Часть первая

С рыболовного судна забрасывают сеть с приманкой, и Стая чаек слетается, «чтобы хитростью или силой добыть крохи пищи». Только одна чайка по имени Джонатан Ливингстон совершает свои тренировочные полёты в полном одиночестве. Джонатан нарушает все неписанные законы Стаи — зависает в воздухе, летает низко над водой и развивает огромную скорость. Он пытается довести своё умение летать до совершенства.

Джонатан пренебрегает основным занятием чаек — добычей пищи. Его родители тревожатся, ведь от их сына «остались перья да кости». Послушавшись уговоров, Джонатан неделю живёт, как остальные чайки, но потом осознаёт бессмысленность такого существования и возвращается к тренировкам. Всю следующую неделю он учится управлять полётом на высокой скорости, однако у него ничего не выходит.

Однажды, стремительно спускаясь с огромной высоты, Джонатан сильно ударяется о воду и теряет сознание. Придя в себя, он слышит голос, говорящий, что Джонатан — всего лишь чайка, не рождённая для скоростных полётов. Он решает смириться и вернуться в Стаю, но по дороге домой находит решение: скоростью можно управлять, уменьшив длину крыльев. Забыв о неудаче, он тренируется и достигает успеха.

Утром Джонатан случайно врезается в завтракающую Стаю, но справляется с управлением. Днём ему удаётся сделать несколько фигур высшего пилотажа. Вечером собирается очередной совет Стаи. Старейший велит Джонатану выйти на середину образованного чайками круга. Это «или величайший позор, или величайшая честь». Тот ожидает похвал, ведь ему удалось то, чего до него не совершала ни одна чайка. Однако Старейший приговаривает Джонатана к изгнанию на Дальние Скалы за попрание достоинства и обычаев Семьи Чаек.

Остаток своих дней чайка проводит в одиночестве. Каждый день он узнаёт что-то новое и учится применять своё мастерство, добывая пропитание. Он не тоскует по Стае и проживает «долгую счастливую жизнь».

Часть вторая

Джонатан стареет. Однажды около его крыльев появляются две сияющие, белоснежные чайки, которые умеют летать не хуже, чем он. Чайки говорят, что Джонатан — из их Стаи, и зовут его домой. Поднявшись над облаками, Джонатан тоже становится белоснежным и сияющим. Он попадает в другой мир и решает, что это небеса, рай для чаек. Джонатан начинает забывать о своей прошлой жизни.

Здесь тоже живёт Стая. Все птицы неустанно тренируются. Их цель — достичь совершенства. Наставник, белоснежная чайка Салливан, говорит, что такие птицы, как Джонатан — редчайшее исключение. Обычно чайки переходят в другой мир, почти не изменившись, поэтому каждый следующий мир немногим отличается от предыдущего. Чтобы стать такими, как Джонатан, обычным чайкам приходится пройти десятки тысяч миров и прожить десятки тысяч жизней. Старейший Стаи объясняет Джонатану, что этот мир — вовсе не небеса, а небеса — это «не место и не время, ... это достижение совершенства». Джонатан приблизится к совершенству, когда научится летать со скоростью мысли. Старейший это уже умеет, и Джонатан просит научить его.

Через некоторое время Джонатан понимает, что сотворён совершенным и его возможности безграничны. Он мгновенно перемещается на планету с двумя солнцами. Теперь Джонатан учится перемещаться во времени. Настаёт день, когда перья Старейшего начинают сиять ещё ослепительней. Он исчезает, сказав Джонатану: «Постарайся постичь, что такое любовь».

Вскоре Джонатан начинает вспоминать о своей старой Стае. Ему кажется, что там могла появиться чайка, решившаяся «вырваться из оков своего естества». Возможно, эту чайку тоже изгнали. Джонатану всё сильнее хочется вернуться на землю. Напрасно Салливан отговаривает его. В один прекрасный день Джонатан возвращается домой и находит чайку Флетчера, которого приговорили к изгнанию. Тот становится первым учеником Джонатана.

Часть третья

Флетчер Линд горит желанием летать и становится почти идеальным учеником. К концу третьего месяца у Джонатана появилось ещё шесть учеников, все шестеро — «Изгнанники, увлечённые новой странной идеей: летать ради радости полёта». По вечерам Джонатан пытается научить их идее всеобъемлющей свободы, но измученные за день ученики засыпают, не дослушав учителя.

Ещё месяц спустя Джонатан решает вернуться в Стаю. Хотя ученики и против, они летят за наставником. Старейший приказывает не обращать на Изгнанников внимания. Некоторое время Джонатан видит только серые спины соплеменников, но не придаёт этому значения. Он продолжает учить.

Со временем ученики начинают слушать Джонатана внимательней, а по ночам их окружают молодые чайки из Стаи — им тоже интересно слушать наставника. Через месяц после возвращения молодёжь Стаи начинает переходить к Джонатану. У одной из чаек, Кэрка Мейнарда, сломано крыло, но он хочет летать и просит Джонатана о помощи. Джонатан говорит ему: «Ты свободен, ... и ничто не может тебе помешать». Кэрк расправляет крылья и поднимается в небо на глазах у изумлённой Стаи. Ученики начинают считать наставника богом.

Через неделю происходит несчастье: Флетчер не справляется с управлением и врезается в гранитную скалу на высочайшей скорости. Уже в другом мире его догоняет Джонатан и предлагает выбор: остаться на этом уровне или вернуться домой. Флетчер возвращается. Увидев, что он не умер, Стая решает, что Джонатан — либо Дьявол, либо Сын Великой Чайки. После этого случая Флетчер осваивает мгновенные перемещения.

Вскоре Джонатан решает, что он больше не нужен Стае. Он наставляет Флетчера: «Продолжай поиски самого себя, ... старайся каждый день хоть на шаг приблизиться к подлинному всемогущему Флетчеру. Он твой наставник». Затем тело Джонатана начинает сиять призрачным светом, он тает в воздухе, а Флетчер начинает тренировать зелёных новичков.