Июльским вечером 1689 г. аббат де Керкабон прогуливался с сестрой по берегу моря в своём маленьком приорате в Нижней Бретани и размышлял о горькой судьбе брата и его жены, двадцать лет назад отплывших с того самого берега в Канаду и исчезнувших там навеки. В этот момент в бухту причаливает судно и высаживает на берег молодого человека в одежде индейца, который представляется Простодушным, поскольку так называли его друзья-англичане за искренность и неизменную честность. Он поражает почтенного приора учтивостью и здравомыслием, и его приглашают на ужин в дом, где Простодушного представляют местному обществу. На следующий день, желая отблагодарить своих хозяев за гостеприимство, юноша дарит им талисман: связанные на шнурке портретики неизвестных ему людей, в которых приор с волнением узнает сгинувших в Канаде брата-капитана и его жену. Простодушный не знал своих родителей, и его воспитали индейцы гуроны. Обретя в лице приора и его сестры любящих дядю и тётушку, юноша поселяется в их доме.

Первым делом добрый приор и его соседи решают окрестить Простодушного. Но сперва надобно было просветить его, так как нельзя обратить в новую религию взрослого человека без его ведома. Простодушный читает Библию, и благодаря природной понятливости, а также тому, что его детство не было обременено пустяками и нелепостями, его мозги воспринимали все предметы в неискажённом виде. Крестной матерью, согласно желанию Простодушного, была приглашена очаровательная м-ль де Сент-Ив, сестра их соседа аббата. Однако таинство неожиданно оказалось под угрозой, поскольку юноша искренне был уверен, что креститься можно только в реке по примеру персонажей Библии. Неиспорченный условностями, он отказывался признать, что мода на крещение могла измениться. С помощью прелестной Сент-Ив Простодушного все же удалось уговорить креститься в купели. В нежной беседе, последовавшей за крещением, Простодушный и м-ль де Сент-Ив признаются во взаимной любви, и юноша решает немедленно жениться. Благонравной девице пришлось объяснить, что правила требуют разрешения на брак их родственников, и Простодушный счёл это очередной нелепостью: почему счастье его жизни должно зависеть от его тётушки. Но почтенный приор объявил племяннику, что по божеским и людским законам жениться на крестной матери — страшный грех. Простодушный возразил, что в Священной книге о такой глупости ничего не сказано, как и о многом другом из того, что он наблюдал в своей новой родине. Он также не мог взять в толк, почему римский папа, живущий за четыреста лье и говорящий на чужом языке, должен позволить ему жениться на любимой девушке. Он поклялся жениться на ней в тот же день, что и попробовал осуществить, вломившись в её комнату и ссылаясь при этом на её обещание и своё естественное право. Ему стали доказывать, что, не будь между людьми договорных отношений, естественное право обращалось бы в естественный разбой. Нужны нотариусы, священники, свидетели, договоры. Простодушный возражает, что только бесчестным людям нужны между собой такие предосторожности. Его успокаивают, сказав, что законы придумали как раз честные и просвещённые люди, и чем лучше человек, тем покорнее он должен им подчиняться, чтобы подавать пример порочным. В это время родственники Сент-Ив решают спрятать её в монастыре, чтобы выдать замуж за нелюбимого человека, от чего Простодушный приходит в отчаяние и ярость.

В мрачном унынии Простодушный бродит по берегу, когда вдруг видит отступающий в панике отряд французов. Оказалось, что английская эскадра вероломно высадилась и собирается напасть на городок. Он доблестно бросается на англичан, ранит адмирала и воодушевляет французских солдат на победу. Городок был спасён, а Простодушный прославлен. В упоении битвой он решает взять штурмом монастырь и вызволить свою невесту. От этого его удерживают и дают совет поехать в Версаль к королю, а там получить вознаграждение за спасение провинции от англичан. После такой чести никто не сможет помешать ему жениться на м-ль де Сент-Ив.

Путь Простодушного в Версаль лежит через маленький городок протестантов, которые только что лишились всех прав после отмены Нантского эдикта и насильно обращались в католичество. Жители со слезами покидают город, и Простодушный пробует понять причину их несчастий: почему великий король идёт на поводу у папы и лишает себя в угоду Ватикану шестисот тысяч верных граждан. Простодушный убеждён, что виной всему козни иезуитов и недостойных советников, окруживших короля. Как бы иначе он мог потакать папе, своему открытому врагу? Простодушный обещает жителям, что, встретив короля, он откроет ему истину, а познав истину, по мнению юноши, нельзя не последовать ей. К его несчастью, за столом во время беседы присутствовал переодетый иезуит, состоявший сыщиком при духовнике короля, отце Лашез, главном гонителе бедных протестантов. Сыщик настрочил письмо, и Простодушный прибыл в Версаль почти одновременно с этим письмом. Наивный юноша искренне полагал, что по приезде он сразу сможет увидеть короля, рассказать ему о своих заслугах, получить разрешение на брак с Сент-Ив и открыть глаза на положение гугенотов. Но с трудом удаётся Простодушному добиться приёма у одного придворного чиновника, который говорит ему, что в лучшем случае он сможет купить чин лейтенанта. Юноша возмущён, что он ещё должен платить за право рисковать жизнью и сражаться, и обещает пожаловаться на глупого чиновника королю. Чиновник же решает, что Простодушный не в своём уме, и не придаёт значения его словам. В этот день отец Лашез получает письма от своего сыщика и родственников м-ль Сент-Ив, где Простодушный назван опасным смутьяном, подговаривавшим жечь монастыри и красть девушек. Ночью солдаты нападают на спящего юношу и, несмотря на его сопротивление, везут в Бастилию, где бросают в темницу к заключённому философу-янсенисту.

Добрейший отец Гордон, принёсший впоследствии нашему герою столько света и утешения, был заключён без суда за отказ признавать папу неограниченным владыкой Франции. У старца были большие знания, а у молодого — большая охота к приобретению знаний. Их беседы становятся все поучительнее и занимательнее, при этом наивность и здравый смысл Простодушного ставят в тупик старого философа. Он читает исторические книги, и история представляется ему сплошной цепью преступлений и несчастий. Прочитав «Поиски истины» Мальбранша, он решает, что все сущее — колёсики огромного механизма, душа которого Бог. Бог был причиной как греха, так и благодати. ум молодого человека укрепляется, он овладевает математикой, физикой, геометрией и на каждом шагу высказывает сообразительность и здравый ум. Он записывает свои рассуждения, приводящие в ужас старого философа. Глядя на Простодушного, Гордону кажется, что за полвека своего образования он только укреплял предрассудки, а наивный юноша, внемля одному лишь простому голосу природы, смог намного ближе подойти к истине. Свободный от обманчивых представлений, он провозглашает свободу человека главнейшим его правом. Он осуждает секту Гордона, страдающую и гонимую из-за споров не об истине, но тёмных заблуждениях, потому что все важные истины Бог уже подарил людям. Гордон понимает, что обрёк себя на несчастье ради каких-то бредней, и Простодушный не находит мудрыми тех, кто подвергает себя гонениям из-за пустых схоластических споров. Благодаря излияниям влюблённого юноши, суровый философ научился видеть в любви благородное и нежное чувство, способное возвысить душу и породить добродетель. В это время прекрасная возлюбленная Простодушного решается ехать в Версаль на поиски любимого. Ее выпускают из монастыря, чтобы выдать замуж, и она ускользает прямо в день свадьбы. Оказавшись в королевской резиденции, бедная красавица в полной растерянности пытается добиться приёма у разных высоких лиц, и наконец ей удаётся выяснить, что Простодушный заключён в Бастилию. Открывший ей это чиновник говорит с жалостью, что у него нет власти делать добро, и он не может ей помочь. Но вот помощник всесильного министра г-н де Сент-Пуанж творит и добро и зло. Одобренная Сент-Ив спешит к Сент-Пуанжу, и тот, очарованный красотой девушки, намекает, что ценой своей чести она могла бы отменить приказ об аресте Простодушного. Знакомые также толкают её ради священного долга пожертвовать женской честью. Добродетель вынуждает её пасть. Ценой позора она освобождает своего возлюбленного, но измученная сознанием своего греха, нежная Сент-Ив не может пережить падение, и, охваченная смертельной лихорадкой, умирает на руках Простодушного. В этот момент появляется сам Сент-Пуанж, и в порыве раскаяния клянётся загладить причинённое несчастье.

Время смягчает все. Простодушный стал превосходным офицером и до конца жизни чтил память прекрасной Сент-Ив.