Семья Дурслей ненавидит всё необычное. Но в один прекрасный день по улицам начинают ходить странные люди в ярких одеждах и обсуждать племянника Дурслей — годовалого Гарри Поттера. Ночью возле дома Дурслей появляются волшебники: профессор Дамблдор, директор школы магии Хогвартс, и преподавательница из той же школы. Из их разговора становится ясно, что родители-волшебники Гарри убиты тёмным магом Волан-Де-Мортом, имя которого боятся даже произносить все, кроме Дамблдора. По какой-то причине злодею не удалось убить мальчика, Волан-Де-Морт смог лишь оставить на лбу ребёнка шрам, похожий на молнию. Директор принимает решение положить Гарри у порога дома Дурслей: здесь ребёнок будет в безопасности.

Мальчик живёт десять лет у тёти и дяди. Он обделён душевным теплом, всё внимание достаётся его ровеснику-кузену, толстому избалованному мальчишке, похожему, по мнению Гарри, на свинью в парике. Поттер терпит побои от двоюродного брата, донашивает за ним старую одежду.

Наступает день рождения кузена. Дурслям приходится взять Гарри с собой в зоопарк вместе с сыном и его другом. Там происходит что-то невероятное: Гарри обращается к змее, и та будто бы его понимает. Затем исчезает стекло в террариуме, и удав выползает. Тётя и дядя считают Гарри виновным в этом и наказывают.

Через какое-то время для Гарри приходит уйма одинаковых писем, но дядя не даёт племяннику их прочитать. Он увозит семью в хижину на скале посреди моря, надеясь, что тут их не найдут. Но в полночь, в одиннадцатый день рождения Гарри, в хижине появляется великан Хагрид и приносит мальчику письмо: Поттера приглашают учиться в Хогвартс.

Хагрид на день рождения дарит Гарри сову — в волшебном мире они носят почту. Также великан и мальчик покупают всё необходимое для школы магии, забирают из банка какой-то свёрток и деньги для Поттера, оставленные его родителями.

В поезде Гарри едет вместе с Роном Уизли. Мальчики сразу становятся друзьями, а высокомерный Малфой Драко — их врагом. Уже в школе между Роном и Гарри и шайкой Малфоя постоянно происходят столкновения, ребята регулярно нарушают школьные правила, теряя очки для своего факультета Гриффиндор. Всезнайка и зануда Гриффиндора Гермиона Грэйнджер однажды случайно становится участницей их ночной прогулки по школе. Им едва удаётся остаться незамеченными. Гермиона возмущена:

"Нас всех могли убить... или, что ещё хуже, исключить из школы."

На первом уроке по обучению полёту на метле Гарри поднимается в воздух, нарушив запрет учителя. Всё потому, что противный Малфой подбросил высоко вверх магический шар ученика Гриффиндора. Поттеру блестяще удаётся поймать шар. Его выходку замечает одна из профессоров. Гарри уже думает об отчислении, но вместо этого профессор определяет его ловцом в сборную Гриффиндора по квиддичу — ловец во время матча должен поймать летающий мяч, который очень трудно заметить.

Гермиона вновь отчитывает Гарри и Рона за нарушения. Рон нечаянно обижает девочку, сказав, что отсутствие у неё друзей неудивительно. Гермиона надолго уходит плакать в туалет. В это время в школе появляется гигантский тролль. Ученикам приказано разойтись по общежитиям, но беспокоясь за Гермиону, Рон и Гарри идут к ней. В том крыле они замечают профессора Снегга, мрачного и неприятного преподавателя, особенно невзлюбившего Гарри. Ребятам удаётся спасти Гермиону от тролля, за что получают очки для факультета. Гермиона Грэйнджер становится их другом.

"Есть события, пережив которые, нельзя не проникнуться друг к другу симпатией. И победа над четырёхметровым горным троллем, несомненно, относится к таким событиям."

Гарри узнаёт, что в день его появления в банке перед началом учебного года была попытка выкрасть что-то очень ценное, но сейф оказался пуст. Мальчик вспоминает, что Хагрид забрал оттуда какой-то свёрток. Друзья обнаруживают в школе комнату со свирепым трёхглавым псом, охраняющим люк: видимо, там и хранится свёрток. Дети подозревают, что Снегг хочет похитить его.

В первом матче по квиддичу кто-то пытается скинуть Гарри с метлы, но ему удаётся поймать мяч и принести победу Гриффиндору. Ребята думают, что убить Поттера хочет ненавистный Снегг.

Хагрид в разговоре о свёртке оговаривается и произносит имя неизвестного детям мага. После длительных поисков они выясняют, что он — создатель философского камня. Значит, цель Снегга — камень.

Малфой узнаёт, что Хагрид держит у себя малыша-дракона, хотя это запрещено. Рона дракон кусает за руку, и мальчик попадает в больничное крыло. Гарри и Гермиона решают передать малыша в Румынию через друзей брата Рона в полночь на крыше школы. Туда они пробираются под мантией-невидимкой, подаренной Гарри неизвестным на Рождество. Но дети забывают её на крыше, и в коридоре их ловит рассерженная профессор: она уже поймала Малфоя. Она считает, что историю о драконе выдумал Гарри, чтобы спровоцировать Малфоя нарушить правила. Все нарушители получают наказание: они проведут ночь в Запретном лесу, а с их факультетов снимаются огромные очки. Теперь Гриффиндору никак не стать лидером года. Все ученики перестают разговаривать с Гарри, несмотря на его популярность.

В лесу Гарри видит странное существо, пьющее кровь единорога. У мальчика начинает страшно болеть шрам на лбу. Спасает Гарри от ужасного существа кентавр. Он поясняет, что кровь единорога пьют только те, в ком не осталось ничего человеческого. Мальчик думает, что в этом замешан Волан-Де-Морт.

Гарри неоднократно слышит, как Снегг угрожает профессору Квиреллу, заикающемуся недотёпе. Друзья считают, что Квирелл узнал о намерении Снегга выкрасть камень, но не может противостоять ему.

Директор Дамблдор уезжает по срочному делу. Гарри, Рон и Гермиона чувствуют беду и решаются проникнуть в люк, где хранится философский камень. Узнав от Хагрида, что пса усыпляет музыка. Гарри и Гермиона по очереди нескладно извлекают звуки из флейты, и ребята прыгают в люк. Они справляются с заклинаниями волшебников, но только один может дойти до конца. В подземелье Гарри встречает Квирелла. Всё это время профессор притворялся, Снегг же догадался о его планах. Именно Квирелл пытался убить Гарри во время матча, выпустил тролля и пил кровь единорога. У Квирелла на затылке скрывается лицо Волан-Де-Морта, которое профессор прикрывал тюрбаном.

С помощью Поттера он хочет получить камень, но не может дотронуться до мальчика: Квирелл получает ужасные ожоги. В ходе битвы Гарри теряет сознание.

Очнувшись в школьной больнице, мальчик видит перед собой Дамблдора: директор успел спасти его. Профессор объясняет, что Поттеру помогла любовь его матери, которая живёт теперь в самом Гарри. Именно любовь нестерпима для Квирелла и Волан-Де-Морта, она обжигала Квирелла при прикосновении ребёнка.

"Любовь оставляет свой след... Если тебя так крепко любят, то даже когда любящий тебя человек умирает, ты все равно остаёшься под его защитой."

От директора Гарри узнаёт, что его отец и Снегг враждовали, но Поттер однажды спас ему жизнь. Именно поэтому Снегг всеми силами пытался уберечь Гарри от Квирелла, желая так вернуть долг Поттеру.

Философский камень будет уничтожен его шестисотлетним создателем. Мальчик огорчён этим известием, ведь создатель камня умрёт. Дамблдор успокаивает:

"Для высокоорганизованного разума смерть — это очередное приключение."

На последнем школьном банкете друзей за их подвиги награждают большими очками, и Гриффиндор становится лидером года.