оттилию. Письма из пансиона от воспитательницы и её помощника подтверждали, что если Люциана там царила и отлично успевала по всем предметам, то кроткая и самобытная Оттилия страдала среди бойких сверстниц и с трудом осваивала школьные премудрости. К сожалению, Люциана дразнила и поддевала её больше других. Шарлотта склонялась к мысли забрать воспитанницу из пансиона и поручить ей в замке обязанности экономки. Когда Люциана покинет стены школы, чтобы окунуться в светскую жизнь, Оттилия могла бы вернуться в пансион и закончить образование.

Первым гостем супругов становится капитан. Его появление вносит приятное оживление, но влечёт и некоторое отдаление Эдуарда от Шарлотты. Теперь старые друзья заняты воспоминаниями, охотой, осмотром угодий, покупкой лошадей и т. д. Тем не менее все трое отлично уживаются, стремясь к сохранению атмосферы любви, дружбы и покоя. Среди бесед, которыми они сопровождают чтение вслух — а Эдуард большой любитель этого занятия, — одна оказывается пророческой для их будущего. Речь заходит о взаимном притяжении и отталкивании химических элементов, их способности к соединению, а затем к распаду и образованию новых комбинаций с ещё более близкими. Это явление определяется условным научным термином «избирательное сродство».

Наступает день, когда в замок приезжает Оттилия, которую Эдуард помнил ещё ребёнком. Теперь это очаровательная девушка, излучающая сердечность и в благожелательной обстановке быстро преодолевающая былую скованность. Проходит ещё какое-то время — ив сердцах четырёх героев совершаются сложные подспудные движения, приводящие к непреложному результату: Эдуард оказывается охвачен пламенной — и взаимной — страстью к Оттилии, а капитан и Шарлотта так же сильно влюблены друг в друга. Однако ситуация далека от счастливого разрешения. Шарлотта пока не допускает и мысли о том, чтобы разрушить свой брак и весь уклад жизни. Капитан, который как раз получил выгодное предложение по службе, уезжает по её настоянию из замка. Она склоняется к тому, чтобы в свою очередь уехала и Оттилия, однако этому категорически противится Эдуард. Он сам покидает замок, чтобы поселиться в отдалении в небольшом собственном доме и переживать в мрачном одиночестве любовную тоску. Там и застаёт его известие, наносящее удар по надеждам рано или поздно соединиться с Оттилией: Шарлотта передаёт, что ждёт от него ребёнка. В отчаянии, положившись на судьбу, Эдуард отправляется на войну. «Он жаждал гибели, ибо жизнь грозила стать ему невыносимой  «Оттилия, когда и ей стала известна тайна Шарлотты, была поражена так же, как и Эдуард, даже более, и вся ушла в себя, доверяясь только дневнику».

Пока Эдуард «вверился изменчивому счастью войны», покой в замке нарушен двухмесячным нашествием Люцианы с женихом и целой ордой свиты. Вздымающийся вихрь светских забав вырывает Оттилию из сосредоточенности и как бы пробуждает её. После отбытия Люцианы приходит черёд новых забот: у Шарлотты рождается ребёнок. Чудо! — малыш одновременно похож на Эдуарда, капитана и Оттилию! Может быть, оттого, что в ночь своей последней близости супруги тайно мечтали о возлюбленных и словно отдавались им, а не друг другу?.. Тем дороже мальчик и Шарлотте, и Оттилии. Печальный инцидент омрачил его крещение — прямо в процессе обряда умер старый пастор. Присутствующим было суждено «увидеть и осознать в таком непосредственном соседстве рождение и смерть, гроб и колыбель . Этот эпизод — в ряду символических сцен, разговоров, деталей, пронизывающих всю ткань романа и напоминающих читателю о главных проблемах бытия, о вечности, Боге, сокровенной природе человека и его назначении. Главные герои относятся к жизни как к таинству и дару, они ощущают себя частью природы — но наделённой творческой волей и разумом. Отсюда их нравственная сила, позволяющая преодолевать в себе мелочное, эгоистическое и в страданиях становиться ещё благороднее духом и отзывчивей к другим. Среди второстепенных персонажей романа есть люди, близкие им, — например, молодой архитектор или учитель из пансиона, а есть глубоко чуждые, как некие граф и баронесса, живущие в «свободном союзе» и не тяготящиеся чувством нравственного долга, или себялюбка Люциана и сосед Митлер, специалист по улаживанию чужих сердечных дел.

Эдуард возвращается с войны обновлённый и полный решимости соединиться с Оттилией. Он приглашает к себе капитана (уже майора), убеждает его жениться на Шарлотте и к общему счастью разрешить ситуацию. Оба друга отправляются в замок. И вот первое после разлуки свидание Эдуарда с Оттилией, которую он застаёт за озером гуляющей с ребёнком. После их разговора к Оттилии возвращается надежда. Но в тот же вечер происходит трагедия; девушка спешит домой, лодка переворачивается, и ребёнок гибнет. Потрясённая случившимся, Оттилия в душе отказывается от Эдуарда. Она намерена вернуться в пансион и посвятить себя педагогическому поприщу. Ее собирают в путь. Ночевать ей предстоит в небольшой придорожной гостинице. Эдуард мчится туда, чтобы умолить её изменить своё решение. Второе свидание оказывается тем более роковым, чем внезапнее оно для хрупкой Оттилии. Чтобы справиться с собой в этот миг, она даёт обет молчания — и с тех пор не произносит ни слова. Она засыпает одетой, а утром знаками просит вернуть её в замок. Эдуард сопровождает карету, почти обезумев от горя.

Последние страницы романа овеяны светлой печалью. Снова герои под одним кровом. Майор тоже приезжает время от времени. Шарлотта обещала ему свою руку, лишь только Оттилия решится на брак с Эдуардом. Оттилия весела и спокойна. Однако она не прикасается к еде — это становится известно позже, так как она просит приносить пищу ей в комнату. Эдуард постоянно находится вблизи её, не решаясь к ней прикоснуться и испытывая благоговение. «Да и она продолжала испытывать то же чувство, была не в силах отказаться от этой блаженной необходимости . Жизнь была для них загадкой, решение которой они находили только вместе». Тихий осенний праздник природы оттеняет их прощальное счастье.

Силы оставляют Оттилию накануне дня рождения Эдуарда, к которому она так готовилась. Последней каплей становится бестактность Митлера, обсуждавшего в её присутствии заповедь о прелюбодеянии. Она тихо уходит к себе в комнату, и вскоре раздаётся крик её служанки. Друзья застают девушку умирающей. Перед последним вздохом она обращается к Эдуарду со словами, полными «нездешней нежности», прося его жить. Однако через несколько дней после похорон тот угасает. «Шарлотта отвела ему место подле Оттилии и запретила кого бы то ни было хоронить в этом склепе».